264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2453 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1842  ComEC/Rec2-related protein  64.83 
 
 
778 aa  883    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.818822  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3250  ComEC/Rec2-related protein  71.05 
 
 
755 aa  898    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2810  ComEC/Rec2-related protein  70.27 
 
 
764 aa  926    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553334  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2453  ComEC/Rec2-related protein  100 
 
 
774 aa  1509    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.869804  normal  0.603908 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2840  ComEC/Rec2-related protein  70.33 
 
 
764 aa  921    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.431764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4498  putative ComEC/Rec2 family protein  64.25 
 
 
762 aa  836    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1711  ComEC/Rec2-related protein  71.71 
 
 
413 aa  504  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4370  ComEC/Rec2-related protein  45.08 
 
 
757 aa  469  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.754467  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0648  ComEC/Rec2-related protein  42.01 
 
 
738 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4682  ComEC/Rec2-related protein  38.67 
 
 
752 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.115227  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1411  ComEC/Rec2-related protein  36.32 
 
 
792 aa  366  1e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.688241 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5147  ComEC/Rec2-related protein  38.83 
 
 
752 aa  362  2e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1679  ComEC/Rec2-related protein  36.49 
 
 
779 aa  337  7e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38602 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5224  ComEC/Rec2-related protein  39.46 
 
 
753 aa  331  3e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2021  ComEC/Rec2-related protein  38.67 
 
 
760 aa  324  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3179  ComEC/Rec2-related protein  37.14 
 
 
718 aa  319  1e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0397465  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1134  ComEC/Rec2-related protein  39.22 
 
 
672 aa  317  5e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1522  ComEC/Rec2-related protein  41 
 
 
736 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302052  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1602  ComEC/Rec2-related protein  36.4 
 
 
739 aa  301  4e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196969  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0435  ComEC/Rec2-related protein  28.86 
 
 
674 aa  290  9e-77  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1145  ComEC/Rec2-related protein  34.04 
 
 
799 aa  276  9e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1160  ComEC/Rec2 family protein  26.12 
 
 
720 aa  276  1.0000000000000001e-72  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1644  ComEC/Rec2-related protein  35.63 
 
 
788 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2044  ComEC/Rec2-related protein  34.12 
 
 
858 aa  266  8e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3093  ComEC/Rec2-related protein  34.17 
 
 
671 aa  266  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.662312  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1996  putative competence protein  36.28 
 
 
684 aa  259  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1804  putative competence protein  35.18 
 
 
694 aa  258  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.254027  normal  0.193881 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1597  ComEC/Rec2-related protein  31.85 
 
 
810 aa  258  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0601  competence protein  29.95 
 
 
757 aa  258  3e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.427336  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2562  hypothetical protein  33.17 
 
 
1007 aa  255  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.418924  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0706  ComEC/Rec2-related protein  36.09 
 
 
684 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.471107 
 
 
-
 
NC_004310  BR1145  ComEC/Rec2 family protein, putative  33.97 
 
 
843 aa  253  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1843  ComEC/Rec2-related protein  34.51 
 
 
706 aa  249  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151379  normal  0.0423883 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1790  ComEC/Rec2-related protein  36.43 
 
 
754 aa  240  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0814214  hitchhiker  0.00430403 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0586  ComEC/Rec2-related protein  27.98 
 
 
672 aa  238  4e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.330536  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0831  ComEC/Rec2-related protein  33.72 
 
 
719 aa  233  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00619984 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1397  ComEC/Rec2-related protein  34.22 
 
 
702 aa  225  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027925 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3718  ComEC/Rec2-related protein  33.11 
 
 
717 aa  223  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0627222 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0071  ComEC/Rec2-related protein  31.06 
 
 
697 aa  219  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2030  ComEC/Rec2-related protein  32.73 
 
 
760 aa  217  5e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2785  ComEC/Rec2-related protein  33.8 
 
 
726 aa  216  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.457375  hitchhiker  0.00294021 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3214  ComEC/Rec2-related protein  34.99 
 
 
714 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0317  ComEC/Rec2 family protein  25.98 
 
 
736 aa  187  5e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1639  ComEC/Rec2-related protein  34.69 
 
 
695 aa  174  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.830432  normal  0.388219 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0600  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.38 
 
 
815 aa  135  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.404851 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1885  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.7 
 
 
797 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.372915  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1657  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.53 
 
 
771 aa  124  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.83 
 
 
784 aa  117  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.95 
 
 
785 aa  114  7.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1915  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.5 
 
 
798 aa  110  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143186 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1379  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.93 
 
 
808 aa  108  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.011467  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2510  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.15 
 
 
794 aa  107  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.98 
 
 
770 aa  106  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0386  DNA uptake protein  28.76 
 
 
825 aa  106  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1164  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.47 
 
 
777 aa  104  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00428726 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3098  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.83 
 
 
811 aa  104  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.54 
 
 
845 aa  100  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0606  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.94 
 
 
778 aa  99.8  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1465  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.61 
 
 
801 aa  99.8  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1759  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.61 
 
 
814 aa  97.4  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0611654  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0767  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.61 
 
 
840 aa  97.1  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.64 
 
 
766 aa  96.3  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0350  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.79 
 
 
822 aa  95.1  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3158  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.39 
 
 
860 aa  95.5  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0990853  normal  0.446106 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1437  ComEC/Rec2-related protein  30.85 
 
 
750 aa  94.4  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.715322 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2070  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.54 
 
 
818 aa  93.2  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.65 
 
 
841 aa  92.8  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2564  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.87 
 
 
929 aa  92.8  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0267783  normal  0.0941772 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2124  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.08 
 
 
860 aa  91.3  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118158  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.12 
 
 
851 aa  90.9  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4176  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  21.88 
 
 
773 aa  90.9  9e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2093  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.05 
 
 
802 aa  90.1  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.35183  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0792  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.5 
 
 
773 aa  89.7  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92497  hitchhiker  0.0000000434572 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1920  ComEC/Rec2-related protein  30.82 
 
 
708 aa  89.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.112953  normal  0.839642 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1070  ComEC/Rec2-related protein  28 
 
 
593 aa  87.4  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.928875  normal  0.121556 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3404  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.1 
 
 
747 aa  86.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0848  ComEC/Rec2-related protein  27.66 
 
 
689 aa  85.9  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.93 
 
 
840 aa  85.5  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2092  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  22.05 
 
 
757 aa  85.5  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000797686  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1443  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.79 
 
 
843 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0680  hypothetical protein  25.23 
 
 
735 aa  84.7  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1632  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.73 
 
 
738 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2608  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.02 
 
 
833 aa  83.6  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.75 
 
 
878 aa  82.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3051  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.29 
 
 
780 aa  83.2  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.755952  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2832  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.87 
 
 
772 aa  83.2  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395271  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3817  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.84 
 
 
738 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.925349  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1202  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26 
 
 
776 aa  82.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.177641 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.34 
 
 
835 aa  82.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04815  competence protein  21.02 
 
 
679 aa  82.4  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1483  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.02 
 
 
791 aa  82.4  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1395  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.87 
 
 
799 aa  82.4  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.751306  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1897  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.07 
 
 
737 aa  82  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000116946 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1059  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.1 
 
 
839 aa  82  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4178  DNA internalization-like competence protein ComEC/Rec2  28.91 
 
 
747 aa  82  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145225  normal  0.646667 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2538  ComEC/Rec2-related protein  25.82 
 
 
604 aa  81.3  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1769  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.75 
 
 
812 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.479237  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2554  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  28.96 
 
 
846 aa  80.9  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1595  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.52 
 
 
761 aa  80.9  0.00000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2827  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.01 
 
 
767 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0829289 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>