206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1576 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_1576  arginine decarboxylase, biosynthetic  100 
 
 		 430 aa  893    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.584037  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3427  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  64.88 
 
 		 501 aa  614  9.999999999999999e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0150373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5527  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  64.73 
 
 		 494 aa  607  9.999999999999999e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.27948  normal  0.0601213 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00525  putative arginine decarboxylase  58.74 
 
 		 486 aa  552  1e-156  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6223  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  60.37 
 
 		 465 aa  550  1e-155  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2811  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  57.21 
 
 		 467 aa  541  9.999999999999999e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0595118  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1868  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.88 
 
 		 463 aa  536  1e-151  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11106  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2320  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.76 
 
 		 463 aa  521  1e-146  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.389053 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2839  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.06 
 
 		 522 aa  214  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.224922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2474  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.77 
 
 		 528 aa  212  9e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1778  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.65 
 
 		 505 aa  206  5e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.513471  normal  0.693923 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4514  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.78 
 
 		 576 aa  204  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0113275  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2606  arginine decarboxylase  26.71 
 
 		 635 aa  100  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.455337  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2916  arginine decarboxylase  25.65 
 
 		 635 aa  99.4  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1309  arginine decarboxylase  25.77 
 
 		 635 aa  97.4  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000212107 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0983  arginine decarboxylase  26.54 
 
 		 635 aa  95.5  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2412  arginine decarboxylase  23.05 
 
 		 626 aa  94.7  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2537  arginine decarboxylase  26.86 
 
 		 635 aa  94  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0904  arginine decarboxylase  27.27 
 
 		 635 aa  93.2  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284288 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1675  arginine decarboxylase  26.05 
 
 		 635 aa  93.2  8e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00247787  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3934  arginine decarboxylase  22.36 
 
 		 655 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.532155  normal  0.948508 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00521  arginine decarboxylase  24.17 
 
 		 648 aa  87.4  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.234716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1037  arginine decarboxylase  24.4 
 
 		 647 aa  86.3  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.919876 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00521  arginine decarboxylase  25.33 
 
 		 648 aa  85.1  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.325981  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3423  arginine decarboxylase  20.13 
 
 		 671 aa  83.6  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0721  arginine decarboxylase  21.96 
 
 		 644 aa  83.6  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2097  arginine decarboxylase  23.62 
 
 		 636 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0026  arginine decarboxylase  24.33 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2480  arginine decarboxylase  24.6 
 
 		 637 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.46516  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0072  arginine decarboxylase  21.26 
 
 		 628 aa  81.6  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1698  arginine decarboxylase  24.27 
 
 		 636 aa  82  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2280  arginine decarboxylase  23.95 
 
 		 636 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000837435  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0727  arginine decarboxylase  20.72 
 
 		 637 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.594395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00461  arginine decarboxylase  24.38 
 
 		 648 aa  80.5  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00481  arginine decarboxylase  24.38 
 
 		 648 aa  80.5  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1619  arginine decarboxylase  24.13 
 
 		 637 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000092888  normal  0.0751508 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2057  arginine decarboxylase  24.27 
 
 		 637 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.126213  normal  0.137004 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2609  arginine decarboxylase  23.95 
 
 		 637 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.901624  normal  0.151183 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3789  arginine decarboxylase  23.87 
 
 		 636 aa  80.1  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1677  arginine decarboxylase  22.19 
 
 		 681 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.814883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2172  arginine decarboxylase  23.18 
 
 		 642 aa  79.3  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2513  arginine decarboxylase  20.6 
 
 		 642 aa  79.3  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.494839 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0046  arginine decarboxylase  24.38 
 
 		 648 aa  79.7  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1650  arginine decarboxylase  22.19 
 
 		 681 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0419  arginine decarboxylase  23.1 
 
 		 661 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00340731  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3124  arginine decarboxylase  19.88 
 
 		 627 aa  78.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2047  arginine decarboxylase  21.55 
 
 		 625 aa  78.2  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000828  biosynthetic arginine decarboxylase  23.4 
 
 		 640 aa  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00030199  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1896  arginine decarboxylase  21.09 
 
 		 654 aa  78.2  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.907046  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1983  arginine decarboxylase  21.41 
 
 		 654 aa  78.2  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119208  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1963  arginine decarboxylase  22.33 
 
 		 636 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2068  arginine decarboxylase  21.41 
 
 		 654 aa  78.2  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63990  arginine decarboxylase  21.29 
 
 		 636 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28311  arginine decarboxylase  20.53 
 
 		 648 aa  77.4  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.205321 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1964  arginine decarboxylase  21.18 
 
 		 660 aa  77.4  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.015476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1658  arginine decarboxylase  23.83 
 
 		 645 aa  77  0.0000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.944199  normal  0.0506092 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5559  arginine decarboxylase  22.22 
 
 		 636 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0254  arginine decarboxylase  24.44 
 
 		 641 aa  75.9  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.164965  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1132  arginine decarboxylase  22.9 
 
 		 609 aa  75.9  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1647  arginine decarboxylase  23.3 
 
 		 637 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4598  arginine decarboxylase  20.79 
 
 		 637 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0659709 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06737  arginine decarboxylase  22.59 
 
 		 640 aa  76.3  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0567  arginine decarboxylase  20.79 
 
 		 637 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390352  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1870  arginine decarboxylase  22.65 
 
 		 637 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1557  arginine decarboxylase  22.98 
 
 		 637 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1632  arginine decarboxylase  22.98 
 
 		 637 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.386766  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0612  arginine decarboxylase  20.79 
 
 		 637 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0473517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0606  arginine decarboxylase  20.79 
 
 		 637 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2517  arginine decarboxylase  23.3 
 
 		 637 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.977379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1624  arginine decarboxylase  22.65 
 
 		 637 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0743651 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1768  arginine decarboxylase  23.3 
 
 		 637 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0174014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1805  arginine decarboxylase  23.3 
 
 		 637 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0026532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1761  arginine decarboxylase  23.3 
 
 		 637 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0168893  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1846  arginine decarboxylase  19.93 
 
 		 669 aa  75.1  0.000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1536  arginine decarboxylase  22.01 
 
 		 643 aa  74.3  0.000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.649083  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4842  biosynthetic arginine decarboxylase  21.74 
 
 		 637 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.540433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4381  arginine decarboxylase  21.74 
 
 		 637 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1142  arginine decarboxylase  22.44 
 
 		 693 aa  73.9  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.344888  hitchhiker  0.00702994 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0861  arginine decarboxylase  25.41 
 
 		 637 aa  73.9  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.221481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3349  arginine decarboxylase  24.66 
 
 		 659 aa  73.6  0.000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0845  arginine decarboxylase  24.66 
 
 		 659 aa  73.6  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0843  arginine decarboxylase  24.66 
 
 		 659 aa  73.6  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0895  arginine decarboxylase  31.21 
 
 		 613 aa  73.2  0.000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.262836  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1378  arginine decarboxylase  21.67 
 
 		 647 aa  72.8  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03894  arginine decarboxylase  22.4 
 
 		 639 aa  72.8  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0027527  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1119  arginine decarboxylase  22.9 
 
 		 639 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.139662  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00591  arginine decarboxylase  21.81 
 
 		 647 aa  72.8  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0970534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0926  arginine decarboxylase  31.21 
 
 		 613 aa  72.4  0.00000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.355796  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07050  arginine decarboxylase  19.41 
 
 		 636 aa  72  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0520  arginine decarboxylase  20.06 
 
 		 637 aa  71.2  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0544  arginine decarboxylase  18.77 
 
 		 633 aa  71.2  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.073067  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3466  arginine decarboxylase  21.29 
 
 		 645 aa  70.9  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.348577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0901  arginine decarboxylase  22.44 
 
 		 638 aa  70.5  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000100122  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0746  arginine decarboxylase  35.83 
 
 		 609 aa  70.5  0.00000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.274472  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0557  arginine decarboxylase  20.28 
 
 		 629 aa  70.1  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.321507  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02768  arginine decarboxylase  22.37 
 
 		 658 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0756  arginine decarboxylase  22.37 
 
 		 658 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02731  hypothetical protein  22.37 
 
 		 658 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0773  arginine decarboxylase  22.37 
 
 		 658 aa  69.7  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00439854 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3081  arginine decarboxylase  22.37 
 
 		 632 aa  69.7  0.00000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602145  hitchhiker  0.00168239 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>