24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5405 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5405  transposase, TnsB-related protein  100 
 
 		 670 aa  1394    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.296253  normal  0.0244786 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1054  hypothetical protein  29.58 
 
 		 680 aa  281  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.525342  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7026  Tn7-like transposition protein B  23.79 
 
 		 735 aa  97.8  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.314697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1116  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  26.14 
 
 		 721 aa  84  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0175  Tn7-like transposition protein B  25.16 
 
 		 716 aa  81.3  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3948  HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain protein  25.27 
 
 		 690 aa  75.5  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3198  Tn5468, transposase protein B  22.39 
 
 		 721 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.649302  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2802  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  22.39 
 
 		 721 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0221  Tn7-like transposition protein B  25.5 
 
 		 728 aa  70.5  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.26166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2326  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  25.65 
 
 		 743 aa  69.7  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000721105 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0183  Tn7-like transposition protein B  21.28 
 
 		 730 aa  64.7  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4326  hypothetical protein  23.5 
 
 		 536 aa  63.9  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0246  Integrase catalytic region  22.45 
 
 		 717 aa  63.9  0.000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.337678 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5724  Tn7-like transposition protein B  21.55 
 
 		 723 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229078 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3935  putative transposase  26.06 
 
 		 697 aa  61.2  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3827  transposon Tn7 transposition protein TnsB  35.48 
 
 		 696 aa  60.5  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111993 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2931  putative transposase  22.36 
 
 		 672 aa  58.9  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1873  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  26.73 
 
 		 447 aa  58.2  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.701975  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3487  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  23.08 
 
 		 742 aa  57.4  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.054848  normal  0.0804563 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3108  transposon Tn7 transposition protein B  20 
 
 		 735 aa  54.7  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1202  Tn5468, transposase protein B  23.85 
 
 		 722 aa  55.1  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.671328  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3946  integrase catalytic subunit  26.91 
 
 		 696 aa  54.7  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5194  Tn7-like transposition protein B  22.98 
 
 		 723 aa  52  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.460323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  19.25 
 
 		 825 aa  44.3  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>