More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6265 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6265  transcriptional regulator DeoR family  100 
 
 		 270 aa  549  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5808  transcriptional regulator, DeoR family  79.63 
 
 		 270 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297329  normal  0.0818645 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6709  transcriptional regulator, DeoR family  80 
 
 		 270 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.902582  normal  0.293598 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3571  DeoR family transcriptional regulator  73.36 
 
 		 274 aa  425  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0224  DeoR family transcriptional regulator  64.07 
 
 		 270 aa  367  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0877662  normal  0.197507 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2593  DeoR family transcriptional regulator  62.6 
 
 		 278 aa  345  6e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.518258  normal  0.80175 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2435  transcriptional regulator  62.85 
 
 		 284 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1048  DeoR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2185  transcriptional regulator, DeoR family  36.98 
 
 		 262 aa  170  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0982  transcriptional repressor UlaR  33.33 
 
 		 251 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04058  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.2 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3802  transcriptional regulator, DeoR family  33.2 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4720  transcriptional repressor UlaR  33.2 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4661  transcriptional repressor UlaR  33.2 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.815377 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4435  transcriptional repressor UlaR  33.2 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04020  hypothetical protein  33.2 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4750  transcriptional repressor UlaR  33.2 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3822  transcriptional repressor UlaR  33.2 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654343 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5706  transcriptional repressor UlaR  33.2 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0286  transcriptional repressor UlaR  33.21 
 
 		 257 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4659  transcriptional repressor UlaR  32.42 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4778  transcriptional repressor UlaR  32.42 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4799  transcriptional repressor UlaR  32.42 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4742  transcriptional repressor UlaR  32.42 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4649  transcriptional repressor UlaR  32.42 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0122  transcriptional repressor UlaR  35.04 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1758  regulatory protein DeoR  32.54 
 
 		 249 aa  137  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 264 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  30.8 
 
 		 254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 274 aa  125  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0344  transcriptional regulator, DeoR family  29.46 
 
 		 252 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273291  hitchhiker  0.00282371 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  30.71 
 
 		 257 aa  122  4e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  29.57 
 
 		 252 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 258 aa  120  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02585  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.92 
 
 		 265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02550  hypothetical protein  29.92 
 
 		 265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.54 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2873  DeoR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0977  DeoR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.96922  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  33.06 
 
 		 257 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0953  transcriptional regulator, DeoR family  29.92 
 
 		 255 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3032  DeoR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 255 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3139  transcriptional regulator, DeoR family  29.92 
 
 		 255 aa  118  7.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  30.28 
 
 		 258 aa  118  9e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  31.33 
 
 		 248 aa  117  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  30.5 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  30.5 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.5 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.5 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.5 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.54 
 
 		 257 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  30.5 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.5 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.54 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.54 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.54 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.5 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.54 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3738  DeoR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.387174  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4425  DeoR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.612915  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2396  DeoR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.71278  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0739  transcriptional regulator, DeoR family  28.74 
 
 		 250 aa  113  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  30.31 
 
 		 258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.12 
 
 		 257 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  29.08 
 
 		 255 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0146  DeoR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0131  DeoR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3746  DeoR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.193634  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3464  DeoR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.060448  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3728  transcriptional regulator, DeoR family  32.57 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0938200000000001e-23 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3069  transcriptional regulator, DeoR family  27.97 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3124  DeoR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0605743 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3818  transcriptional regulator, DeoR family  32.57 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00596962  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3228  DeoR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 254 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3484  DeoR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 250 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3040  transcriptional regulator, DeoR family  27.97 
 
 		 254 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3108  DeoR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1484  transcriptional regulator, DeoR family  32.57 
 
 		 250 aa  109  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.502368  normal  0.0131376 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5399  DeoR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 242 aa  109  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.054992  normal  0.41602 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3478  DeoR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 250 aa  108  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418325  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2651  transcriptional regulator, DeoR family  32.37 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0119  transcriptional regulator, DeoR family  28.69 
 
 		 252 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  30.71 
 
 		 256 aa  107  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3565  DeoR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3848  DeoR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.002362  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1493  DeoR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.1 
 
 		 258 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3769  transcriptional regulator, DeoR family  32.57 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000230388  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0975  LacR family lactose transport regulator  33.64 
 
 		 237 aa  106  4e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0729  transcriptional regulator, DeoR family  29.64 
 
 		 256 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103564 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2323  transcriptional regulator, DeoR family  29.24 
 
 		 266 aa  105  8e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 284 aa  105  9e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3388  transcriptional regulator, DeoR family  29.91 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000207946  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2107  transcriptional regulator, DeoR family  30.57 
 
 		 263 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2226  galactitol utilization operon repressor  29.77 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1557  DeoR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.839673 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1148  galactitol utilization operon repressor  29.77 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 267 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  27.49 
 
 		 254 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>