More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_2489 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2489  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
402 aa  817    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.487747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1757  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  79.4 
 
 
401 aa  654    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  83.42 
 
 
413 aa  667    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.969244  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  90.05 
 
 
411 aa  717    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.853054  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  98.76 
 
 
402 aa  807    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.164916  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.61 
 
 
409 aa  598  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.434852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2352  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.9 
 
 
402 aa  587  1e-167  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0528822  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.22 
 
 
396 aa  558  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4514  hydroxymethylglutaryl-CoA lyase  68.27 
 
 
729 aa  556  1e-157  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.014296  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3685  pyruvate carboxyltransferase  69.02 
 
 
744 aa  552  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2966  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.33 
 
 
415 aa  543  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.396532  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5347  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.35 
 
 
437 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4806  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.81 
 
 
437 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4805  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.34 
 
 
430 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5464  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.34 
 
 
430 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0227388  normal  0.134868 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5397  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.34 
 
 
430 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.459819  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0807  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.86 
 
 
412 aa  476  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.38 
 
 
392 aa  468  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2560  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.82 
 
 
397 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251526  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6960  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.47 
 
 
383 aa  455  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5985  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.7 
 
 
383 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761054  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.96 
 
 
383 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3393  CAIB/BAIF family protein  58.31 
 
 
396 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.288648  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2060  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.84 
 
 
384 aa  448  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.216731  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3138  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.68 
 
 
392 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0152397 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.42 
 
 
383 aa  450  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03121  hypothetical protein  59.2 
 
 
383 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.6 
 
 
386 aa  444  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.444821  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.56 
 
 
393 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2696  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.13 
 
 
392 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2763  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.28 
 
 
399 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3518  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.3 
 
 
400 aa  392  1e-108  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4879  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.56 
 
 
395 aa  357  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37 
 
 
372 aa  263  3e-69  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.920377  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.3 
 
 
393 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.75 
 
 
407 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.46 
 
 
404 aa  249  5e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
391 aa  248  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.19 
 
 
418 aa  248  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.19 
 
 
418 aa  247  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.04 
 
 
406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.62 
 
 
409 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.26 
 
 
415 aa  240  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  35.5 
 
 
396 aa  236  8e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.31 
 
 
402 aa  235  1.0000000000000001e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.690639  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 
395 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.51 
 
 
423 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.22 
 
 
435 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.68 
 
 
415 aa  234  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.12 
 
 
424 aa  232  8.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  36.97 
 
 
406 aa  232  9e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  36.99 
 
 
416 aa  232  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.94 
 
 
411 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.99 
 
 
407 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  33.92 
 
 
393 aa  230  3e-59  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
386 aa  229  7e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.78 
 
 
406 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  35.81 
 
 
407 aa  229  8e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.05 
 
 
406 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.46 
 
 
381 aa  229  9e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.05 
 
 
413 aa  229  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.54 
 
 
406 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  36.55 
 
 
395 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  35.48 
 
 
389 aa  228  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  35.54 
 
 
406 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.95 
 
 
390 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.92 
 
 
415 aa  228  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.29 
 
 
406 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.23 
 
 
407 aa  228  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.63 
 
 
388 aa  227  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  36.34 
 
 
396 aa  228  2e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.54 
 
 
406 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  36.23 
 
 
406 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  36.23 
 
 
577 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  36.23 
 
 
406 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  36.23 
 
 
406 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  37.95 
 
 
381 aa  227  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  36.23 
 
 
406 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.29 
 
 
426 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  36.23 
 
 
568 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  36.23 
 
 
406 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.95 
 
 
375 aa  227  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.45 
 
 
407 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.59 
 
 
401 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.603541  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  36.23 
 
 
544 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  36.66 
 
 
411 aa  226  4e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  35.04 
 
 
407 aa  227  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.18 
 
 
413 aa  226  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.54 
 
 
452 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  36.84 
 
 
396 aa  226  5.0000000000000005e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.09 
 
 
395 aa  226  8e-58  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.56 
 
 
406 aa  225  9e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.09 
 
 
434 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.07 
 
 
406 aa  225  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.24 
 
 
368 aa  225  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
415 aa  225  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.92 
 
 
407 aa  225  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.05 
 
 
406 aa  225  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.86 
 
 
413 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  37.5 
 
 
421 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>