More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2389 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2423  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  43.61 
 
 
773 aa  635    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.395966 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2493  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  43.73 
 
 
773 aa  640    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.105792  normal  0.137051 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2389  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  100 
 
 
831 aa  1686    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00142105  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2585  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  43.74 
 
 
773 aa  639    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.13038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2200  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  43.05 
 
 
873 aa  616  1e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2675  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  43.75 
 
 
783 aa  601  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.923098  normal  0.0587505 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1704  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  43.8 
 
 
783 aa  601  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0286912  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1667  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  43.47 
 
 
795 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1682  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  43.57 
 
 
783 aa  598  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1556  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  43.13 
 
 
774 aa  598  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2803  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  42.41 
 
 
769 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1818  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  39.57 
 
 
765 aa  555  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0856288  normal  0.218544 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1769  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  38.66 
 
 
812 aa  547  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.479237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2827  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  41.01 
 
 
767 aa  535  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0829289 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1637  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  37.15 
 
 
761 aa  501  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.594703  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1336  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  36.66 
 
 
765 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62013 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0899  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.43 
 
 
798 aa  278  4e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.383263  normal  0.740662 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1470  ComEC/rec2 family protein  27.07 
 
 
752 aa  273  9e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1958  hypothetical protein  29.69 
 
 
763 aa  268  2.9999999999999995e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001218  normal  0.195131 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.84 
 
 
784 aa  268  4e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2578  hypothetical protein  29.88 
 
 
763 aa  268  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0251432  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2666  hypothetical protein  29.69 
 
 
763 aa  267  5.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2124  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.5 
 
 
860 aa  265  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118158  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.05 
 
 
841 aa  262  2e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003988  predicted hydrolase of the metallo-beta-lactamase superfamily  26.08 
 
 
752 aa  259  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1120  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  28.92 
 
 
847 aa  259  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0978754  normal  0.511509 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2093  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.75 
 
 
802 aa  258  2e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.35183  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1702  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.46 
 
 
839 aa  257  6e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0283023 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1022  recombination protein 2  29.43 
 
 
808 aa  256  9e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.949854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2207  hypothetical protein  28.95 
 
 
754 aa  252  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.01066  normal  0.239269 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1011  hypothetical protein  28.75 
 
 
754 aa  252  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00460048  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1074  hypothetical protein  28.43 
 
 
754 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.361238  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01534  hypothetical protein  26.71 
 
 
752 aa  244  3e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00917  conserved inner membrane protein  28.69 
 
 
754 aa  243  7e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.578469  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2730  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.69 
 
 
754 aa  243  7e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170872  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2683  hypothetical protein  28.69 
 
 
754 aa  243  7e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.692344  normal  0.226957 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00924  hypothetical protein  28.69 
 
 
754 aa  243  7e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.630751  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.76 
 
 
840 aa  242  2e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1432  hypothetical protein  27.37 
 
 
754 aa  241  2.9999999999999997e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0687894  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.99 
 
 
851 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0680  hypothetical protein  26.82 
 
 
735 aa  238  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2040  hypothetical protein  27.53 
 
 
763 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0736  putative competence-related protein  25.21 
 
 
768 aa  235  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1768  hypothetical protein  27.22 
 
 
763 aa  233  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.44185  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1711  hypothetical protein  27.89 
 
 
737 aa  232  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0805358  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0663  hypothetical protein  26.64 
 
 
735 aa  231  6e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1097  hypothetical protein  27.52 
 
 
756 aa  223  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2627  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.35 
 
 
801 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2209  hypothetical protein  28.12 
 
 
747 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.785174  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1890  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.27 
 
 
845 aa  218  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1352  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.83 
 
 
948 aa  215  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0141053 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3404  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.79 
 
 
747 aa  213  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0989  hypothetical protein  27.66 
 
 
737 aa  212  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1443  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.98 
 
 
843 aa  213  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.77 
 
 
878 aa  212  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5080  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.44 
 
 
832 aa  209  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.411729  normal  0.0251813 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.69 
 
 
845 aa  209  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1744  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.12 
 
 
806 aa  209  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1159  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.87 
 
 
819 aa  207  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00785752 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3158  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.22 
 
 
860 aa  206  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0990853  normal  0.446106 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2476  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.86 
 
 
766 aa  206  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1779  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  36.15 
 
 
762 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2148  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.95 
 
 
829 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705314  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5417  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.98 
 
 
830 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560238  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2564  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.03 
 
 
929 aa  196  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0267783  normal  0.0941772 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2129  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.79 
 
 
829 aa  193  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326593  normal  0.0900672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2021  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.74 
 
 
833 aa  193  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.130557 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1079  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.7 
 
 
800 aa  192  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.723493  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01854  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.16 
 
 
867 aa  192  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1569  ComEC/Rec2-related protein  24.72 
 
 
801 aa  191  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00591  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.97 
 
 
776 aa  188  3e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0903265  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2411  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2 homolog  33.23 
 
 
343 aa  184  7e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2608  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.35 
 
 
833 aa  182  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1759  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.05 
 
 
778 aa  182  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0933  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.7 
 
 
861 aa  182  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.337545  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0792  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.86 
 
 
773 aa  181  4e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92497  hitchhiker  0.0000000434572 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1059  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  36.73 
 
 
839 aa  174  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0963  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  36 
 
 
840 aa  171  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116554  normal  0.0504124 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0600  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.83 
 
 
815 aa  171  7e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.404851 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1081  hypothetical protein  30.46 
 
 
737 aa  167  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.30814  normal  0.0474337 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2310  hypothetical protein  36.58 
 
 
793 aa  166  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1016  hypothetical protein  30.22 
 
 
737 aa  164  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.619127  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2832  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  36.02 
 
 
772 aa  161  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395271  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3051  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.83 
 
 
780 aa  160  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.755952  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1048  hypothetical protein  35.11 
 
 
737 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.486822 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1693  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.71 
 
 
842 aa  159  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.891985  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2715  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.71 
 
 
842 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.46 
 
 
766 aa  159  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2636  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.71 
 
 
856 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0667077  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2581  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.71 
 
 
856 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2198  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.71 
 
 
856 aa  159  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.975554  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1471  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.71 
 
 
856 aa  159  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.300879  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3120  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.71 
 
 
856 aa  159  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4176  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.18 
 
 
773 aa  157  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1585  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.28 
 
 
758 aa  151  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.882312  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.82 
 
 
770 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.12 
 
 
835 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1395  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  35.08 
 
 
799 aa  147  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.751306  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4178  DNA internalization-like competence protein ComEC/Rec2  29.43 
 
 
747 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145225  normal  0.646667 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25480  putative competence protein  32.02 
 
 
741 aa  145  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>