More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1672 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 359 aa  703    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  47.52 
 
 		 355 aa  278  1e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.39 
 
 		 354 aa  241  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.95 
 
 		 353 aa  220  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 		 349 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.56 
 
 		 349 aa  155  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.64 
 
 		 377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  32.57 
 
 		 350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 350 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4493  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.57 
 
 		 367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  29.81 
 
 		 360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.09 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1044  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0011899  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.09 
 
 		 358 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 354 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 354 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 358 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 354 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 354 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 354 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 354 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  28.04 
 
 		 354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  30.19 
 
 		 376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  29.83 
 
 		 380 aa  119  9e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 376 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  27.35 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 354 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1676  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.98 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0197098  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 		 363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 		 363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.69 
 
 		 351 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.55 
 
 		 379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  27.59 
 
 		 352 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.81 
 
 		 352 aa  109  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  25.88 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 		 383 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  25.61 
 
 		 372 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 		 380 aa  106  6e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  25.54 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.97 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  27.32 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  27.57 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  23.82 
 
 		 354 aa  103  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  26.29 
 
 		 372 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  23.81 
 
 		 366 aa  103  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  29.93 
 
 		 361 aa  102  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 365 aa  102  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  29.14 
 
 		 380 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  28.18 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.34 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  27.24 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  26.14 
 
 		 379 aa  100  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.76 
 
 		 372 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  27.12 
 
 		 353 aa  100  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 		 376 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.79 
 
 		 356 aa  100  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.05 
 
 		 409 aa  99.8  7e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 365 aa  99.4  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 365 aa  99.4  8e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  27.73 
 
 		 397 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.7 
 
 		 372 aa  99  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 397 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  26.92 
 
 		 397 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.94 
 
 		 379 aa  99  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.49 
 
 		 397 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 352 aa  97.8  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  23.71 
 
 		 440 aa  98.2  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 353 aa  97.8  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  24.86 
 
 		 373 aa  97.4  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.09 
 
 		 380 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  24.18 
 
 		 372 aa  97.1  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  24.93 
 
 		 376 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2454  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 393 aa  97.1  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  24.65 
 
 		 371 aa  97.1  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 		 462 aa  96.3  7e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.24 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  24.33 
 
 		 365 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  24.04 
 
 		 372 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  25.42 
 
 		 370 aa  94.7  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 472 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.76 
 
 		 383 aa  95.1  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 		 382 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  28.79 
 
 		 478 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 		 354 aa  94.4  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 478 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.42 
 
 		 349 aa  94.4  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 376 aa  94  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  24.45 
 
 		 406 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.14 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>