More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1716 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 
252 aa  508  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  43.7 
 
 
258 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  43.7 
 
 
258 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  43.7 
 
 
258 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  42.13 
 
 
254 aa  192  3e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.61 
 
 
269 aa  191  7e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.68 
 
 
269 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  39.68 
 
 
269 aa  190  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  39.68 
 
 
269 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.68 
 
 
269 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.68 
 
 
269 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.68 
 
 
269 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  38.89 
 
 
269 aa  188  5.999999999999999e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  41.73 
 
 
256 aa  187  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.68 
 
 
269 aa  187  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.68 
 
 
269 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
288 aa  182  6e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
260 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  39.92 
 
 
254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  39.36 
 
 
255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  35.6 
 
 
257 aa  175  6e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
257 aa  175  8e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  37.9 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  37.9 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  37.9 
 
 
261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  38.58 
 
 
258 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
267 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  37.05 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  37.05 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.05 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.85 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  37.05 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.85 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.85 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.05 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.05 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  41.37 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.85 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.05 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.85 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.05 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
258 aa  165  8e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.65 
 
 
257 aa  164  9e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2129  transcriptional regulator, DeoR family  41.34 
 
 
255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0932716  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0729  transcriptional regulator, DeoR family  38.98 
 
 
256 aa  159  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000103564 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
274 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
254 aa  153  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1880  transcriptional regulator, DeoR family  36.61 
 
 
254 aa  153  2e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5798  transcriptional regulator, DeoR family  34.96 
 
 
252 aa  152  7e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.159529 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
264 aa  150  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
256 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.47 
 
 
257 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4698  transcriptional regulator, DeoR family  34.54 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00604276  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  33.07 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  32.82 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
254 aa  146  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0344  transcriptional regulator, DeoR family  33.6 
 
 
252 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273291  hitchhiker  0.00282371 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  34.84 
 
 
263 aa  145  6e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  33.99 
 
 
257 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3617  galactitol utilization operon repressor  33.99 
 
 
257 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2107  transcriptional regulator, DeoR family  31.66 
 
 
263 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408646  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3557  galactitol utilization operon repressor  33.99 
 
 
257 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3520  galactitol utilization operon repressor  33.99 
 
 
257 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3451  galactitol utilization operon repressor  33.99 
 
 
257 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.717131  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  32.8 
 
 
253 aa  143  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4742  DeoR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
256 aa  142  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  36.24 
 
 
250 aa  142  6e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2894  transcriptional regulator, DeoR family  34.01 
 
 
265 aa  142  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0151849 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  32.26 
 
 
258 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  31.25 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2378  galactitol utilization operon repressor  33.73 
 
 
257 aa  139  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1148  galactitol utilization operon repressor  33.73 
 
 
257 aa  139  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0974  galactitol utilization operon repressor  33.73 
 
 
259 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.430087 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2226  galactitol utilization operon repressor  33.73 
 
 
257 aa  139  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1557  DeoR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
257 aa  139  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.839673 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  30.54 
 
 
253 aa  139  3e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4126  DeoR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.138481  normal  0.420745 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4306  transcriptional regulator, DeoR family  36.36 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000121893 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0618  transcriptional regulator, DeoR family  31.5 
 
 
266 aa  139  4.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01920  transcriptional regulator of sugar metabolism  31.01 
 
 
261 aa  139  6e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0312  DeoR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
264 aa  138  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812153  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4362  DeoR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0187642  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3069  galactitol utilization operon repressor  33.33 
 
 
259 aa  138  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  hitchhiker  0.0000149488 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  32.14 
 
 
258 aa  138  8.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4013  DeoR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
256 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0489456  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4361  DeoR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
256 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.14783  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3921  DeoR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
260 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.230254  normal  0.0231627 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3952  DeoR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
256 aa  137  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00923928  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1144  DeoR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
277 aa  137  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524884  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0839  sugar metabolism transcriptional regulator  34.15 
 
 
248 aa  137  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000299847  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1167  transcriptional regulator, DeoR family  30.35 
 
 
256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4503  DeoR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.259499  normal  0.116271 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7919  transcriptional regulator, DeoR family  29.25 
 
 
267 aa  136  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2155  transcriptional regulator, DeoR family  32.8 
 
 
278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2701  transcriptional regulator  32.05 
 
 
270 aa  135  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5129  transcriptional regulator, DeoR family  28.63 
 
 
254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  30.33 
 
 
254 aa  135  7.000000000000001e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>