More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5129 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5129  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 
254 aa  484  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1854  regulatory protein, DeoR  54.62 
 
 
252 aa  240  2e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000517285  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5399  DeoR family transcriptional regulator  54.39 
 
 
242 aa  233  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.054992  normal  0.41602 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8645  transcriptional regulator, DeoR family  49.14 
 
 
253 aa  199  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.846335 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2706  transcriptional regulator, DeoR family  40.96 
 
 
252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4431  regulatory protein, DeoR  50 
 
 
194 aa  168  7e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.74821  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  41.3 
 
 
248 aa  161  8.000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4140  DeoR family transcriptional regulator  40.87 
 
 
256 aa  160  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  37.25 
 
 
253 aa  140  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  32.6 
 
 
250 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4889  transcriptional regulator, DeoR family  40.15 
 
 
264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.585335  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
274 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  28.63 
 
 
252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  35.43 
 
 
257 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3773  DeoR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
268 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.933723  normal  0.169904 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.53 
 
 
257 aa  132  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  38.71 
 
 
256 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  38.93 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
265 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
258 aa  129  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  37.87 
 
 
260 aa  129  6e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
253 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.78 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  31.78 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.78 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.78 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  31.78 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.78 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.78 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.1 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3687  regulatory protein, DeoR  36.82 
 
 
259 aa  126  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.300297  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4850  transcriptional regulator, DeoR family  39.04 
 
 
255 aa  126  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.786631  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
260 aa  126  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7844  transcriptional regulator, DeoR family  37.96 
 
 
255 aa  125  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0958205  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
284 aa  125  6e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2043  transcriptional regulator, DeoR family  36.4 
 
 
267 aa  125  7e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000137049  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
254 aa  125  7e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
254 aa  125  9e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2460  transcriptional regulator, DeoR family  36.24 
 
 
264 aa  124  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.18963  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3309  transcriptional regulator, DeoR family  35.96 
 
 
260 aa  123  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.006875  hitchhiker  0.00121126 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.73 
 
 
257 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1167  transcriptional regulator, DeoR family  33.6 
 
 
256 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
257 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
256 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28620  transcriptional regulator, DeoR family  41.67 
 
 
253 aa  123  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0973174  normal  0.0755211 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  29.64 
 
 
269 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2162  transcriptional regulator, DeoR family  35.55 
 
 
261 aa  123  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.73 
 
 
257 aa  122  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  29.03 
 
 
257 aa  122  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0940  putative DEOR-type transcriptional regulator  32.67 
 
 
275 aa  122  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000268196  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
255 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
255 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
255 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03230  transcriptional regulator, DeoR family  27.45 
 
 
257 aa  121  9e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.65196e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  31.33 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  35.59 
 
 
267 aa  121  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  31.33 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0618  transcriptional regulator, DeoR family  36.65 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
267 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  31.33 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.33 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.33 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.33 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.33 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  30.92 
 
 
258 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  30.92 
 
 
258 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  28.63 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
258 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.13 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  33.06 
 
 
258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  32.03 
 
 
258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.13 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  30.42 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  30.42 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.13 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.13 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.13 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  37.5 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000701  putative regulatory protein  30.49 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.456965  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  32.91 
 
 
257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3069  galactitol utilization operon repressor  32.11 
 
 
259 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  hitchhiker  0.0000149488 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
261 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0893  transcriptional regulator, DeoR family  34.12 
 
 
261 aa  118  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.151374  normal  0.226851 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2425  DeoR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
258 aa  118  7e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2470  DeoR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
258 aa  118  7e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.445406  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2226  galactitol utilization operon repressor  31.67 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02920  transcriptional regulator of sugar metabolism  36 
 
 
276 aa  118  7.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2378  galactitol utilization operon repressor  31.67 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1557  DeoR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.839673 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1148  galactitol utilization operon repressor  31.67 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06583  hypothetical protein  30.31 
 
 
246 aa  118  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2362  transcriptional regulator, DeoR family  36.29 
 
 
261 aa  118  9e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12916  normal  0.172343 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0974  galactitol utilization operon repressor  31.67 
 
 
259 aa  118  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.430087 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0750  DeoR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
259 aa  118  9e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.6006 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
251 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2626  DeoR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
273 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2464  DeoR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
258 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.21816  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>