More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2370 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2370  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
366 aa  751    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2020  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.38 
 
 
366 aa  431  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2415  chloromuconate cycloisomerase  50.97 
 
 
360 aa  360  2e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.495958  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1603  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.37 
 
 
341 aa  336  3.9999999999999995e-91  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.929167  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2788  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.03 
 
 
355 aa  335  5.999999999999999e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11263  chloromuconate cycloisomerase  46.18 
 
 
346 aa  328  1.0000000000000001e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1522  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  48.99 
 
 
356 aa  318  7.999999999999999e-86  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000142999 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2434  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.45 
 
 
357 aa  92.8  8e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1881  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.86 
 
 
365 aa  92.4  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1174  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27 
 
 
369 aa  91.3  2e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  hitchhiker  0.00378756 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2051  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.06 
 
 
356 aa  89  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5719  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.62 
 
 
388 aa  87  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2078  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.7 
 
 
365 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.310676 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1718  O-succinylbenzoate-CoA synthase  28.4 
 
 
363 aa  83.6  0.000000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2001  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.38 
 
 
368 aa  82.8  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.974655 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.4 
 
 
356 aa  82  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.29 
 
 
368 aa  77.4  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.165898 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4404  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.07 
 
 
393 aa  77.4  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0393  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.14 
 
 
342 aa  77  0.0000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.182534  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0594  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.59 
 
 
345 aa  76.6  0.0000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2092  O-succinylbenzoate-CoA synthase  26.8 
 
 
357 aa  76.3  0.0000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5705  O-succinylbenzoate synthase  30.56 
 
 
366 aa  75.1  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2249  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.3 
 
 
345 aa  71.2  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.158661 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0918  O-succinylbenzoate synthase  25.6 
 
 
315 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6822  O-succinylbenzoic acid synthetase  29.32 
 
 
366 aa  72  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
379 aa  71.2  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1775  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.07 
 
 
359 aa  71.2  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0386  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  26.17 
 
 
369 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542281  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1207  O-succinylbenzoate synthase  29.96 
 
 
322 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0404  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.14 
 
 
377 aa  70.5  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.125828  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1236  O-succinylbenzoate synthase  29.96 
 
 
322 aa  70.9  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0203979  normal  0.74541 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.94 
 
 
362 aa  70.9  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.12 
 
 
367 aa  70.5  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2635  O-succinylbenzoate synthase  24.5 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2806  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.86 
 
 
363 aa  69.7  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815269 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0319  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.68 
 
 
369 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0474  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.88 
 
 
378 aa  68.9  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00120292  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5272  O-succinylbenzoate synthase  26.61 
 
 
369 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.132905  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0963  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.89 
 
 
355 aa  68.6  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2289  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.3 
 
 
346 aa  68.2  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4932  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.39 
 
 
369 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.318001  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1393  o-succinylbenzoic acid (OSB) synthetase  23.91 
 
 
305 aa  68.2  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.78 
 
 
369 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.02 
 
 
381 aa  67.4  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0207  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.72 
 
 
346 aa  67  0.0000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0371  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.39 
 
 
369 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1543  O-succinylbenzoate-CoA synthase  25.07 
 
 
323 aa  66.6  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.324734  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0311  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.39 
 
 
369 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.48 
 
 
380 aa  66.2  0.0000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0308  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.39 
 
 
369 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0533  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.5 
 
 
318 aa  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.102302  normal  0.0295996 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5041  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.07 
 
 
369 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0433  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.39 
 
 
369 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2232  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.32 
 
 
309 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.469414  normal  0.296899 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6474  muconate cycloisomerase  29.44 
 
 
400 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1929  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.92 
 
 
382 aa  65.5  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2187  O-succinylbenzoate synthase  26.2 
 
 
369 aa  64.3  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2836  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.79 
 
 
333 aa  64.3  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.369904 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0324  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25 
 
 
369 aa  63.5  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0327  O-succinylbenzoate-CoA synthase  27.4 
 
 
357 aa  63.5  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.012502 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0339  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25 
 
 
369 aa  63.5  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.144298  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2892  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.64 
 
 
325 aa  63.5  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.32058  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02501  putative O-succinylbenzoate synthase  25.07 
 
 
323 aa  63.5  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07320  enolase superfamily enzyme related to L-alanine-DL-glutamate epimerase  36.31 
 
 
335 aa  63.5  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.840845  normal  0.0428996 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.65 
 
 
384 aa  63.2  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3556  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.03 
 
 
363 aa  62.8  0.000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.21436  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4563  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.84 
 
 
311 aa  62.4  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.856374  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  27.78 
 
 
356 aa  62.4  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.48 
 
 
368 aa  62.4  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3489  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.51 
 
 
368 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004029  O-succinylbenzoate-CoA synthase  25 
 
 
329 aa  62.4  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01432  O-succinylbenzoate synthase  25.62 
 
 
329 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0256  N-acylamino acid racemase  26.03 
 
 
368 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0874695  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1855  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  27.85 
 
 
376 aa  62  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000301003 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5011  N-acylamino acid racemase  25.49 
 
 
368 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2615  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.67 
 
 
326 aa  60.8  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.408637  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2645  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.7 
 
 
369 aa  60.8  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.59 
 
 
373 aa  60.8  0.00000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1615  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.74 
 
 
318 aa  60.8  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.384502  normal  0.740788 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4584  enolase superfamily protein; N-acylamino acid racemase, mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, or o-succinylbenzoate synthase  26.03 
 
 
368 aa  60.1  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4981  N-acylamino acid racemase  26.36 
 
 
368 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1639  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.74 
 
 
342 aa  60.5  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.54 
 
 
387 aa  60.5  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3171  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.35 
 
 
356 aa  60.1  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  26.11 
 
 
361 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3571  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.69 
 
 
344 aa  59.7  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314823  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2566  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.83 
 
 
327 aa  58.9  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.903324  normal  0.0772573 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3832  o-succinylbenzoate synthase  27.27 
 
 
370 aa  59.3  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0761  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.48 
 
 
343 aa  59.3  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.1 
 
 
370 aa  59.3  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.161308  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6166  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.79 
 
 
371 aa  58.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4746  N-acylamino acid racemase  26.36 
 
 
368 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4606  N-acylamino acid racemase; O-succinylbenzoate synthase  26.36 
 
 
368 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.820644  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0823  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.01 
 
 
372 aa  58.2  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5107  N-acylamino acid racemase  26.36 
 
 
368 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4964  N-acylamino acid racemase  26.36 
 
 
368 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3967  O-succinylbenzoate synthase  27.96 
 
 
349 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3890  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.28 
 
 
342 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4068  O-succinylbenzoate synthase  23.23 
 
 
314 aa  57.4  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  unclonable  0.0000591111 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3769  O-succinylbenzoate synthase  27.42 
 
 
349 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.677399  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>