More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4514 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  85.93 
 
 
396 aa  700    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  100 
 
 
729 aa  1484    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  89.96 
 
 
744 aa  1289    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1757  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71.32 
 
 
401 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2966  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71.57 
 
 
415 aa  575  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.396532  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0455  pyruvate carboxyltransferase  90.1 
 
 
313 aa  552  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.58 
 
 
413 aa  553  1e-156  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.969244  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2489  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.54 
 
 
402 aa  547  1e-154  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.487747  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.59 
 
 
402 aa  546  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.164916  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.89 
 
 
411 aa  548  1e-154  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.853054  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4805  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.54 
 
 
430 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5464  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.81 
 
 
430 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0227388  normal  0.134868 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5397  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.81 
 
 
430 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.459819  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5347  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.67 
 
 
437 aa  537  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4806  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.19 
 
 
437 aa  538  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2352  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.83 
 
 
402 aa  535  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0528822  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.67 
 
 
409 aa  535  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.434852 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0807  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.21 
 
 
412 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3393  CAIB/BAIF family protein  62.3 
 
 
396 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.288648  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6960  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.5 
 
 
383 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.35 
 
 
386 aa  475  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.444821  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.19 
 
 
383 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0445  pyruvate carboxyltransferase  82.18 
 
 
312 aa  472  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5985  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.19 
 
 
383 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761054  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.19 
 
 
383 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2967  pyruvate carboxyltransferase  77.59 
 
 
331 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2560  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.58 
 
 
397 aa  469  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251526  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.27 
 
 
392 aa  462  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2060  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.29 
 
 
384 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.216731  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03121  hypothetical protein  60.92 
 
 
383 aa  458  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3138  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.91 
 
 
392 aa  457  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0152397 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.6 
 
 
393 aa  455  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2763  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.12 
 
 
399 aa  426  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2696  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.46 
 
 
392 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4807  pyruvate carboxyltransferase  67.44 
 
 
328 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5348  pyruvate carboxyltransferase  66.56 
 
 
333 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4804  pyruvate carboxyltransferase  65.78 
 
 
328 aa  399  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5396  pyruvate carboxyltransferase  65.78 
 
 
328 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5465  pyruvate carboxyltransferase  65.45 
 
 
328 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0487859  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3518  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.13 
 
 
400 aa  385  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4879  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.92 
 
 
395 aa  376  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2762  pyruvate carboxyltransferase  56.21 
 
 
329 aa  346  7e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2490  pyruvate carboxyltransferase  56.27 
 
 
323 aa  344  4e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.387658  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2559  pyruvate carboxyltransferase  57.14 
 
 
302 aa  340  5e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3143  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  55.63 
 
 
323 aa  339  9e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3394  3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase, putative  57.89 
 
 
309 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.461441 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2061  pyruvate carboxyltransferase  55.7 
 
 
326 aa  320  7e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0806  pyruvate carboxyltransferase  56.62 
 
 
325 aa  318  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2695  pyruvate carboxyltransferase  55.66 
 
 
314 aa  318  2e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0036  pyruvate carboxyltransferase  55.07 
 
 
312 aa  313  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.700183 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2353  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  54.55 
 
 
327 aa  312  1e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0402015  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5984  pyruvate carboxyltransferase  54.7 
 
 
313 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6280  pyruvate carboxyltransferase  55.03 
 
 
313 aa  308  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1756  pyruvate carboxyltransferase  53.95 
 
 
315 aa  304  5.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6613  pyruvate carboxyltransferase  51.33 
 
 
319 aa  292  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6961  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.7 
 
 
313 aa  290  7e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3137  pyruvate carboxyltransferase  52.54 
 
 
317 aa  290  9e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.676555  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6248  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  52.53 
 
 
315 aa  286  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.938402  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1123  pyruvate carboxyltransferase  52 
 
 
324 aa  279  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0217211  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.3 
 
 
372 aa  269  2e-70  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.920377  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0438  pyruvate carboxyltransferase  54.03 
 
 
314 aa  262  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4194  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  48.08 
 
 
321 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.39 
 
 
409 aa  246  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.82 
 
 
404 aa  243  7e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.43 
 
 
415 aa  239  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
386 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
406 aa  237  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.87 
 
 
389 aa  237  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5092  pyruvate carboxyltransferase  47.85 
 
 
306 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.596578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3870  pyruvate carboxyltransferase  46.53 
 
 
308 aa  234  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240337  normal  0.779005 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1838  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.32 
 
 
299 aa  235  3e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.611608  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6976  pyruvate carboxyltransferase  45.63 
 
 
318 aa  234  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3592  pyruvate carboxyltransferase  45.05 
 
 
314 aa  234  6e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  hitchhiker  0.00183471 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.82 
 
 
406 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  36.67 
 
 
396 aa  233  9e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4878  pyruvate carboxyltransferase  44.96 
 
 
317 aa  232  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.980177 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.04 
 
 
390 aa  232  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  36.79 
 
 
411 aa  230  6e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.46 
 
 
407 aa  230  7e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.22 
 
 
393 aa  228  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2443  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  45.26 
 
 
297 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.27 
 
 
395 aa  228  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  35.41 
 
 
421 aa  227  5.0000000000000005e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.08 
 
 
407 aa  227  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.57 
 
 
395 aa  227  7e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.01 
 
 
415 aa  226  9e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3783  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  44.25 
 
 
319 aa  225  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2809  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.22 
 
 
303 aa  225  2e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154528 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.27 
 
 
381 aa  226  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  38.44 
 
 
381 aa  224  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  37.44 
 
 
416 aa  224  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  35.06 
 
 
390 aa  224  4.9999999999999996e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2372  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.58 
 
 
303 aa  224  4.9999999999999996e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2288  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.58 
 
 
303 aa  224  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.46 
 
 
407 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2563  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.58 
 
 
303 aa  224  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.5413e-18 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2550  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  41.58 
 
 
303 aa  224  4.9999999999999996e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1805  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  43.17 
 
 
303 aa  224  6e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0421584  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2317  pyruvate carboxyltransferase  48.28 
 
 
307 aa  223  7e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.46 
 
 
423 aa  223  7e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>