More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_4013 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3921  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 
260 aa  521  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.230254  normal  0.0231627 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4013  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 
256 aa  521  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0489456  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4126  DeoR family transcriptional regulator  99.61 
 
 
256 aa  520  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.138481  normal  0.420745 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4742  DeoR family transcriptional regulator  98.83 
 
 
256 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3952  DeoR family transcriptional regulator  92.94 
 
 
256 aa  490  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00923928  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4503  DeoR family transcriptional regulator  92.55 
 
 
257 aa  487  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.259499  normal  0.116271 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4361  DeoR family transcriptional regulator  92.94 
 
 
256 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.14783  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4306  transcriptional regulator, DeoR family  92.16 
 
 
257 aa  483  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000121893 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4362  DeoR family transcriptional regulator  91.76 
 
 
257 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0187642  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3840  DeoR family transcriptional regulator  89.8 
 
 
256 aa  472  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.897226  hitchhiker  0.000196031 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4893  DeoR family transcriptional regulator  86.61 
 
 
256 aa  454  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4235  DeoR family transcriptional regulator  85.1 
 
 
268 aa  455  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00275113  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4482  DeoR family transcriptional regulator  84.25 
 
 
256 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000793967 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3744  regulatory protein, DeoR  77.17 
 
 
256 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4041  transcriptional regulator, DeoR family protein  76.47 
 
 
256 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112055  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3640  DeoR family transcriptional regulator  76.19 
 
 
254 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000875661  normal  0.0587725 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001644  transcriptional regulator of GlmS, DeoR family  72.73 
 
 
253 aa  378  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00296274  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0038  DeoR family transcriptional regulator  71.15 
 
 
260 aa  374  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00830  transcriptional regulator  70.36 
 
 
253 aa  367  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4943  DeoR family transcriptional regulator  71.15 
 
 
254 aa  367  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5727  DeoR family transcriptional regulator  68.63 
 
 
258 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.354415 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4603  DeoR family transcriptional regulator  67.59 
 
 
256 aa  363  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5118  regulatory protein, DeoR  67.45 
 
 
255 aa  361  8e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5197  DeoR family transcriptional regulator  67.84 
 
 
258 aa  360  1e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.342459  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5596  transcriptional regulator, DeoR family  67.06 
 
 
255 aa  360  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5428  DeoR family transcriptional regulator  66.67 
 
 
258 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5292  DeoR family transcriptional regulator  66.27 
 
 
258 aa  353  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5410  DeoR family transcriptional regulator  66.27 
 
 
258 aa  353  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378654  hitchhiker  0.00216246 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73190  GlmR transcriptional regulator  68.36 
 
 
257 aa  350  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6351  GlmR transcriptional regulator  68.77 
 
 
257 aa  348  6e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51900  transcriptional regualtory protein, GlmR, DeoR family  70.12 
 
 
254 aa  347  1e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3281  DeoR family transcriptional regulator  63.6 
 
 
256 aa  343  1e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2823  putative glucitol operon repressor  65.61 
 
 
254 aa  343  2e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3949  chitinase II  67.59 
 
 
255 aa  337  9.999999999999999e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.985635  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1537  DeoR family transcriptional regulator  64.66 
 
 
260 aa  326  2.0000000000000001e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000092764  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3880  DeoR family transcriptional regulator  64.29 
 
 
276 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.46923  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03885  transcriptional regulator, DeoR family protein  47.15 
 
 
269 aa  242  5e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.81593  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  42.74 
 
 
257 aa  202  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  42.74 
 
 
257 aa  202  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  42.74 
 
 
257 aa  202  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  42.74 
 
 
257 aa  202  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  42.74 
 
 
257 aa  202  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  42.74 
 
 
257 aa  202  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  42.74 
 
 
257 aa  202  4e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  42.74 
 
 
257 aa  202  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  41.94 
 
 
257 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  40.73 
 
 
257 aa  198  7.999999999999999e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  41.94 
 
 
257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  41.94 
 
 
257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  41.94 
 
 
257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  41.94 
 
 
257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  41.53 
 
 
257 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
256 aa  172  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  41.5 
 
 
269 aa  169  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
261 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
261 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  41.34 
 
 
269 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.34 
 
 
269 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  41.34 
 
 
269 aa  166  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  41.34 
 
 
269 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  41.34 
 
 
269 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  41.34 
 
 
269 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  41.34 
 
 
269 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
257 aa  164  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  41.34 
 
 
269 aa  164  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  40.94 
 
 
269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
258 aa  158  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  36.9 
 
 
258 aa  158  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  36.9 
 
 
258 aa  158  7e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0673  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  35.11 
 
 
269 aa  158  8e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  41.22 
 
 
258 aa  152  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0974  galactitol utilization operon repressor  39.92 
 
 
259 aa  148  8e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.430087 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2378  galactitol utilization operon repressor  39.92 
 
 
257 aa  148  9e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1148  galactitol utilization operon repressor  39.92 
 
 
257 aa  148  9e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1557  DeoR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
257 aa  148  9e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.839673 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2226  galactitol utilization operon repressor  39.92 
 
 
257 aa  148  9e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  38.76 
 
 
257 aa  146  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3069  galactitol utilization operon repressor  39.51 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  hitchhiker  0.0000149488 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  36.23 
 
 
263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3451  galactitol utilization operon repressor  38.76 
 
 
257 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.717131  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3520  galactitol utilization operon repressor  38.76 
 
 
257 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3557  galactitol utilization operon repressor  38.76 
 
 
257 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3617  galactitol utilization operon repressor  38.76 
 
 
257 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
267 aa  141  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  36.36 
 
 
252 aa  138  8.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  32.93 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
288 aa  135  7.000000000000001e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  35.8 
 
 
258 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  34 
 
 
254 aa  125  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
254 aa  125  8.000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  31.23 
 
 
257 aa  122  8e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1034  DeoR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
268 aa  121  8e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.631262  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
266 aa  120  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  37.15 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  34.5 
 
 
267 aa  118  7.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03230  transcriptional regulator, DeoR family  31.75 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.65196e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  35.8 
 
 
254 aa  117  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>