More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0323 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0323  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 336 aa  697    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.158931  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  30.47 
 
 		 295 aa  107  4e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  31.67 
 
 		 282 aa  106  6e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  32.21 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  30.94 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  31.58 
 
 		 284 aa  103  5e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.67 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  36.67 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  31.68 
 
 		 298 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.68 
 
 		 298 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.68 
 
 		 298 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.68 
 
 		 298 aa  99.4  8e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.68 
 
 		 298 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.68 
 
 		 298 aa  99  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.68 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1823  integrase family protein  28.68 
 
 		 253 aa  98.6  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.987007  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  31.68 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.86 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  30.7 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  31.44 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1780  phage integrase family protein  29.48 
 
 		 256 aa  97.4  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000232909  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  31.44 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  31.66 
 
 		 334 aa  97.1  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  31.66 
 
 		 334 aa  97.1  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  31.66 
 
 		 334 aa  97.1  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  34.64 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0380  tyrosine recombinase XerC  40.41 
 
 		 304 aa  96.3  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  34.46 
 
 		 307 aa  96.3  7e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  32 
 
 		 291 aa  95.9  8e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.69 
 
 		 300 aa  95.9  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  35.08 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.69 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.69 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.69 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  32.2 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  34.51 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  35.2 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  35.2 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  35.2 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.76 
 
 		 300 aa  95.1  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.79 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  32.3 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  34.36 
 
 		 313 aa  93.6  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  30.74 
 
 		 298 aa  93.6  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  32.29 
 
 		 287 aa  92.8  7e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  38.36 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  33.01 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.19 
 
 		 303 aa  92.4  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  29.82 
 
 		 294 aa  92.4  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  33.48 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  29.91 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.13 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  35 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  29.28 
 
 		 290 aa  91.7  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  31.07 
 
 		 318 aa  91.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  32.03 
 
 		 297 aa  91.7  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  30.55 
 
 		 294 aa  90.9  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  33.33 
 
 		 307 aa  90.9  3e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.05 
 
 		 303 aa  90.5  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  32.55 
 
 		 319 aa  90.5  4e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  32.11 
 
 		 300 aa  90.5  4e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.05 
 
 		 303 aa  90.5  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  31.03 
 
 		 292 aa  90.5  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0653  integrase family protein  30.91 
 
 		 282 aa  90.5  4e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.319783  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.05 
 
 		 303 aa  90.5  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  34.21 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  32.18 
 
 		 291 aa  90.1  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  31.84 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  29.2 
 
 		 306 aa  90.1  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  33.33 
 
 		 274 aa  89.7  6e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  33.89 
 
 		 306 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  33.89 
 
 		 306 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  33.89 
 
 		 306 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  33.89 
 
 		 306 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  36.07 
 
 		 307 aa  89.7  7e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  35.81 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  27.36 
 
 		 296 aa  89.7  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  35.32 
 
 		 324 aa  89.4  8e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  32.67 
 
 		 298 aa  89.4  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0279  phage integrase family protein  35.53 
 
 		 282 aa  89.4  9e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.033075  hitchhiker  0.000013626 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  31.03 
 
 		 292 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  31.03 
 
 		 292 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  89.4  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  31.03 
 
 		 292 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  36.99 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  31.84 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  31.67 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  33.69 
 
 		 315 aa  88.6  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>