121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3827 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_4359  integrase catalytic subunit  50.36 
 
 		 690 aa  709    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3827  transposon Tn7 transposition protein TnsB  100 
 
 		 696 aa  1436    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111993 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3935  putative transposase  46.2 
 
 		 697 aa  664    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3946  integrase catalytic subunit  41.4 
 
 		 696 aa  569  1e-161  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2931  putative transposase  38.71 
 
 		 672 aa  485  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1202  Tn5468, transposase protein B  35.88 
 
 		 722 aa  427  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.671328  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3198  Tn5468, transposase protein B  35.72 
 
 		 721 aa  422  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.649302  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2802  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  35.72 
 
 		 721 aa  422  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3948  HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain protein  37.07 
 
 		 690 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2326  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  35.87 
 
 		 743 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000721105 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1116  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  37.23 
 
 		 721 aa  400  9.999999999999999e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0183  Tn7-like transposition protein B  33.58 
 
 		 730 aa  385  1e-105  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3487  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  34.75 
 
 		 742 aa  383  1e-105  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.054848  normal  0.0804563 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0221  Tn7-like transposition protein B  34.24 
 
 		 728 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.26166  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0175  Tn7-like transposition protein B  30.8 
 
 		 716 aa  352  1e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0246  Integrase catalytic region  31.71 
 
 		 717 aa  337  5e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.337678 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7026  Tn7-like transposition protein B  32.84 
 
 		 735 aa  324  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.314697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6966  hypothetical protein  34.81 
 
 		 728 aa  288  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1873  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  35.5 
 
 		 447 aa  280  5e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.701975  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5724  Tn7-like transposition protein B  28.94 
 
 		 723 aa  258  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229078 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5458  Tn7-like transposase  31.41 
 
 		 725 aa  257  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.451472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5194  Tn7-like transposition protein B  30.45 
 
 		 723 aa  248  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.460323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4326  hypothetical protein  29.28 
 
 		 536 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3108  transposon Tn7 transposition protein B  26.54 
 
 		 735 aa  173  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4971  hypothetical protein  30.35 
 
 		 806 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1175  hypothetical protein  23.75 
 
 		 748 aa  117  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.628248  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  23.86 
 
 		 625 aa  109  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  27.27 
 
 		 618 aa  109  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1875  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  33.53 
 
 		 258 aa  99.8  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  23.54 
 
 		 618 aa  91.7  4e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  23.54 
 
 		 618 aa  91.7  4e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  26.44 
 
 		 626 aa  90.5  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  24.54 
 
 		 616 aa  87.4  8e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  24.58 
 
 		 547 aa  85.9  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  24.53 
 
 		 721 aa  85.1  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  23.17 
 
 		 541 aa  81.6  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  23.17 
 
 		 541 aa  81.6  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  23.17 
 
 		 541 aa  81.6  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  23.17 
 
 		 541 aa  81.6  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6942  hypothetical protein  24.92 
 
 		 724 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.62417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  24.02 
 
 		 497 aa  78.2  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  24.21 
 
 		 552 aa  78.2  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  22.98 
 
 		 640 aa  77.8  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  22.98 
 
 		 640 aa  77.8  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  33.71 
 
 		 617 aa  77.8  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  32.76 
 
 		 617 aa  77.4  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  25.69 
 
 		 551 aa  76.3  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  23.44 
 
 		 782 aa  76.3  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  22.96 
 
 		 548 aa  74.7  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  23.47 
 
 		 632 aa  74.7  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  23.33 
 
 		 611 aa  73.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  23.47 
 
 		 640 aa  72.4  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  25.47 
 
 		 652 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  27.48 
 
 		 630 aa  72.4  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  25.47 
 
 		 652 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  25.47 
 
 		 652 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  25.47 
 
 		 677 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  29.65 
 
 		 560 aa  72  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  24.57 
 
 		 550 aa  71.6  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  22.47 
 
 		 640 aa  71.6  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  23.12 
 
 		 536 aa  71.2  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  23.71 
 
 		 554 aa  70.5  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  26.15 
 
 		 649 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  26.95 
 
 		 636 aa  69.7  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  27.04 
 
 		 547 aa  68.6  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  22.42 
 
 		 636 aa  67.8  0.0000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  25.9 
 
 		 595 aa  67.4  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  25 
 
 		 810 aa  66.6  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  22.54 
 
 		 509 aa  67  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  22.54 
 
 		 572 aa  67  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  22.54 
 
 		 562 aa  66.2  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  24.21 
 
 		 560 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  23.18 
 
 		 542 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2136  transposase  27.92 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0169548 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  22.84 
 
 		 733 aa  64.3  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  26.7 
 
 		 382 aa  64.3  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0028  transposase  26.41 
 
 		 651 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.680566  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  23.48 
 
 		 663 aa  62.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  26.23 
 
 		 644 aa  62.4  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  24.11 
 
 		 422 aa  63.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  25.44 
 
 		 614 aa  61.2  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  21.77 
 
 		 561 aa  61.2  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  22.37 
 
 		 567 aa  61.2  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5405  transposase, TnsB-related protein  35.48 
 
 		 670 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.296253  normal  0.0244786 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  24.32 
 
 		 599 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  24.32 
 
 		 599 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  21.74 
 
 		 555 aa  59.7  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  22.58 
 
 		 558 aa  59.7  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  22.58 
 
 		 558 aa  59.7  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  20.97 
 
 		 560 aa  58.9  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  22.37 
 
 		 581 aa  57.8  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  24.3 
 
 		 650 aa  57.4  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  23.13 
 
 		 481 aa  57  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  25.86 
 
 		 785 aa  57  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  22.73 
 
 		 481 aa  56.6  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  23.77 
 
 		 614 aa  55.1  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  23.77 
 
 		 614 aa  55.1  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  23.77 
 
 		 614 aa  55.1  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  21.71 
 
 		 480 aa  54.3  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  21.71 
 
 		 480 aa  54.3  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>