More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0344 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0344  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 		 252 aa  514  1.0000000000000001e-145  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273291  hitchhiker  0.00282371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0739  transcriptional regulator, DeoR family  45.38 
 
 		 250 aa  227  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  33.74 
 
 		 258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  36.65 
 
 		 258 aa  146  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  33.6 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  35.16 
 
 		 267 aa  144  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 254 aa  143  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  34.57 
 
 		 250 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0324  transcriptional regulator, DeoR family  32.23 
 
 		 254 aa  139  4.999999999999999e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.479336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  33.99 
 
 		 253 aa  138  7e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  38.1 
 
 		 254 aa  135  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4526  DeoR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 253 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0277  transcriptional regulator, DeoR family  37.45 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.03 
 
 		 269 aa  132  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D07  lactose transport regulator  34.84 
 
 		 255 aa  131  9e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  33.47 
 
 		 255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  32.14 
 
 		 254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4425  DeoR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.612915  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0073  transcriptional regulator, DeoR family  33.19 
 
 		 249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.44 
 
 		 269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.6 
 
 		 257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.6 
 
 		 257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  28.63 
 
 		 269 aa  129  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 251 aa  129  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  33.6 
 
 		 257 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  33.6 
 
 		 257 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.6 
 
 		 257 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.6 
 
 		 257 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.6 
 
 		 257 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  33.6 
 
 		 257 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  33.2 
 
 		 253 aa  128  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.63 
 
 		 269 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  28.63 
 
 		 269 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  28.63 
 
 		 269 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  28.63 
 
 		 269 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  28.63 
 
 		 269 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  28.63 
 
 		 269 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2030  DeoR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 258 aa  128  9.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  28.63 
 
 		 269 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5798  transcriptional regulator, DeoR family  34.4 
 
 		 252 aa  127  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.159529 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  32.79 
 
 		 253 aa  126  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0642  DeoR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 259 aa  126  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  32.5 
 
 		 256 aa  127  3e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2155  transcriptional regulator, DeoR family  31.1 
 
 		 278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.2 
 
 		 257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1675  DeoR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 266 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00609311  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  31.1 
 
 		 253 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0750  DeoR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 259 aa  125  9e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.6006 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6265  transcriptional regulator DeoR family  29.46 
 
 		 270 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5910  transcriptional regulator, DeoR family  31.75 
 
 		 254 aa  124  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.874866 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0096  DeoR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12978 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  32.47 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 257 aa  123  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2591  DeoR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 258 aa  123  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.759776 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2761  transcriptional regulator, DeoR family  33.91 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.2 
 
 		 257 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.2 
 
 		 257 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2129  transcriptional regulator, DeoR family  33.77 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0932716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.2 
 
 		 257 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2660  transcriptional regulator, DeoR family  31.36 
 
 		 254 aa  123  3e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.360297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.2 
 
 		 257 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3446  DeoR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 252 aa  122  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  31.75 
 
 		 257 aa  122  5e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  31.23 
 
 		 254 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 256 aa  122  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0922  transcriptional regulator, DeoR family  32.03 
 
 		 248 aa  122  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.44653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1243  DeoR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 260 aa  121  8e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.81 
 
 		 257 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  31.2 
 
 		 257 aa  121  9e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03314  transcriptional regulator  28.34 
 
 		 263 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1644  DeoR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 251 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000364234 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1287  transcriptional regulator, DeoR family  32.51 
 
 		 260 aa  121  9.999999999999999e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3861  regulatory protein DeoR  29.03 
 
 		 249 aa  121  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1242  DeoR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1218  DeoR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.46178  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1220  DeoR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.373784  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1343  DeoR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0922  DeoR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.519346  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1417  transcriptional regulator, DeoR family  32.5 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.381342 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4850  transcriptional regulator, DeoR family  30.31 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.786631  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2802  DeoR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.364979  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03274  DNA-binding transcriptional repressor  27.89 
 
 		 252 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.324101  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3702  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  27.89 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1919  transcriptional regulator, DeoR family  35.34 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000354716  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0291  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  27.89 
 
 		 252 aa  119  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3898  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  27.89 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1380  transcriptional regulator, DeoR family  32.08 
 
 		 260 aa  119  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3620  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  27.89 
 
 		 252 aa  119  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3804  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  27.89 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 256 aa  120  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3182  DeoR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 255 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.457235  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03226  hypothetical protein  27.89 
 
 		 252 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.347967  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3964  transcriptional regulator, DeoR family  32.08 
 
 		 260 aa  119  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>