More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_01920 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_01920  transcriptional regulator of sugar metabolism  100 
 
 
261 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16690  transcriptional regulator, DeoR family  53.67 
 
 
261 aa  228  5e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0289  DeoR family transcriptional regulator  47.88 
 
 
261 aa  221  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.228369 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1167  transcriptional regulator, DeoR family  48.35 
 
 
256 aa  219  3.9999999999999997e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0248  DeoR family transcriptional regulator  46.92 
 
 
261 aa  219  3.9999999999999997e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.974288  normal  0.128196 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0893  transcriptional regulator, DeoR family  47.77 
 
 
261 aa  216  2.9999999999999998e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.151374  normal  0.226851 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6212  transcriptional regulator, DeoR family  46.34 
 
 
261 aa  215  5e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.464717  normal  0.761019 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1357  transcriptional regulator, DeoR family  43.46 
 
 
263 aa  203  2e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000403585 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2362  transcriptional regulator, DeoR family  43.63 
 
 
261 aa  190  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12916  normal  0.172343 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2162  transcriptional regulator, DeoR family  41.54 
 
 
261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5798  transcriptional regulator, DeoR family  44.57 
 
 
252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.159529 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4698  transcriptional regulator, DeoR family  39.38 
 
 
258 aa  171  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00604276  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5910  transcriptional regulator, DeoR family  40.15 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.874866 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  36.68 
 
 
258 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  34.87 
 
 
260 aa  142  5e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  33.07 
 
 
254 aa  142  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  37.55 
 
 
288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  31.01 
 
 
252 aa  139  6e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
256 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2435  transcriptional regulator, DeoR family  38.08 
 
 
253 aa  137  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0079946  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0895  transcriptional regulator, DeoR family  41.09 
 
 
260 aa  137  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0542275 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
260 aa  137  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0729  transcriptional regulator, DeoR family  34.63 
 
 
256 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000103564 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  34.29 
 
 
250 aa  135  5e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
256 aa  135  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
261 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
261 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
274 aa  135  8e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  33.59 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
254 aa  131  9e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  34.32 
 
 
284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2155  transcriptional regulator, DeoR family  35.88 
 
 
278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  35.18 
 
 
258 aa  130  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  29.39 
 
 
257 aa  129  7.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  29.18 
 
 
254 aa  126  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
251 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.42 
 
 
269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24390  transcriptional regulator of sugar metabolism  34.5 
 
 
284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0280165  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
260 aa  125  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03274  DNA-binding transcriptional repressor  31.08 
 
 
252 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.324101  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03226  hypothetical protein  31.08 
 
 
252 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.347967  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.69 
 
 
269 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4730  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.68 
 
 
252 aa  123  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2460  transcriptional regulator, DeoR family  35.74 
 
 
264 aa  123  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.18963  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3804  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.68 
 
 
252 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3702  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.68 
 
 
252 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3898  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.68 
 
 
252 aa  123  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3620  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.68 
 
 
252 aa  123  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0291  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.68 
 
 
252 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0291  transcriptional regulator, DeoR family  30.68 
 
 
252 aa  122  8e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0380  transcriptional regulator, DeoR family  31.17 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  29.57 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3724  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.88 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3831  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.88 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3790  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.88 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3893  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.88 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.256044  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  35 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3715  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  30.29 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.65 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  30.65 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.65 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.65 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.65 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.65 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  30.65 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5399  DeoR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
242 aa  119  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.054992  normal  0.41602 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  31.4 
 
 
257 aa  119  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2219  regulatory protein DeoR  33.33 
 
 
256 aa  119  6e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.0075585  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7307  transcriptional regulator, DeoR family  35.69 
 
 
266 aa  118  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.92 
 
 
269 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  29.57 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.89 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.89 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.89 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.89 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.89 
 
 
257 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2660  transcriptional regulator, DeoR family  32.78 
 
 
254 aa  115  5e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.360297  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  29.57 
 
 
266 aa  115  6.9999999999999995e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  29.12 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  29.12 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.12 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.12 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.12 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.12 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  29.12 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.12 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  29.3 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0618  transcriptional regulator, DeoR family  34.36 
 
 
266 aa  112  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  32.82 
 
 
257 aa  112  5e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1144  DeoR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
277 aa  112  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524884  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  31.88 
 
 
248 aa  112  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0199  glycerol-3-phosphate transcriptional regulator  33.06 
 
 
263 aa  112  7.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.464707  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5367  transcriptional regulator, DeoR family  30.23 
 
 
264 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.35499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2220  DeoR family transcriptional regulator  32.38 
 
 
277 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0244246 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0231  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  29.48 
 
 
252 aa  112  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  35.2 
 
 
253 aa  111  9e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>