125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1873 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1873  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  100 
 
 		 447 aa  927    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.701975  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1116  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  61.64 
 
 		 721 aa  583  1.0000000000000001e-165  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2326  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  49.67 
 
 		 743 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000721105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3487  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  50.11 
 
 		 742 aa  437  1e-121  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.054848  normal  0.0804563 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3948  HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain protein  50.13 
 
 		 690 aa  434  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0221  Tn7-like transposition protein B  48.78 
 
 		 728 aa  403  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.26166  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0183  Tn7-like transposition protein B  44.77 
 
 		 730 aa  396  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1202  Tn5468, transposase protein B  45.7 
 
 		 722 aa  385  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.671328  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2802  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  45.37 
 
 		 721 aa  385  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3198  Tn5468, transposase protein B  45.37 
 
 		 721 aa  385  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.649302  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0175  Tn7-like transposition protein B  44.79 
 
 		 716 aa  380  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7026  Tn7-like transposition protein B  39.65 
 
 		 735 aa  316  5e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.314697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3946  integrase catalytic subunit  37.23 
 
 		 696 aa  310  4e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0246  Integrase catalytic region  40.6 
 
 		 717 aa  309  5e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.337678 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5724  Tn7-like transposition protein B  39.35 
 
 		 723 aa  292  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229078 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2931  putative transposase  38.41 
 
 		 672 aa  291  1e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3827  transposon Tn7 transposition protein TnsB  35.5 
 
 		 696 aa  280  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111993 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5194  Tn7-like transposition protein B  35.94 
 
 		 723 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.460323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5458  Tn7-like transposase  39.4 
 
 		 725 aa  270  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.451472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3935  putative transposase  33.18 
 
 		 697 aa  260  4e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6966  hypothetical protein  36.27 
 
 		 728 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4359  integrase catalytic subunit  32.01 
 
 		 690 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4326  hypothetical protein  36.73 
 
 		 536 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4971  hypothetical protein  29.85 
 
 		 806 aa  160  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3108  transposon Tn7 transposition protein B  30.48 
 
 		 735 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1175  hypothetical protein  25.6 
 
 		 748 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.628248  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  26.44 
 
 		 547 aa  90.1  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  25 
 
 		 618 aa  89.4  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  24.67 
 
 		 618 aa  87  6e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  24.67 
 
 		 618 aa  87  6e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  27.12 
 
 		 552 aa  87  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  24.31 
 
 		 625 aa  85.9  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  26.65 
 
 		 636 aa  84  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  26.9 
 
 		 617 aa  84  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  26.43 
 
 		 595 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  24.92 
 
 		 548 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  25.61 
 
 		 617 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6942  hypothetical protein  23.28 
 
 		 724 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.62417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  27 
 
 		 551 aa  77.4  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  24.73 
 
 		 630 aa  77  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  25.08 
 
 		 547 aa  75.5  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  22.37 
 
 		 626 aa  75.1  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  25 
 
 		 561 aa  75.1  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  25.68 
 
 		 567 aa  73.6  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  23.56 
 
 		 721 aa  72.4  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  30.53 
 
 		 542 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  29.89 
 
 		 536 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  27.92 
 
 		 581 aa  70.9  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  23.33 
 
 		 560 aa  70.9  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  27.72 
 
 		 599 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  27.72 
 
 		 599 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  23.92 
 
 		 541 aa  70.5  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  23.92 
 
 		 541 aa  70.5  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  23.92 
 
 		 541 aa  70.5  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  23.92 
 
 		 541 aa  70.5  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  25 
 
 		 554 aa  70.1  0.00000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  24.83 
 
 		 558 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  24.38 
 
 		 611 aa  68.6  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  22.61 
 
 		 632 aa  68.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  24.83 
 
 		 558 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  23.61 
 
 		 497 aa  67.4  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  24.66 
 
 		 555 aa  66.6  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  23.87 
 
 		 782 aa  66.6  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  26.48 
 
 		 614 aa  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  26.48 
 
 		 614 aa  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  25.29 
 
 		 663 aa  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  26.48 
 
 		 614 aa  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  21.73 
 
 		 616 aa  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  31.74 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  23.33 
 
 		 556 aa  65.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  23.33 
 
 		 556 aa  65.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  23.33 
 
 		 556 aa  65.9  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  23.33 
 
 		 556 aa  65.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  23.25 
 
 		 640 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  23.25 
 
 		 640 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  23.74 
 
 		 480 aa  64.3  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  26.74 
 
 		 652 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  23.74 
 
 		 480 aa  64.3  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  26.74 
 
 		 652 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  26.74 
 
 		 652 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  26.74 
 
 		 677 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  22.61 
 
 		 640 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  23.97 
 
 		 560 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  27.98 
 
 		 509 aa  62.4  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  27.98 
 
 		 572 aa  62.4  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  26.79 
 
 		 560 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  27.98 
 
 		 562 aa  62.4  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  22.61 
 
 		 640 aa  60.8  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5369  Integrase catalytic region  25.14 
 
 		 907 aa  60.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.295571 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  23.79 
 
 		 810 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1983  TnsA endonuclease  22.87 
 
 		 886 aa  60.1  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.176363 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5405  transposase, TnsB-related protein  26.73 
 
 		 670 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.296253  normal  0.0244786 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  22.8 
 
 		 550 aa  58.5  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  26.78 
 
 		 422 aa  58.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  25.28 
 
 		 649 aa  57  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  24.41 
 
 		 900 aa  56.2  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  24.41 
 
 		 900 aa  56.2  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  22.78 
 
 		 636 aa  55.5  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2453  Integrase catalytic region  27.04 
 
 		 917 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.481095  hitchhiker  0.00214195 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  23.6 
 
 		 653 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>