More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1148 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1148  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  655    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00767065  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1050  transcriptional regulator, AraC family  36.76 
 
 		 314 aa  158  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0074  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  23.75 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  22.78 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1613  cupin 2 domain-containing protein  23.88 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0246689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 686 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  42.35 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 342 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 485 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 686 aa  73.6  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 550 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 336 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  24.33 
 
 		 273 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  24.33 
 
 		 273 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  23.57 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  33.08 
 
 		 492 aa  70.1  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  24.33 
 
 		 273 aa  70.1  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3855  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4513  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.24786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  25.18 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  24.64 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  22.15 
 
 		 282 aa  69.3  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  22.15 
 
 		 282 aa  69.3  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4141  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0368552 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  21.8 
 
 		 282 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5791  AraC family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  24.55 
 
 		 321 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1337  AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 600 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.477585 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  22.15 
 
 		 282 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  21.8 
 
 		 282 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  24.82 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  24.82 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  24.82 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  24.82 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2883  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000839866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0591  AraC family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0838  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00346138 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  24.82 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3944  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 313 aa  67  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  32.94 
 
 		 326 aa  67  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4407  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.332097 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  37.21 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  23.53 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  23.13 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  23.13 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  23.13 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  23.13 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  22.26 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  24.45 
 
 		 278 aa  65.5  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  20.69 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3846  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 381 aa  65.1  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000533064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  22.51 
 
 		 279 aa  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  22.64 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  35.71 
 
 		 961 aa  64.7  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  42.35 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 302 aa  65.1  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  22.64 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  39.58 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  21.59 
 
 		 312 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  21.21 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  36.9 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 462 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  23.31 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1575  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 339 aa  64.3  0.000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0618  two component AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000605397  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 529 aa  63.9  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 344 aa  63.9  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 409 aa  63.5  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 391 aa  63.5  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 409 aa  63.5  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  36.9 
 
 		 396 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  22.55 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 396 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 410 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  21.21 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 409 aa  63.2  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.38 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2452  two component transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 509 aa  62.8  0.000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0693402  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 336 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  22.55 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 546 aa  62  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  38.3 
 
 		 365 aa  62  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>