239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1145 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1145  ComEC/Rec2-related protein  100 
 
 
799 aa  1569    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1597  ComEC/Rec2-related protein  45.15 
 
 
810 aa  557  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1790  ComEC/Rec2-related protein  45.44 
 
 
754 aa  520  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0814214  hitchhiker  0.00430403 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2562  hypothetical protein  39.87 
 
 
1007 aa  484  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.418924  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2044  ComEC/Rec2-related protein  35.14 
 
 
858 aa  388  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1644  ComEC/Rec2-related protein  36.64 
 
 
788 aa  358  1.9999999999999998e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1145  ComEC/Rec2 family protein, putative  34.87 
 
 
843 aa  350  6e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0601  competence protein  29.34 
 
 
757 aa  322  9.999999999999999e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.427336  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3179  ComEC/Rec2-related protein  34.94 
 
 
718 aa  273  9e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0397465  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4370  ComEC/Rec2-related protein  33.67 
 
 
757 aa  265  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.754467  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0706  ComEC/Rec2-related protein  36.04 
 
 
684 aa  258  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.471107 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1996  putative competence protein  35.66 
 
 
684 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1804  putative competence protein  35.71 
 
 
694 aa  253  7e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.254027  normal  0.193881 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3093  ComEC/Rec2-related protein  35.42 
 
 
671 aa  249  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.662312  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4498  putative ComEC/Rec2 family protein  35.01 
 
 
762 aa  248  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1842  ComEC/Rec2-related protein  33.02 
 
 
778 aa  243  1e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.818822  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2810  ComEC/Rec2-related protein  35.01 
 
 
764 aa  239  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553334  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2453  ComEC/Rec2-related protein  34.52 
 
 
774 aa  239  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.869804  normal  0.603908 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2840  ComEC/Rec2-related protein  35.15 
 
 
764 aa  238  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.431764 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1134  ComEC/Rec2-related protein  32.7 
 
 
672 aa  232  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3250  ComEC/Rec2-related protein  33.9 
 
 
755 aa  228  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1843  ComEC/Rec2-related protein  35.37 
 
 
706 aa  224  4.9999999999999996e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151379  normal  0.0423883 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1602  ComEC/Rec2-related protein  34.86 
 
 
739 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196969  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0648  ComEC/Rec2-related protein  38.26 
 
 
738 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1411  ComEC/Rec2-related protein  31.12 
 
 
792 aa  206  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.688241 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3718  ComEC/Rec2-related protein  34.81 
 
 
717 aa  203  9e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0627222 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0435  ComEC/Rec2-related protein  26.59 
 
 
674 aa  201  5e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0586  ComEC/Rec2-related protein  30.02 
 
 
672 aa  196  2e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.330536  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2785  ComEC/Rec2-related protein  38.08 
 
 
726 aa  194  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.457375  hitchhiker  0.00294021 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1522  ComEC/Rec2-related protein  36.65 
 
 
736 aa  187  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302052  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4682  ComEC/Rec2-related protein  36.35 
 
 
752 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.115227  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5147  ComEC/Rec2-related protein  35.14 
 
 
752 aa  182  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_002978  WD1160  ComEC/Rec2 family protein  24.89 
 
 
720 aa  181  2.9999999999999997e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1397  ComEC/Rec2-related protein  34.41 
 
 
702 aa  172  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027925 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5224  ComEC/Rec2-related protein  41.3 
 
 
753 aa  171  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0071  ComEC/Rec2-related protein  33.47 
 
 
697 aa  171  5e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0831  ComEC/Rec2-related protein  32.61 
 
 
719 aa  169  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00619984 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2021  ComEC/Rec2-related protein  35.14 
 
 
760 aa  168  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1679  ComEC/Rec2-related protein  32.76 
 
 
779 aa  165  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38602 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1711  ComEC/Rec2-related protein  36.22 
 
 
413 aa  155  4e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3214  ComEC/Rec2-related protein  35.31 
 
 
714 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0317  ComEC/Rec2 family protein  23.43 
 
 
736 aa  132  2.0000000000000002e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2030  ComEC/Rec2-related protein  31.43 
 
 
760 aa  120  7.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1639  ComEC/Rec2-related protein  27.76 
 
 
695 aa  113  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.830432  normal  0.388219 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2538  ComEC/Rec2-related protein  26.01 
 
 
604 aa  84.7  0.000000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.67 
 
 
784 aa  82.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0600  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.24 
 
 
815 aa  82.4  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.404851 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.99 
 
 
851 aa  81.6  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.78 
 
 
840 aa  80.9  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.24 
 
 
766 aa  80.9  0.00000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0792  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  22.34 
 
 
773 aa  80.5  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92497  hitchhiker  0.0000000434572 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0386  DNA uptake protein  25.97 
 
 
825 aa  79.3  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1395  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.42 
 
 
799 aa  79.3  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.751306  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.03 
 
 
878 aa  79.7  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1079  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.29 
 
 
800 aa  79  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.723493  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25 
 
 
785 aa  78.6  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3158  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.61 
 
 
860 aa  77.4  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0990853  normal  0.446106 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0767  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.39 
 
 
840 aa  77.4  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0606  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  21.84 
 
 
778 aa  77  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0933  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.95 
 
 
861 aa  76.6  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.337545  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1955  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.34 
 
 
786 aa  76.3  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0927  ComEC/Rec2-related protein  27.16 
 
 
694 aa  75.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4176  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.72 
 
 
773 aa  75.9  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.72 
 
 
845 aa  75.1  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1885  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.4 
 
 
797 aa  74.3  0.000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.372915  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3188  ComEC/Rec2-related protein  30.8 
 
 
519 aa  74.3  0.000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1159  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.36 
 
 
819 aa  74.3  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00785752 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0663  hypothetical protein  26.55 
 
 
735 aa  73.6  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.98 
 
 
835 aa  73.2  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1920  ComEC/Rec2-related protein  25 
 
 
708 aa  73.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.112953  normal  0.839642 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4445  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  21.61 
 
 
773 aa  72.4  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0495736  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0680  hypothetical protein  26.55 
 
 
735 aa  72  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1915  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.95 
 
 
798 aa  72  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143186 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2973  competence protein  22.64 
 
 
626 aa  72  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.530414  normal  0.293948 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04815  competence protein  21.9 
 
 
679 aa  72  0.00000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.48 
 
 
770 aa  71.2  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2092  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.44 
 
 
757 aa  71.2  0.00000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000797686  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3051  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.58 
 
 
780 aa  70.9  0.00000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.755952  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2021  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.59 
 
 
833 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.130557 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2476  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.38 
 
 
766 aa  70.5  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2070  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.86 
 
 
818 aa  70.5  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0024  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.47 
 
 
795 aa  70.1  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0591884  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1483  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.05 
 
 
791 aa  70.1  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1890  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.73 
 
 
845 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1646  ComEC/Rec2-related protein  23.61 
 
 
747 aa  69.3  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.938304  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2148  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.65 
 
 
829 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705314  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1716  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.96 
 
 
846 aa  68.9  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.116279  normal  0.782454 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1657  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.92 
 
 
771 aa  68.6  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2515  ComEC/Rec2-related protein  28.64 
 
 
531 aa  68.6  0.0000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00025028  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2554  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  25.94 
 
 
846 aa  68.6  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2449  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.89 
 
 
759 aa  68.2  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.327807  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1379  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.97 
 
 
808 aa  67.8  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.011467  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.36 
 
 
841 aa  67.4  0.0000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_23  DNA internalization competence protein  25.68 
 
 
795 aa  67.4  0.0000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0107142  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4406  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.31 
 
 
773 aa  67.4  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2458  ComEC/Rec2-related protein  29.85 
 
 
724 aa  67  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000361147  unclonable  0.000000000000145403 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0350  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.49 
 
 
822 aa  67  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4071  DNA internalization-related competence protein  24.78 
 
 
773 aa  66.2  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.499181  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0140  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.46 
 
 
868 aa  66.6  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0038467 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3098  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26 
 
 
811 aa  66.2  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>