38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1175 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1175  hypothetical protein  100 
 
 		 748 aa  1562    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.628248  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3948  HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain protein  26.73 
 
 		 690 aa  165  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2326  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  25.11 
 
 		 743 aa  161  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000721105 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1116  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  25.12 
 
 		 721 aa  155  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5194  Tn7-like transposition protein B  27.29 
 
 		 723 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.460323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7026  Tn7-like transposition protein B  26.56 
 
 		 735 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.314697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3487  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  27.16 
 
 		 742 aa  142  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.054848  normal  0.0804563 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1202  Tn5468, transposase protein B  24.27 
 
 		 722 aa  139  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.671328  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0246  Integrase catalytic region  25.55 
 
 		 717 aa  139  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.337678 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3198  Tn5468, transposase protein B  23.42 
 
 		 721 aa  137  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.649302  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2802  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  23.42 
 
 		 721 aa  137  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0183  Tn7-like transposition protein B  26.91 
 
 		 730 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5724  Tn7-like transposition protein B  26.55 
 
 		 723 aa  127  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229078 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3108  transposon Tn7 transposition protein B  25.13 
 
 		 735 aa  125  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0221  Tn7-like transposition protein B  23.8 
 
 		 728 aa  124  7e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.26166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4326  hypothetical protein  27.43 
 
 		 536 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1873  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  25.6 
 
 		 447 aa  120  9e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.701975  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3935  putative transposase  24.37 
 
 		 697 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0175  Tn7-like transposition protein B  23.03 
 
 		 716 aa  117  6e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3827  transposon Tn7 transposition protein TnsB  23.75 
 
 		 696 aa  117  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111993 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3946  integrase catalytic subunit  24.09 
 
 		 696 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2931  putative transposase  23.13 
 
 		 672 aa  100  9e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6966  hypothetical protein  23.87 
 
 		 728 aa  99.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5458  Tn7-like transposase  26.01 
 
 		 725 aa  87.8  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.451472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4359  integrase catalytic subunit  22.27 
 
 		 690 aa  85.9  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  26.42 
 
 		 677 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  26.42 
 
 		 652 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  26.42 
 
 		 652 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  26.42 
 
 		 652 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  25.99 
 
 		 649 aa  54.7  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  22.04 
 
 		 614 aa  51.2  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  22.04 
 
 		 614 aa  51.2  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  22.04 
 
 		 614 aa  51.2  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4971  hypothetical protein  30.19 
 
 		 806 aa  50.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  23.74 
 
 		 552 aa  48.5  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  23.13 
 
 		 547 aa  47.4  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  23.51 
 
 		 560 aa  45.8  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  24.02 
 
 		 548 aa  45.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>