More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1880 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1880  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 
254 aa  513  1.0000000000000001e-145  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  46.85 
 
 
254 aa  224  9e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  44.22 
 
 
255 aa  216  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0729  transcriptional regulator, DeoR family  47.06 
 
 
256 aa  216  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000103564 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  45.97 
 
 
254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 
254 aa  168  7e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  37.8 
 
 
258 aa  168  9e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
257 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
256 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  37.4 
 
 
258 aa  158  7e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  37.4 
 
 
258 aa  158  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  37.4 
 
 
258 aa  158  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  40.87 
 
 
258 aa  158  8e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  36.14 
 
 
257 aa  158  8e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  36 
 
 
267 aa  157  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  38 
 
 
267 aa  155  8e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  36.61 
 
 
252 aa  153  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  34.5 
 
 
260 aa  152  5.9999999999999996e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  32.79 
 
 
253 aa  150  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2323  transcriptional regulator, DeoR family  38.16 
 
 
266 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  35.66 
 
 
258 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
288 aa  150  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  36.65 
 
 
269 aa  149  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  34.68 
 
 
253 aa  148  6e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0720  DeoR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
253 aa  148  7e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.528248  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  34.27 
 
 
253 aa  148  8e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  36.03 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.86 
 
 
269 aa  146  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  35.86 
 
 
269 aa  146  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  35.22 
 
 
250 aa  146  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.69 
 
 
269 aa  146  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.86 
 
 
269 aa  146  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.86 
 
 
269 aa  146  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2219  regulatory protein DeoR  33.73 
 
 
256 aa  146  3e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.0075585  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.86 
 
 
269 aa  146  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  35.86 
 
 
269 aa  146  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
266 aa  144  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.86 
 
 
269 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  36.25 
 
 
269 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
261 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  33.6 
 
 
257 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  37.66 
 
 
265 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  32.79 
 
 
254 aa  143  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.4 
 
 
257 aa  142  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.4 
 
 
257 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  35.48 
 
 
258 aa  142  4e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06583  hypothetical protein  34.8 
 
 
246 aa  142  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2141  transcriptional regulator, DeoR family  35.63 
 
 
253 aa  142  7e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.386533  normal  0.871763 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
264 aa  141  8e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
284 aa  141  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  36 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3725  transcriptional regulator, DeoR family  34.48 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  36 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.4 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.4 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.4 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5798  transcriptional regulator, DeoR family  35.37 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.159529 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36 
 
 
257 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.4 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  36 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4225  transcriptional regulator, DeoR family  32.93 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.320526  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7075  DeoR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  34.78 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000701  putative regulatory protein  34 
 
 
246 aa  137  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.456965  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2460  transcriptional regulator, DeoR family  36.51 
 
 
264 aa  137  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.18963  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  35.6 
 
 
257 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
260 aa  137  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  35.18 
 
 
257 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3520  galactitol utilization operon repressor  35.18 
 
 
257 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3451  galactitol utilization operon repressor  35.18 
 
 
257 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.717131  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3557  galactitol utilization operon repressor  35.18 
 
 
257 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3617  galactitol utilization operon repressor  35.18 
 
 
257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5910  transcriptional regulator, DeoR family  34.68 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.874866 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  34 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4850  transcriptional regulator, DeoR family  32.94 
 
 
255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.786631  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
256 aa  136  4e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3309  transcriptional regulator, DeoR family  35.5 
 
 
260 aa  136  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.006875  hitchhiker  0.00121126 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0974  galactitol utilization operon repressor  34.12 
 
 
259 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.430087 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14330  transcriptional regulator, DeoR family  33.73 
 
 
282 aa  135  7.000000000000001e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  33.2 
 
 
257 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3069  galactitol utilization operon repressor  35.29 
 
 
259 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  hitchhiker  0.0000149488 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1557  DeoR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
257 aa  135  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.839673 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2378  galactitol utilization operon repressor  34.12 
 
 
257 aa  135  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2226  galactitol utilization operon repressor  34.12 
 
 
257 aa  135  8e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1148  galactitol utilization operon repressor  34.12 
 
 
257 aa  135  8e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2626  DeoR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
273 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3773  DeoR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
268 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.933723  normal  0.169904 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2362  transcriptional regulator, DeoR family  33.46 
 
 
261 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12916  normal  0.172343 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28620  transcriptional regulator, DeoR family  34.02 
 
 
253 aa  132  6.999999999999999e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0973174  normal  0.0755211 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5273  transcriptional regulator, DeoR family  30.36 
 
 
253 aa  132  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408646  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1034  DeoR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
268 aa  131  7.999999999999999e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.631262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>