236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2562 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2562  hypothetical protein  100 
 
 
1007 aa  2044    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.418924  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1597  ComEC/Rec2-related protein  41.04 
 
 
810 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1145  ComEC/Rec2-related protein  39.87 
 
 
799 aa  490  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1790  ComEC/Rec2-related protein  41.46 
 
 
754 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0814214  hitchhiker  0.00430403 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2044  ComEC/Rec2-related protein  31.45 
 
 
858 aa  334  5e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1644  ComEC/Rec2-related protein  38.32 
 
 
788 aa  330  1.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1145  ComEC/Rec2 family protein, putative  32.07 
 
 
843 aa  314  3.9999999999999997e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0601  competence protein  33.27 
 
 
757 aa  280  1e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.427336  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3179  ComEC/Rec2-related protein  35.7 
 
 
718 aa  268  5e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0397465  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1134  ComEC/Rec2-related protein  32.78 
 
 
672 aa  253  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4370  ComEC/Rec2-related protein  34.6 
 
 
757 aa  245  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.754467  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3093  ComEC/Rec2-related protein  34.48 
 
 
671 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.662312  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1996  putative competence protein  35.67 
 
 
684 aa  233  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0706  ComEC/Rec2-related protein  35.49 
 
 
684 aa  231  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.471107 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1411  ComEC/Rec2-related protein  31.23 
 
 
792 aa  221  6e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.688241 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4498  putative ComEC/Rec2 family protein  31.74 
 
 
762 aa  219  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1804  putative competence protein  33 
 
 
694 aa  218  5e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.254027  normal  0.193881 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2453  ComEC/Rec2-related protein  33.01 
 
 
774 aa  215  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.869804  normal  0.603908 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0648  ComEC/Rec2-related protein  38.12 
 
 
738 aa  215  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3250  ComEC/Rec2-related protein  31.93 
 
 
755 aa  212  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1843  ComEC/Rec2-related protein  31.25 
 
 
706 aa  211  4e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151379  normal  0.0423883 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5147  ComEC/Rec2-related protein  34.53 
 
 
752 aa  210  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1842  ComEC/Rec2-related protein  33.52 
 
 
778 aa  209  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.818822  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4682  ComEC/Rec2-related protein  34.46 
 
 
752 aa  209  3e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.115227  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1522  ComEC/Rec2-related protein  34.62 
 
 
736 aa  206  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302052  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1602  ComEC/Rec2-related protein  32.09 
 
 
739 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196969  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2840  ComEC/Rec2-related protein  32.07 
 
 
764 aa  201  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.431764 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2810  ComEC/Rec2-related protein  31.03 
 
 
764 aa  196  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553334  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1679  ComEC/Rec2-related protein  33.78 
 
 
779 aa  193  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38602 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5224  ComEC/Rec2-related protein  37.37 
 
 
753 aa  192  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2021  ComEC/Rec2-related protein  36.85 
 
 
760 aa  188  5e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1397  ComEC/Rec2-related protein  35.52 
 
 
702 aa  180  9e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027925 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3718  ComEC/Rec2-related protein  33.64 
 
 
717 aa  176  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0627222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2785  ComEC/Rec2-related protein  31.91 
 
 
726 aa  174  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.457375  hitchhiker  0.00294021 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0071  ComEC/Rec2-related protein  27.95 
 
 
697 aa  159  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0586  ComEC/Rec2-related protein  26.98 
 
 
672 aa  156  2e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.330536  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0435  ComEC/Rec2-related protein  24.3 
 
 
674 aa  156  2e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0831  ComEC/Rec2-related protein  30.96 
 
 
719 aa  153  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00619984 
 
 
-
 
NC_002978  WD1160  ComEC/Rec2 family protein  25.76 
 
 
720 aa  151  5e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0317  ComEC/Rec2 family protein  25.23 
 
 
736 aa  151  6e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1711  ComEC/Rec2-related protein  31.52 
 
 
413 aa  139  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3214  ComEC/Rec2-related protein  31.44 
 
 
714 aa  134  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1639  ComEC/Rec2-related protein  29.97 
 
 
695 aa  119  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.830432  normal  0.388219 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2030  ComEC/Rec2-related protein  29.36 
 
 
760 aa  108  7e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0600  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.21 
 
 
815 aa  98.6  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.404851 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0767  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.06 
 
 
840 aa  96.3  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.34 
 
 
785 aa  91.3  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.71 
 
 
784 aa  88.2  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.54 
 
 
766 aa  86.3  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2554  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  27.07 
 
 
846 aa  85.5  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2124  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.94 
 
 
860 aa  85.5  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118158  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.51 
 
 
841 aa  84.7  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.03 
 
 
851 aa  84.7  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.89 
 
 
878 aa  80.5  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1465  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.28 
 
 
801 aa  79.7  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1885  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.98 
 
 
797 aa  79  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.372915  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.37 
 
 
835 aa  79  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1079  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.64 
 
 
800 aa  78.6  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.723493  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3098  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.5 
 
 
811 aa  78.6  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0606  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  22.68 
 
 
778 aa  78.2  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4178  DNA internalization-like competence protein ComEC/Rec2  27.34 
 
 
747 aa  77.4  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145225  normal  0.646667 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.37 
 
 
845 aa  77.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1657  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.49 
 
 
771 aa  75.9  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0031  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.65 
 
 
797 aa  75.1  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2092  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.42 
 
 
757 aa  75.1  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000797686  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3158  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.59 
 
 
860 aa  75.1  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0990853  normal  0.446106 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0848  ComEC/Rec2-related protein  26.5 
 
 
689 aa  74.7  0.000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0023  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.5 
 
 
796 aa  74.7  0.000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.47 
 
 
840 aa  74.7  0.000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0386  DNA uptake protein  25.11 
 
 
825 aa  74.7  0.000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0792  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.02 
 
 
773 aa  74.3  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92497  hitchhiker  0.0000000434572 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1470  ComEC/rec2 family protein  27.78 
 
 
752 aa  73.9  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_23  DNA internalization competence protein  24.94 
 
 
795 aa  74.3  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0107142  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.42 
 
 
770 aa  73.9  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1902  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.9 
 
 
880 aa  73.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1164  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.55 
 
 
777 aa  73.6  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00428726 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0933  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.3 
 
 
861 aa  72.8  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.337545  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0663  hypothetical protein  23.79 
 
 
735 aa  72.8  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2093  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.23 
 
 
802 aa  72.8  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.35183  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1779  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.44 
 
 
762 aa  72.8  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1202  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26 
 
 
776 aa  72.4  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.177641 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0680  hypothetical protein  23.79 
 
 
735 aa  72  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4176  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  22.12 
 
 
773 aa  72  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3051  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  21.02 
 
 
780 aa  72  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.755952  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1632  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.28 
 
 
738 aa  71.6  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2148  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.29 
 
 
829 aa  71.6  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705314  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1769  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.34 
 
 
812 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.479237  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2538  ComEC/Rec2-related protein  23.99 
 
 
604 aa  71.2  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5080  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.79 
 
 
832 aa  70.1  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.411729  normal  0.0251813 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2070  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.16 
 
 
818 aa  69.7  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1336  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.94 
 
 
765 aa  69.7  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62013 
 
 
-
 
NC_002936  DET0024  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.17 
 
 
795 aa  68.6  0.0000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0591884  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1432  hypothetical protein  25.97 
 
 
754 aa  68.6  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0687894  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2021  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.3 
 
 
833 aa  67.8  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.130557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1508  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.23 
 
 
737 aa  67.8  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3848  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.1 
 
 
738 aa  67.8  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2389  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.73 
 
 
831 aa  67.8  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00142105  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0350  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.66 
 
 
822 aa  67.4  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1483  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.44 
 
 
791 aa  67.8  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0140  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.25 
 
 
868 aa  66.6  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0038467 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>