44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_4273 on replicon NC_008538
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  100 
 
 		 591 aa  1191    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  51.56 
 
 		 589 aa  578  1e-164  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  51.39 
 
 		 589 aa  568  1e-160  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  51.35 
 
 		 590 aa  551  1e-155  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  43.88 
 
 		 598 aa  291  3e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  41.63 
 
 		 604 aa  283  5.000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  37.08 
 
 		 602 aa  278  2e-73  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  32.73 
 
 		 583 aa  246  9.999999999999999e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4938  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.07 
 
 		 669 aa  213  7.999999999999999e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  30 
 
 		 613 aa  174  5.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.19 
 
 		 592 aa  170  7e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  33.98 
 
 		 587 aa  169  1e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.73 
 
 		 592 aa  168  2e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  27.9 
 
 		 634 aa  162  2e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  31.77 
 
 		 611 aa  153  8e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  32.15 
 
 		 594 aa  149  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  30.72 
 
 		 594 aa  134  6.999999999999999e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  28.11 
 
 		 453 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.14 
 
 		 490 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28.95 
 
 		 636 aa  128  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  30.09 
 
 		 506 aa  124  6e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.95 
 
 		 621 aa  110  7.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.36 
 
 		 562 aa  97.4  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  26.56 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  25.36 
 
 		 713 aa  70.5  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  25.7 
 
 		 690 aa  67  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  22.27 
 
 		 670 aa  62.8  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  22.54 
 
 		 912 aa  58.9  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  24.16 
 
 		 714 aa  57.8  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  30.73 
 
 		 590 aa  56.6  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.18 
 
 		 648 aa  55.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.43 
 
 		 656 aa  52.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  22.64 
 
 		 663 aa  52.8  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  25.17 
 
 		 661 aa  51.6  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  22.71 
 
 		 606 aa  51.2  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  21.24 
 
 		 554 aa  50.4  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2951  ATPase involved in conjugal plasmid transfer TRAG  23.05 
 
 		 935 aa  49.3  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  22.51 
 
 		 583 aa  47.8  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  28.67 
 
 		 627 aa  47.4  0.0008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  21.46 
 
 		 606 aa  46.6  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  21.41 
 
 		 559 aa  46.2  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  41.43 
 
 		 651 aa  44.3  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  21.94 
 
 		 576 aa  44.3  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  22.25 
 
 		 827 aa  43.5  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>