More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2892 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2892  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  100 
 
 
325 aa  598  1e-170  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.32058  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0587  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.26 
 
 
359 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.270423  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1881  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.27 
 
 
365 aa  150  3e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0327  O-succinylbenzoate-CoA synthase  37.5 
 
 
357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.012502 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2051  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.89 
 
 
356 aa  137  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2078  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.8 
 
 
365 aa  135  7.000000000000001e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.310676 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2434  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.7 
 
 
357 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2092  O-succinylbenzoate-CoA synthase  35.76 
 
 
357 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1718  O-succinylbenzoate-CoA synthase  37.85 
 
 
363 aa  134  3e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1409  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.29 
 
 
367 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.435097  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1375  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.17 
 
 
367 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.992091  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1393  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.17 
 
 
367 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0343363  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5719  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.33 
 
 
388 aa  95.9  9e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.37 
 
 
356 aa  95.5  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3556  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.02 
 
 
363 aa  94.7  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.21436  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3967  O-succinylbenzoate synthase  31.71 
 
 
349 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1603  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.22 
 
 
341 aa  94  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.929167  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1485  O-succinylbenzoate synthase  33.66 
 
 
323 aa  94  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0190  O-succinylbenzoate-CoA synthase  30 
 
 
337 aa  93.6  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.89 
 
 
369 aa  93.2  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1592  O-succinylbenzoate synthase  33.66 
 
 
323 aa  92.8  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.89 
 
 
369 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.28 
 
 
369 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.28 
 
 
369 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0393  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.65 
 
 
342 aa  91.7  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.182534  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.62 
 
 
369 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.53 
 
 
369 aa  90.9  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.89 
 
 
369 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.89 
 
 
369 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1855  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  23.66 
 
 
376 aa  90.5  3e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000301003 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1782  O-succinylbenzoate synthase  33 
 
 
323 aa  90.5  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.495059 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  30.43 
 
 
356 aa  90.5  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3769  O-succinylbenzoate synthase  31.83 
 
 
349 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.677399  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1522  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.75 
 
 
356 aa  89.4  7e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000142999 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0563  O-succinylbenzoate synthase  26.17 
 
 
332 aa  89.4  8e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00751682  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.27 
 
 
369 aa  89  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2325  muconate cycloisomerase  30.71 
 
 
377 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3842  O-succinylbenzoate synthase  31.42 
 
 
349 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.814694  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1114  O-succinylbenzoate synthase  31.39 
 
 
323 aa  88.6  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.236827  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0280  O-succinylbenzoate synthase  27.39 
 
 
364 aa  87.8  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.25 
 
 
366 aa  87  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2204  muconate and chloromuconate cycloisomerase  31.37 
 
 
373 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3715  muconate and chloromuconate cycloisomerase  31.29 
 
 
373 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.103603 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1357  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.8 
 
 
367 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.108147 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4029  muconate and chloromuconate cycloisomerase  29.5 
 
 
385 aa  86.7  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1361  muconate and chloromuconate cycloisomerase  31.41 
 
 
369 aa  86.3  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.200471  normal  0.0699312 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  24.82 
 
 
369 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2053  muconate and chloromuconate cycloisomerase  31.29 
 
 
373 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.363775  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3403  O-succinylbenzoate synthase  31.77 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.079647  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1615  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.53 
 
 
318 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.384502  normal  0.740788 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2416  O-succinylbenzoate synthase  32.06 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0291252  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02188  O-succinylbenzoate synthase  31.77 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1396  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.77 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004029  O-succinylbenzoate-CoA synthase  31.58 
 
 
329 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1387  O-succinylbenzoate synthase  31.77 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2557  O-succinylbenzoate synthase  31.88 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.54989  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1425  muconate and chloromuconate cycloisomerase  31.05 
 
 
369 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.548292  normal  0.323436 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02147  hypothetical protein  31.77 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2546  O-succinylbenzoate synthase  32.29 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157759  normal  0.70681 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2491  O-succinylbenzoate synthase  32.29 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.31031  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4575  O-succinylbenzoate synthase  30.69 
 
 
374 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2442  O-succinylbenzoate synthase  32.89 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0308948  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3462  O-succinylbenzoate synthase  32.72 
 
 
367 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4404  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.66 
 
 
393 aa  82.8  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1102  O-succinylbenzoate synthase  30.03 
 
 
324 aa  82.4  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01432  O-succinylbenzoate synthase  30.47 
 
 
329 aa  82.8  0.000000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2407  O-succinylbenzoate synthase  31.54 
 
 
320 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.261329  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4960  muconate and chloromuconate cycloisomerase  32.37 
 
 
377 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2534  O-succinylbenzoate synthase  32.55 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3200  O-succinylbenzoate synthase  30.74 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1929  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.55 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1270  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.4 
 
 
390 aa  81.3  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.156598  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5499  muconate and chloromuconate cycloisomerases  31.14 
 
 
377 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2640  O-succinylbenzoate synthase  31.54 
 
 
320 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00569926  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0200  muconate cycloisomerase  35.45 
 
 
377 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1775  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.9 
 
 
359 aa  80.9  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2963  muconate cycloisomerase  30 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0231  muconate cycloisomerase  35.45 
 
 
377 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1572  muconate cycloisomerase  35.45 
 
 
377 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.95887  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2856  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.19 
 
 
350 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2249  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.02 
 
 
345 aa  80.5  0.00000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.158661 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1375  muconate cycloisomerase  35.45 
 
 
377 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2635  O-succinylbenzoate synthase  29.2 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0986  muconate cycloisomerase  35 
 
 
377 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.55882  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4156  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.85 
 
 
370 aa  80.1  0.00000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.467092  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.87 
 
 
356 aa  80.1  0.00000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2566  muconate cycloisomerase  35 
 
 
377 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3662  muconate and chloromuconate cycloisomerase  31.14 
 
 
377 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246174  normal  0.215433 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7044  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.65 
 
 
378 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.418451 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4593  muconate and chloromuconate cycloisomerase  33.73 
 
 
377 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3770  muconate and chloromuconate cycloisomerases  33.73 
 
 
377 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0345801  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2705  muconate and chloromuconate cycloisomerase  29.86 
 
 
373 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601641  normal  0.625417 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5793  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.51 
 
 
390 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3753  muconate and chloromuconate cycloisomerase  33.73 
 
 
377 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341264  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6587  muconate and chloromuconate cycloisomerases  32.14 
 
 
387 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.98653 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2710  muconate cycloisomerase  35 
 
 
377 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.321006  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1130  O-succinylbenzoate-CoA synthase  35.17 
 
 
333 aa  78.6  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.258184  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6302  muconate and chloromuconate cycloisomerase  32.14 
 
 
378 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.564613  normal  0.0132989 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.45 
 
 
367 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0339  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.47 
 
 
364 aa  79  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>