More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1590 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  586  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  76.08 
 
 		 320 aa  454  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  69.8 
 
 		 310 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 295 aa  220  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  41.89 
 
 		 301 aa  218  7e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 329 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  39.6 
 
 		 318 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  41.2 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  37.93 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  37.26 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  37.16 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 321 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.74 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 312 aa  146  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  32.99 
 
 		 316 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 315 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.99 
 
 		 321 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 324 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 317 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 320 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 334 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5610  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 317 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  28.31 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  30.5 
 
 		 300 aa  115  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 300 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 345 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 323 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 309 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2452  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.60115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.82 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0818  transcriptional regulator CysB-like protein  30.2 
 
 		 313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.43 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 304 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0621  transcriptional regulator CysB-like protein  30.48 
 
 		 309 aa  108  9.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1005  transcriptional regulator CysB-like protein  28.09 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  32.09 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>