More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1757 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_2057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  77.19 
 
 
413 aa  634    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.969244  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  79.6 
 
 
402 aa  650    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.164916  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2489  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  80.15 
 
 
402 aa  637    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.487747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1757  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
401 aa  814    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  76.71 
 
 
411 aa  622  1e-177  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.853054  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  75.13 
 
 
409 aa  606  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.434852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2352  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  73.4 
 
 
402 aa  605  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0528822  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  72.54 
 
 
729 aa  583  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  73.21 
 
 
744 aa  568  1e-161  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.04 
 
 
396 aa  564  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4806  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.89 
 
 
437 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5464  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.12 
 
 
430 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0227388  normal  0.134868 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5347  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.89 
 
 
437 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5397  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.12 
 
 
430 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.459819  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4805  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.87 
 
 
430 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2966  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.25 
 
 
415 aa  523  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.396532  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3393  CAIB/BAIF family protein  59.9 
 
 
396 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.288648  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6960  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.58 
 
 
383 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.15 
 
 
392 aa  460  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2560  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.87 
 
 
397 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251526  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.17 
 
 
383 aa  454  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.21 
 
 
383 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.53 
 
 
386 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.444821  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5985  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.9 
 
 
383 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761054  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0807  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.78 
 
 
412 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2060  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.47 
 
 
384 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.216731  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03121  hypothetical protein  58.84 
 
 
383 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3138  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60 
 
 
392 aa  441  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0152397 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.26 
 
 
393 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2763  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.81 
 
 
399 aa  422  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2696  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.5 
 
 
392 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3518  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.87 
 
 
400 aa  377  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4879  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.35 
 
 
395 aa  362  5.0000000000000005e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.1 
 
 
372 aa  251  1e-65  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.920377  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.87 
 
 
415 aa  240  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.7 
 
 
404 aa  238  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.76 
 
 
386 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.98 
 
 
393 aa  233  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.12 
 
 
406 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.95 
 
 
406 aa  227  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.26 
 
 
418 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.51 
 
 
413 aa  225  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.16 
 
 
381 aa  225  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.22 
 
 
409 aa  224  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.19 
 
 
407 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  38.56 
 
 
381 aa  224  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.26 
 
 
418 aa  223  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  36.09 
 
 
396 aa  223  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.48 
 
 
423 aa  222  9e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  34.75 
 
 
396 aa  222  9e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  36.11 
 
 
416 aa  222  9e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.18 
 
 
402 aa  222  9.999999999999999e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.690639  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  36.75 
 
 
411 aa  221  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
390 aa  222  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  36.34 
 
 
396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
403 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.8 
 
 
407 aa  220  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.8 
 
 
410 aa  220  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  37.02 
 
 
390 aa  219  5e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.5 
 
 
429 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  38.5 
 
 
407 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.37 
 
 
416 aa  219  7e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.48 
 
 
406 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.14 
 
 
389 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.21 
 
 
422 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.74 
 
 
391 aa  218  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.19 
 
 
407 aa  216  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.01 
 
 
405 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.64 
 
 
406 aa  216  7e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.84 
 
 
413 aa  216  8e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.37 
 
 
390 aa  215  9e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.68 
 
 
395 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.98 
 
 
424 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
406 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  36.1 
 
 
383 aa  212  7e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  35.44 
 
 
412 aa  212  7.999999999999999e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.08 
 
 
395 aa  212  9e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
394 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.9 
 
 
399 aa  212  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.41 
 
 
407 aa  210  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.69 
 
 
415 aa  210  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33 
 
 
419 aa  210  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.56 
 
 
407 aa  209  8e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.49 
 
 
413 aa  209  9e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  33.17 
 
 
411 aa  209  9e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  34.82 
 
 
544 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.42 
 
 
398 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04230  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G06250)  32.93 
 
 
446 aa  207  2e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0128507  normal  0.310252 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  35.38 
 
 
406 aa  207  2e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  34.82 
 
 
568 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  34.82 
 
 
577 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  35.18 
 
 
406 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  35.18 
 
 
406 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  35.18 
 
 
406 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.96 
 
 
419 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5721  putative Formyl-CoA transferase  32.83 
 
 
396 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.37862 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  35.18 
 
 
406 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  32.41 
 
 
393 aa  207  3e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  35.61 
 
 
425 aa  207  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  35.18 
 
 
406 aa  207  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>