More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3352 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3352  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  600  1e-170  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00848544  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0553  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.141642  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3040  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3361  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000023746  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 310 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 310 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 310 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  25.35 
 
 		 322 aa  101  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 318 aa  99.8  6e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 294 aa  99.4  7e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 294 aa  99  9e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 317 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 326 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 323 aa  95.5  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  26.78 
 
 		 318 aa  94.4  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 299 aa  93.6  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 329 aa  94  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.67 
 
 		 289 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  92.8  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 324 aa  92.8  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 313 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 297 aa  91.7  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0959  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1449  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319275 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 286 aa  89.7  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 286 aa  89.4  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  28.16 
 
 		 288 aa  89.4  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 317 aa  89.4  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 289 aa  89.4  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.53 
 
 		 325 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 329 aa  88.6  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 316 aa  89  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 289 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3641  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 301 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  24.91 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1014  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  27.31 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 317 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.63 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  27.31 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  27.31 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3764  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  28.3 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  32.02 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 317 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  26.77 
 
 		 322 aa  86.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 296 aa  86.3  5e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 317 aa  86.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 319 aa  86.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 327 aa  86.7  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 314 aa  86.3  6e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 290 aa  86.3  6e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>