More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6199 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 333 aa  686    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 		 326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 328 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  38.12 
 
 		 333 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  33.19 
 
 		 343 aa  135  8e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  38.18 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.24 
 
 		 315 aa  129  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  31.74 
 
 		 338 aa  126  5e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 313 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 313 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 329 aa  125  9e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 313 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  36.22 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  36.51 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  40 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  38.12 
 
 		 330 aa  122  7e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  34.62 
 
 		 323 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  38.67 
 
 		 329 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  33.7 
 
 		 351 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  33.7 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  33.7 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 312 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  31.46 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  31.67 
 
 		 291 aa  110  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.25 
 
 		 325 aa  109  7.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 		 314 aa  106  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 319 aa  105  9e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  31.3 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 382 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  34.16 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  35.86 
 
 		 322 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 279 aa  99.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 347 aa  99.4  8e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 325 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  33.96 
 
 		 292 aa  96.7  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 312 aa  94.7  2e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 		 322 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  35.26 
 
 		 325 aa  93.6  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 296 aa  92.8  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 399 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  33.81 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  28.19 
 
 		 296 aa  89.4  9e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 398 aa  89  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 384 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  34.56 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  34.55 
 
 		 329 aa  85.9  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0422  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 241 aa  85.5  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 357 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 320 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35070  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 284 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  27.1 
 
 		 318 aa  79.3  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 320 aa  79  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 317 aa  77.4  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2517  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.08 
 
 		 158 aa  75.1  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2960  putative transcriptional regulator  29.8 
 
 		 314 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 365 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 331 aa  73.9  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3056  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.351096  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  31.63 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 268 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 271 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0021  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  24.53 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  24.11 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  20.96 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  35.04 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>