More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2051 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_2051  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
356 aa  730    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2434  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.66 
 
 
357 aa  408  1e-113  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2092  O-succinylbenzoate-CoA synthase  58.26 
 
 
357 aa  398  1e-109  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0327  O-succinylbenzoate-CoA synthase  51.54 
 
 
357 aa  353  4e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.012502 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1718  O-succinylbenzoate-CoA synthase  53.35 
 
 
363 aa  337  9.999999999999999e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1881  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.17 
 
 
365 aa  315  9.999999999999999e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2078  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.75 
 
 
365 aa  300  2e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.310676 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0587  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.44 
 
 
359 aa  150  4e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.270423  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0190  O-succinylbenzoate-CoA synthase  29.41 
 
 
337 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2892  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  38.34 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.32058  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5719  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.15 
 
 
388 aa  110  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0563  O-succinylbenzoate synthase  28.4 
 
 
332 aa  104  3e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00751682  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1102  O-succinylbenzoate synthase  30.89 
 
 
324 aa  102  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3280  O-succinylbenzoate synthase  28.95 
 
 
327 aa  99.4  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3462  O-succinylbenzoate synthase  28.78 
 
 
367 aa  98.2  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1522  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.53 
 
 
356 aa  95.5  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000142999 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1592  O-succinylbenzoate synthase  29.82 
 
 
323 aa  95.5  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1485  O-succinylbenzoate synthase  29.82 
 
 
323 aa  95.9  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1114  O-succinylbenzoate synthase  29.28 
 
 
323 aa  95.1  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.236827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3200  O-succinylbenzoate synthase  28.3 
 
 
323 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1782  O-succinylbenzoate synthase  29.52 
 
 
323 aa  94.7  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.495059 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1048  O-succinylbenzoate synthase  29.6 
 
 
322 aa  92.4  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0416842  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1558  O-succinylbenzoate synthase  30.29 
 
 
332 aa  90.5  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3973  O-succinylbenzoate synthase  25.8 
 
 
357 aa  90.1  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2788  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.9 
 
 
355 aa  89.7  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3011  O-succinylbenzoate synthase  31.48 
 
 
322 aa  89.4  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2232  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.39 
 
 
309 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.469414  normal  0.296899 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3769  O-succinylbenzoate synthase  28.74 
 
 
349 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.677399  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2370  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.06 
 
 
366 aa  89  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004029  O-succinylbenzoate-CoA synthase  27.89 
 
 
329 aa  88.2  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3601  O-succinylbenzoate synthase  29.46 
 
 
352 aa  88.2  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3842  O-succinylbenzoate synthase  28.82 
 
 
349 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.814694  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3967  O-succinylbenzoate synthase  28.48 
 
 
349 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2020  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.35 
 
 
366 aa  85.9  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0224  O-succinylbenzoate synthase  27.93 
 
 
351 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0533  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.79 
 
 
318 aa  84.7  0.000000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.102302  normal  0.0295996 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01432  O-succinylbenzoate synthase  28.21 
 
 
329 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0308  O-succinylbenzoate synthase  30.27 
 
 
364 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1207  O-succinylbenzoate synthase  27.02 
 
 
322 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1236  O-succinylbenzoate synthase  27.02 
 
 
322 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0203979  normal  0.74541 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11263  chloromuconate cycloisomerase  25.82 
 
 
346 aa  81.3  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2249  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.84 
 
 
345 aa  80.9  0.00000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.158661 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1603  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.02 
 
 
341 aa  81.3  0.00000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.929167  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1130  O-succinylbenzoate-CoA synthase  29.63 
 
 
333 aa  80.9  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.258184  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2416  O-succinylbenzoate synthase  27.44 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0291252  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3556  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.75 
 
 
363 aa  80.5  0.00000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.21436  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1410  O-succinylbenzoate synthase  29.57 
 
 
317 aa  80.5  0.00000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2557  O-succinylbenzoate synthase  27.13 
 
 
320 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.54989  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3403  O-succinylbenzoate synthase  27.13 
 
 
320 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.079647  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2407  O-succinylbenzoate synthase  27.13 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.261329  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2640  O-succinylbenzoate synthase  27.13 
 
 
320 aa  79  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00569926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02188  O-succinylbenzoate synthase  27.1 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1396  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.1 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1387  O-succinylbenzoate synthase  27.1 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4575  O-succinylbenzoate synthase  28.08 
 
 
374 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02147  hypothetical protein  27.1 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4068  O-succinylbenzoate synthase  28.03 
 
 
314 aa  78.2  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  unclonable  0.0000591111 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0176  O-succinylbenzoate synthase  28.78 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.897606  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1615  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.6 
 
 
318 aa  77.4  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.384502  normal  0.740788 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2566  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.86 
 
 
327 aa  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.903324  normal  0.0772573 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0280  O-succinylbenzoate synthase  27.73 
 
 
364 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4159  O-succinylbenzoate synthase  28.99 
 
 
366 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2534  O-succinylbenzoate synthase  28.53 
 
 
320 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2442  O-succinylbenzoate synthase  28.21 
 
 
320 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0308948  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0207  O-succinylbenzoate synthase  27.14 
 
 
351 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  hitchhiker  0.0000148357 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2491  O-succinylbenzoate synthase  28.21 
 
 
320 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.31031  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0393  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.72 
 
 
342 aa  76.3  0.0000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.182534  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2546  O-succinylbenzoate synthase  28.04 
 
 
320 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157759  normal  0.70681 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0177  O-succinylbenzoate synthase  28.41 
 
 
366 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.66 
 
 
319 aa  75.1  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000777348  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4290  O-succinylbenzoate synthase  28.41 
 
 
366 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.01 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3236  O-succinylbenzoate synthase  32 
 
 
317 aa  73.2  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.181885  normal  0.0542752 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  22.51 
 
 
369 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0951  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.83 
 
 
336 aa  73.6  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.01 
 
 
369 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2811  O-succinylbenzoate synthase  27.51 
 
 
321 aa  73.2  0.000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.955541 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.01 
 
 
369 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.64 
 
 
369 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0509  O-succinylbenzoate synthase  31.96 
 
 
320 aa  72.4  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.000393904  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07320  enolase superfamily enzyme related to L-alanine-DL-glutamate epimerase  28.8 
 
 
335 aa  71.6  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.840845  normal  0.0428996 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.01 
 
 
369 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  22.44 
 
 
369 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.01 
 
 
369 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24170  enolase superfamily enzyme related to L-alanine-DL-glutamate epimerase  34.02 
 
 
325 aa  71.6  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  22.73 
 
 
369 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4563  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
311 aa  70.9  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.856374  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1442  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.77 
 
 
365 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0457  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.59 
 
 
349 aa  70.9  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  20.89 
 
 
366 aa  70.5  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  22.22 
 
 
369 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2635  O-succinylbenzoate synthase  27.92 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2856  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.33 
 
 
350 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25190  O-succinylbenzoate synthase  29.35 
 
 
342 aa  69.7  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.33 
 
 
350 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.55 
 
 
356 aa  69.3  0.00000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2898  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  24.89 
 
 
350 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2971  AMP-dependent synthetase and ligase  23.9 
 
 
955 aa  67.4  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2659  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  24.45 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478585  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2850  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  24.45 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>