267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3214 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3214  ComEC/Rec2-related protein  100 
 
 
714 aa  1333    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0831  ComEC/Rec2-related protein  56.7 
 
 
719 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00619984 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2030  ComEC/Rec2-related protein  49.49 
 
 
760 aa  463  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1134  ComEC/Rec2-related protein  33.97 
 
 
672 aa  241  4e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3179  ComEC/Rec2-related protein  34.16 
 
 
718 aa  239  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0397465  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1843  ComEC/Rec2-related protein  35.12 
 
 
706 aa  232  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151379  normal  0.0423883 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3093  ComEC/Rec2-related protein  34.26 
 
 
671 aa  231  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.662312  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1996  putative competence protein  34.3 
 
 
684 aa  226  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2840  ComEC/Rec2-related protein  34.18 
 
 
764 aa  226  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.431764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3250  ComEC/Rec2-related protein  36.23 
 
 
755 aa  226  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0706  ComEC/Rec2-related protein  34.01 
 
 
684 aa  221  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.471107 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4498  putative ComEC/Rec2 family protein  33.86 
 
 
762 aa  221  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2810  ComEC/Rec2-related protein  35.72 
 
 
764 aa  220  7e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553334  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1411  ComEC/Rec2-related protein  31.59 
 
 
792 aa  216  8e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.688241 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1602  ComEC/Rec2-related protein  37.18 
 
 
739 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196969  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4370  ComEC/Rec2-related protein  34.58 
 
 
757 aa  214  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.754467  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0435  ComEC/Rec2-related protein  26.5 
 
 
674 aa  211  3e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1842  ComEC/Rec2-related protein  34.66 
 
 
778 aa  205  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.818822  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2453  ComEC/Rec2-related protein  34.83 
 
 
774 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.869804  normal  0.603908 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0586  ComEC/Rec2-related protein  24.62 
 
 
672 aa  202  9.999999999999999e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.330536  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1804  putative competence protein  34.06 
 
 
694 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.254027  normal  0.193881 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0071  ComEC/Rec2-related protein  34.61 
 
 
697 aa  201  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1597  ComEC/Rec2-related protein  34.13 
 
 
810 aa  200  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1160  ComEC/Rec2 family protein  25.97 
 
 
720 aa  199  1.0000000000000001e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2785  ComEC/Rec2-related protein  37.07 
 
 
726 aa  197  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.457375  hitchhiker  0.00294021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0648  ComEC/Rec2-related protein  35.33 
 
 
738 aa  195  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1145  ComEC/Rec2-related protein  33.11 
 
 
799 aa  194  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1679  ComEC/Rec2-related protein  31.88 
 
 
779 aa  193  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38602 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2044  ComEC/Rec2-related protein  28.74 
 
 
858 aa  184  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4682  ComEC/Rec2-related protein  32.47 
 
 
752 aa  183  8.000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.115227  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5147  ComEC/Rec2-related protein  32.45 
 
 
752 aa  183  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3718  ComEC/Rec2-related protein  36.73 
 
 
717 aa  177  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0627222 
 
 
-
 
NC_004310  BR1145  ComEC/Rec2 family protein, putative  29.48 
 
 
843 aa  177  6e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5224  ComEC/Rec2-related protein  33.03 
 
 
753 aa  174  5.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1522  ComEC/Rec2-related protein  34.35 
 
 
736 aa  173  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302052  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2562  hypothetical protein  31.02 
 
 
1007 aa  172  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.418924  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1790  ComEC/Rec2-related protein  32.31 
 
 
754 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0814214  hitchhiker  0.00430403 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2021  ComEC/Rec2-related protein  32 
 
 
760 aa  162  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1397  ComEC/Rec2-related protein  34.28 
 
 
702 aa  161  4e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027925 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1639  ComEC/Rec2-related protein  36.58 
 
 
695 aa  154  4e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.830432  normal  0.388219 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0601  competence protein  24.24 
 
 
757 aa  154  5.9999999999999996e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.427336  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1644  ComEC/Rec2-related protein  28.55 
 
 
788 aa  148  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1711  ComEC/Rec2-related protein  36.05 
 
 
413 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0386  DNA uptake protein  31.68 
 
 
825 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2554  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  31.43 
 
 
846 aa  112  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.66 
 
 
784 aa  109  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0933  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.7 
 
 
861 aa  108  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.337545  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2093  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.54 
 
 
802 aa  107  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.35183  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.84 
 
 
766 aa  107  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  34.41 
 
 
835 aa  106  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1465  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.06 
 
 
801 aa  104  4e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1164  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.77 
 
 
777 aa  105  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00428726 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0317  ComEC/Rec2 family protein  24.66 
 
 
736 aa  101  4e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0350  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.88 
 
 
822 aa  102  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.54 
 
 
845 aa  100  8e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.37 
 
 
841 aa  99  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2608  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  34.09 
 
 
833 aa  97.1  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3158  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.81 
 
 
860 aa  97.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0990853  normal  0.446106 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0606  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.89 
 
 
778 aa  97.1  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2476  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  35.49 
 
 
766 aa  95.9  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.97 
 
 
878 aa  94.4  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3098  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.43 
 
 
811 aa  94  9e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.17 
 
 
840 aa  92.8  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2070  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.16 
 
 
818 aa  92.8  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5080  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.27 
 
 
832 aa  92.8  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.411729  normal  0.0251813 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2449  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.4 
 
 
759 aa  93.2  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.327807  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1915  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.67 
 
 
798 aa  91.7  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3404  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  34.95 
 
 
747 aa  91.3  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1079  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.62 
 
 
800 aa  90.5  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.723493  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0767  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.51 
 
 
840 aa  89.4  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00591  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.36 
 
 
776 aa  88.6  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0903265  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.05 
 
 
851 aa  88.2  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1657  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.07 
 
 
771 aa  87.8  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2092  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.29 
 
 
757 aa  86.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000797686  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0600  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.72 
 
 
815 aa  87  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.404851 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0663  hypothetical protein  24.54 
 
 
735 aa  85.9  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.31 
 
 
770 aa  85.9  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1395  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.59 
 
 
799 aa  85.5  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.751306  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1437  ComEC/Rec2-related protein  32.18 
 
 
750 aa  85.1  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.715322 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1920  ComEC/Rec2-related protein  26.89 
 
 
708 aa  84.3  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.112953  normal  0.839642 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1352  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.25 
 
 
948 aa  84.3  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0141053 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0680  hypothetical protein  24.53 
 
 
735 aa  84.3  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4178  DNA internalization-like competence protein ComEC/Rec2  30.66 
 
 
747 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145225  normal  0.646667 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1483  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.5 
 
 
791 aa  83.6  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1885  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.12 
 
 
797 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.372915  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1070  ComEC/Rec2-related protein  27.65 
 
 
593 aa  82.4  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.928875  normal  0.121556 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2148  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.51 
 
 
829 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705314  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1632  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.37 
 
 
738 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1379  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.56 
 
 
808 aa  81.6  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.011467  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2124  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.77 
 
 
860 aa  80.9  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118158  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2474  ComEC/Rec2-related protein  28.48 
 
 
879 aa  80.5  0.00000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.672876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2021  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.47 
 
 
833 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.130557 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1107  ComEC/Rec2-related protein  24.79 
 
 
755 aa  79.3  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1955  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  18.74 
 
 
786 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1890  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.26 
 
 
845 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3303  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.36 
 
 
789 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.78547  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0989  hypothetical protein  28.66 
 
 
737 aa  79.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1097  hypothetical protein  28.66 
 
 
756 aa  79.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.27 
 
 
785 aa  79  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2310  hypothetical protein  27.3 
 
 
793 aa  79  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>