74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_1375 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008639  Cpha266_1375  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 136 aa  283  5e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1337  transcriptional regulator, XRE family  97.79 
 
 		 136 aa  262  1e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  82.31 
 
 		 131 aa  230  6e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  72.31 
 
 		 131 aa  207  5e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0363  XRE family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 133 aa  110  5e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 155 aa  99  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4193  XRE family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 133 aa  96.7  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.990489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1536  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 133 aa  96.3  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4634  helix-turn-helix domain-containing protein  45.38 
 
 		 133 aa  95.9  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5547  XRE family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 133 aa  94.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.273905 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0676  XRE family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.269723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3199  Cro/CI family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02843  hypothetical protein  34.11 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.374283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02893  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.11 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.436146  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0679  transcriptional regulator, XRE family  34.11 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 140 aa  91.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209704  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3859  hypothetical protein  37.69 
 
 		 132 aa  89.4  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.632136  normal  0.0282263 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0889  putative transcriptional regulator  37.69 
 
 		 132 aa  89.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3528  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 133 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1988  transcriptional regulator, XRE family  37.3 
 
 		 132 aa  83.6  8e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2210  XRE family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 157 aa  82.8  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.752058  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1834  transcriptional regulator, XRE family  71.7 
 
 		 52 aa  76.6  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4204  Cro/CI family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1649  helix-turn-helix domain-containing protein  36.15 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.50552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3776  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4657  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2211  hypothetical protein  31.11 
 
 		 165 aa  69.7  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.371896  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1441  hypothetical protein  35.11 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 95 aa  53.9  0.0000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 94 aa  53.1  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1410  hypothetical protein  28.68 
 
 		 168 aa  52.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117537  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2307  hypothetical protein  28 
 
 		 204 aa  50.1  0.000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133913 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0030  hypothetical protein  28.36 
 
 		 334 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 147 aa  46.6  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2502  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 333 aa  45.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000318024  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 102 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1831  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2216  hypothetical protein  24.39 
 
 		 295 aa  43.9  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0015344  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 95 aa  43.9  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0856  hypothetical protein  40.68 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.90403e-25  unclonable  0.0000000671481 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  47.27 
 
 		 216 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1065  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 167 aa  43.5  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.492346  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 108 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  45.45 
 
 		 216 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  45.45 
 
 		 216 aa  42.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  29.89 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  33.33 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 		 96 aa  41.6  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 99 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  38 
 
 		 100 aa  42  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 108 aa  42  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  32.89 
 
 		 101 aa  42  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  40 
 
 		 100 aa  42  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 110 aa  42  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  30.65 
 
 		 104 aa  41.6  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 96 aa  41.6  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0419  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 189 aa  41.2  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000615648 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  27.08 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  40 
 
 		 75 aa  40.8  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 110 aa  40.8  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 107 aa  40.8  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 117 aa  40.4  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 107 aa  40.4  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  29.47 
 
 		 100 aa  40.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>