More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7402 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7402  Transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  616  1e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0897  DNA-binding transcriptional activator MhpR  35.25 
 
 		 278 aa  152  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000478423  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15090  DNA-binding transcriptional activator MhpR  36.3 
 
 		 273 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774699  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4534  DNA-binding transcriptional activator MhpR  34.29 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0926  DNA-binding transcriptional activator MhpR  34.48 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0269  DNA-binding transcriptional activator MhpR  37.55 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.615423  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0931  DNA-binding transcriptional activator MhpR  36.73 
 
 		 266 aa  133  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2330  DNA-binding transcriptional activator MhpR  36.82 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.497147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0410  DNA-binding transcriptional activator MhpR  34.22 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000385619  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0370  DNA-binding transcriptional activator MhpR  34.22 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000653427  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3279  DNA-binding transcriptional activator MhpR  33.84 
 
 		 281 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000040145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0377  DNA-binding transcriptional activator MhpR  33.84 
 
 		 281 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000713598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0421  DNA-binding transcriptional activator MhpR  33.84 
 
 		 281 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.455857  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00304  hypothetical protein  33.46 
 
 		 277 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000752199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00300  DNA-binding transcriptional activator, 3HPP-binding  33.46 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000821038  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3260  transcriptional regulator, IclR family  33.46 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000124832  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1978  DNA-binding transcriptional activator MhpR  33.09 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.184195  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7409  Transcriptional regulator  32.21 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0051  DNA-binding transcriptional activator MhpR  31.49 
 
 		 272 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1685  transcriptional regulator, IclR family  31.03 
 
 		 273 aa  102  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.857691  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3062  DNA-binding transcriptional activator MhpR  30.04 
 
 		 255 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  0.0344191 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0834  DNA-binding transcriptional activator MhpR  29.44 
 
 		 264 aa  100  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3751  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.88 
 
 		 278 aa  93.2  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3024  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.43 
 
 		 278 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2678  transcriptional regulator for mhp operon  29.24 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.712892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3992  transcriptional regulator, IclR family  29.54 
 
 		 272 aa  84.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1863  IclR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 266 aa  82.4  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.020859  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2112  IclR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 268 aa  74.3  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0839  IclR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199028 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3689  IclR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.909085 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2872  transcriptional regulator, IclR family  26.56 
 
 		 255 aa  67  0.0000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0951  IclR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6267  transcriptional regulator, IclR family  24.32 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2838  IclR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 601 aa  63.9  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1018  transcriptional regulator, IclR family  25.67 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.142974  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3169  transcriptional regulator, IclR family  24.73 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669044  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3214  transcriptional regulator, IclR family  33.76 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2067  transcriptional regulator, IclR family  25.69 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210028  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  27.17 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1294  IclR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2460  transcriptional regulator, IclR family  26.27 
 
 		 263 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  24.46 
 
 		 257 aa  59.7  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  27.06 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1087  transcriptional regulator, IclR family  26.32 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 267 aa  58.9  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2552  IclR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 257 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2750  IclR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 257 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337487 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 268 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2325  transcriptional regulator, IclR family  26 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2024  transcriptional regulator, IclR family  32.05 
 
 		 281 aa  57.8  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.276218  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  22.88 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2525  transcriptional regulator, IclR family  27.27 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2336  regulatory proteins, IclR  27.27 
 
 		 279 aa  57  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477637  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0691  IclR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 260 aa  57  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  27.63 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0906  regulatory proteins, IclR  27.2 
 
 		 254 aa  57  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  26.03 
 
 		 275 aa  57  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  26.34 
 
 		 267 aa  57  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  26.03 
 
 		 275 aa  57  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4911  putative transcriptional regulator  23.98 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.803448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56430  putative transcriptional regulator  24.02 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2746  transcriptional regulator, IclR family  24.47 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.881679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5574  IclR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3947  IclR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 267 aa  55.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251831 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0824  transcriptional regulator, IclR family  25.79 
 
 		 264 aa  55.5  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1174  transcriptional regulator, IclR family  24.9 
 
 		 263 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2255  transcription regulator protein  24.51 
 
 		 275 aa  53.9  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6262  IclR family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1670  regulatory protein, IclR  27.57 
 
 		 274 aa  54.3  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0894994  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7315  IclR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 262 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1578  transcriptional regulator, IclR family  27.66 
 
 		 274 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2865  transcriptional regulator, putative  27.22 
 
 		 306 aa  53.9  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4893  transcriptional regulator, IclR family  26.46 
 
 		 549 aa  53.5  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3846  transcriptional regulator, IclR family  26.96 
 
 		 269 aa  53.1  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3573  IclR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 285 aa  53.1  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0802291  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3598  IclR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 274 aa  52.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213229  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0530  regulatory protein, IclR  31.65 
 
 		 265 aa  52.8  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 283 aa  53.1  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1502  IclR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 275 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.142531  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2069  hypothetical protein  33.61 
 
 		 138 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1370  IclR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 275 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557476  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1366  IclR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 275 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0501945  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4416  transcriptional regulator, IclR family  21.14 
 
 		 251 aa  52.8  0.000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0876  IclR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 295 aa  52.8  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 267 aa  52.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  27.5 
 
 		 280 aa  52.4  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6045  IclR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 268 aa  52.4  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.820447 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  27.5 
 
 		 280 aa  52.4  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  27.5 
 
 		 280 aa  52.4  0.000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1391  IclR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 263 aa  52  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0043  transcriptional regulator, IclR family  29.66 
 
 		 268 aa  52.4  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  25.91 
 
 		 277 aa  51.6  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  24.4 
 
 		 303 aa  52  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2285  transcriptional regulator, IclR family  24.19 
 
 		 259 aa  52.4  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2608  regulatory protein, IclR  23.75 
 
 		 257 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2063  IclR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 263 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1929  IclR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 267 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132435  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2225  IclR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 292 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0093457  normal  0.42104 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>