More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5713 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  457  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  63.96 
 
 		 234 aa  291  6e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  63.96 
 
 		 234 aa  291  6e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  55.36 
 
 		 224 aa  269  2.9999999999999997e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  48.58 
 
 		 222 aa  217  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  47.75 
 
 		 259 aa  217  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 234 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 235 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.25 
 
 		 230 aa  202  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  46.61 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.67 
 
 		 272 aa  196  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 236 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.71 
 
 		 261 aa  193  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 265 aa  192  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.19 
 
 		 272 aa  192  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  43.87 
 
 		 228 aa  186  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.91 
 
 		 236 aa  182  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.86 
 
 		 226 aa  182  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.6 
 
 		 232 aa  181  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.6 
 
 		 232 aa  181  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  43.13 
 
 		 248 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.65 
 
 		 248 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  42.33 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  42.36 
 
 		 285 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  41.28 
 
 		 247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  41.28 
 
 		 247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  41.28 
 
 		 247 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.4 
 
 		 289 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  41.4 
 
 		 309 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  41.4 
 
 		 281 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.93 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.93 
 
 		 284 aa  169  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.93 
 
 		 284 aa  169  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  40.93 
 
 		 284 aa  169  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.65 
 
 		 251 aa  166  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  40.76 
 
 		 262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  40.76 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 231 aa  161  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.72 
 
 		 161 aa  135  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 255 aa  131  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  37.7 
 
 		 247 aa  104  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.02 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 239 aa  96.3  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 239 aa  92.8  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  31.16 
 
 		 266 aa  92  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 241 aa  92  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.15 
 
 		 237 aa  92  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 239 aa  92  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 		 239 aa  91.7  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 237 aa  90.9  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 239 aa  89.7  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  29.77 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  29.77 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  29.77 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  29.77 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 241 aa  87.8  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.77 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  29.77 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 233 aa  86.3  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 227 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  30.89 
 
 		 228 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  30.37 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  28.24 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.18 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.18 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  26.92 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 235 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 235 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28.24 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.24 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.11 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  25.12 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.6 
 
 		 258 aa  72.8  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 226 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 258 aa  72.8  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  26.64 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  29.85 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5384  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.92 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0141215 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.65 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 225 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>