More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_1178 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_1178  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 
265 aa  536  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.241034  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0858  amino acid ABC transporter periplasmic protein  71.09 
 
 
260 aa  385  1e-106  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00112891  normal  0.531566 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1035  amino acid ABC transporter periplasmic protein  71.09 
 
 
260 aa  386  1e-106  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.218421 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0740  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems periplasmic component/domain-like protein  67.32 
 
 
261 aa  369  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.65 
 
 
748 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.46 
 
 
755 aa  155  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1036  amino acid ABC transporter permease  34.76 
 
 
990 aa  149  5e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.328178 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0859  amino acid ABC transporter permease  34.76 
 
 
990 aa  149  6e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0204986  normal  0.722319 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0860  amino acid ABC transporter permease  31.89 
 
 
508 aa  124  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00720787  normal  0.228592 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1037  amino acid ABC transporter permease  31.89 
 
 
508 aa  124  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0739  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.91 
 
 
515 aa  101  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  45.63 
 
 
246 aa  98.2  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  43.14 
 
 
246 aa  93.6  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 
258 aa  88.2  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  42.71 
 
 
273 aa  88.2  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  43.56 
 
 
271 aa  88.6  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0847  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.89 
 
 
262 aa  88.6  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000135059  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  39.84 
 
 
247 aa  87.4  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2278  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 
287 aa  87.8  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000861711  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  25.87 
 
 
727 aa  86.3  5e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  45.16 
 
 
260 aa  86.3  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 
249 aa  85.5  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  42.27 
 
 
272 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  43.62 
 
 
244 aa  85.1  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 
250 aa  85.1  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  45.26 
 
 
273 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  44.68 
 
 
244 aa  83.6  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  38.95 
 
 
258 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  41.05 
 
 
272 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  40.86 
 
 
252 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  42.59 
 
 
260 aa  82  0.000000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  40.43 
 
 
266 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.46 
 
 
244 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  37 
 
 
247 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  46.46 
 
 
244 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  46.46 
 
 
244 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  47.47 
 
 
244 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  40.22 
 
 
246 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  35.59 
 
 
247 aa  80.5  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  43.56 
 
 
247 aa  79.7  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  48.31 
 
 
245 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  38.94 
 
 
257 aa  79.3  0.00000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  41.94 
 
 
265 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  41.84 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  40.96 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 
244 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 
244 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  40.96 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 
244 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  39.76 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  43.56 
 
 
248 aa  79  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  37.5 
 
 
266 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  37.5 
 
 
266 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1277  cjaC protein  44.05 
 
 
251 aa  79  0.00000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.953147  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  48.31 
 
 
244 aa  79  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0834  CjaC  44.05 
 
 
251 aa  78.6  0.00000000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  40.62 
 
 
295 aa  78.6  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0972  extracellular solute-binding protein family 3  48.31 
 
 
250 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.801508  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  40.62 
 
 
295 aa  78.6  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
252 aa  78.6  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0757  cjaC protein  44.05 
 
 
251 aa  79  0.00000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.943565  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  46.74 
 
 
247 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  46.74 
 
 
247 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  36.84 
 
 
264 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  36.84 
 
 
264 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  33.93 
 
 
265 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  23.99 
 
 
736 aa  78.6  0.0000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  36.84 
 
 
264 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.57 
 
 
503 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  44.19 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  40.38 
 
 
248 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4712  arginine-binding periplasmic protein 2  35.24 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00168872  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  40.86 
 
 
268 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4769  arginine-binding periplasmic protein 2  35.24 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.129317  normal  0.0665997 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4629  arginine-binding periplasmic protein 2  35.24 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336124  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.23 
 
 
259 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  43.75 
 
 
271 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  47.47 
 
 
245 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4748  arginine-binding periplasmic protein 2  35.24 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00354956  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.23 
 
 
259 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  36.46 
 
 
266 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  40.38 
 
 
248 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  40.96 
 
 
253 aa  77  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4620  arginine-binding periplasmic protein 2  35.24 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  39.78 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  35.79 
 
 
264 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  35.11 
 
 
305 aa  77  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 
310 aa  76.3  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2548  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 
249 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.163495  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.04 
 
 
243 aa  76.3  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  45.26 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.33 
 
 
489 aa  76.3  0.0000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  39.33 
 
 
489 aa  76.3  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  39.29 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.33 
 
 
489 aa  76.3  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  35.05 
 
 
265 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  35.05 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1571  extracellular solute-binding protein family 3  43.84 
 
 
249 aa  75.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>