More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6112 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6112  transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  605  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.824632  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1408  LysR family transcriptional regulator  74.03 
 
 		 310 aa  461  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.349325 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5229  transcriptional regulator, LysR family  71.62 
 
 		 304 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23572  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0822  LysR family transcriptional regulator  70.3 
 
 		 304 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1087  LysR family transcriptional regulator  66.45 
 
 		 316 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0873  transcriptional regulator, LysR family  65.57 
 
 		 306 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0765  transcriptional regulator, LysR family  63.93 
 
 		 306 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.745241  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1714  LysR family transcriptional regulator  69.41 
 
 		 306 aa  401  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3568  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 307 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.318176  normal  0.117537 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2284  transcriptional regulator, LysR family  59.74 
 
 		 305 aa  359  4e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1710  transcriptional regulator, LysR family  61.06 
 
 		 305 aa  348  6e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 302 aa  229  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 316 aa  189  7e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.21 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  36.21 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 304 aa  185  8e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 304 aa  185  8e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 295 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 304 aa  185  8e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 309 aa  185  9e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.59 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 555 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  35.17 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  35.17 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.15 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  35.64 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  35.17 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.27 
 
 		 295 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 307 aa  178  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 318 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  34.83 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 293 aa  176  6e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 306 aa  175  8e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.29 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4209  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 320 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 327 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 327 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 295 aa  172  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>