More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1287 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1287  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 		 260 aa  532  1e-150  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0324  transcriptional regulator, DeoR family  50.2 
 
 		 254 aa  261  8e-69  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.479336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0642  DeoR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 259 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0552  transcription repressor of fructose operon fruR  33.02 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0566  DeoR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 248 aa  127  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  35.14 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  33.33 
 
 		 258 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  33.33 
 
 		 254 aa  124  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3388  transcriptional regulator, DeoR family  30.96 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000207946  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  32.79 
 
 		 254 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 266 aa  122  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03230  transcriptional regulator, DeoR family  29.48 
 
 		 257 aa  122  8e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.65196e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0344  transcriptional regulator, DeoR family  32.51 
 
 		 252 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273291  hitchhiker  0.00282371 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2129  transcriptional regulator, DeoR family  31.65 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0932716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 260 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.42 
 
 		 258 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 284 aa  119  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3644  transcriptional regulator, DeoR family  31.89 
 
 		 263 aa  117  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2819  transcriptional regulator, DeoR family  33.73 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0209675  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0940  putative DEOR-type transcriptional regulator  33.73 
 
 		 275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000268196  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  32.4 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3309  transcriptional regulator, DeoR family  35.81 
 
 		 260 aa  116  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.006875  hitchhiker  0.00121126 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  30.52 
 
 		 254 aa  116  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2578  DeoR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 256 aa  115  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000422866  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2765  DeoR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 256 aa  115  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.595912  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  32.24 
 
 		 258 aa  115  5e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  29.76 
 
 		 257 aa  115  6e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2772  transcriptional regulator, DeoR family  33.07 
 
 		 256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0124303 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2498  DeoR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0137316  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.2 
 
 		 257 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 251 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  31.89 
 
 		 263 aa  112  7.000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  30.43 
 
 		 250 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.79 
 
 		 257 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.79 
 
 		 257 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.79 
 
 		 257 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.79 
 
 		 257 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2798  DeoR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0120141  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1510  transcriptional regulator, DeoR family  30.52 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000196548  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2567  DeoR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0643687  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  28.69 
 
 		 255 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1854  regulatory protein, DeoR  30.61 
 
 		 252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000517285  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0312  DeoR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3818  transcriptional regulator, DeoR family  31.86 
 
 		 250 aa  109  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00596962  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3530  transcriptional regulator, DeoR family  30.71 
 
 		 263 aa  109  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127721  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2030  DeoR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 258 aa  109  5e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0299  DeoR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 253 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2534  DeoR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 256 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000015777  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1484  transcriptional regulator, DeoR family  32.3 
 
 		 250 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.502368  normal  0.0131376 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3746  DeoR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 250 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.193634  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3464  DeoR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.060448  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0079  putative transcriptional regulator IolR  27.94 
 
 		 256 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3728  transcriptional regulator, DeoR family  31.86 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0938200000000001e-23 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3484  DeoR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 250 aa  107  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2850  transcriptional regulator, DeoR family  31.4 
 
 		 262 aa  107  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.115087  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1675  DeoR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 266 aa  107  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00609311  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  32.75 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  32.75 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0739  transcriptional regulator, DeoR family  29.46 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  29.92 
 
 		 258 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 258 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  29.92 
 
 		 258 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.75 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  32.75 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.75 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.75 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3716  transcriptional regulator, DeoR family  31.5 
 
 		 257 aa  107  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1101  transcriptional regulator, DeoR family  31.98 
 
 		 257 aa  106  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2802  DeoR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 262 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.364979  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2396  DeoR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.71278  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0729  transcriptional regulator, DeoR family  32.11 
 
 		 256 aa  106  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103564 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 257 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2155  transcriptional regulator, DeoR family  31.28 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.31 
 
 		 257 aa  105  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.31 
 
 		 257 aa  105  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3478  DeoR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 250 aa  105  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418325  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4983  transcriptional regulator, DeoR family  32.2 
 
 		 289 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.947934  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0357  DeoR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 252 aa  105  9e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.912716  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3769  transcriptional regulator, DeoR family  31.42 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000230388  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  29.17 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.6 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1880  transcriptional regulator, DeoR family  29.37 
 
 		 254 aa  105  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2517  transcriptional regulator, DeoR family  30.31 
 
 		 261 aa  103  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0400027 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1348  lactose phosphotransferase system repressor  31.36 
 
 		 247 aa  104  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1034  DeoR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.631262  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2323  transcriptional regulator, DeoR family  31.67 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06583  hypothetical protein  32.13 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1242  DeoR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1218  DeoR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.46178  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1220  DeoR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.373784  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1343  DeoR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1417  transcriptional regulator, DeoR family  28.63 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.381342 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0386  glycerol-3-phosphate repressor protein  29.34 
 
 		 255 aa  102  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>