More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4425 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4425  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 
258 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.612915  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6957  DeoR family transcriptional regulator  46.22 
 
 
268 aa  198  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1531  DeoR family transcriptional regulator  46.22 
 
 
268 aa  197  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6298  DeoR family transcriptional regulator  46.22 
 
 
268 aa  197  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.7128 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5960  DeoR family transcriptional regulator  45.82 
 
 
268 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3564  DeoR family transcriptional regulator  50.83 
 
 
264 aa  192  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0635844  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0561  transcriptional regulator, DeoR family  45.15 
 
 
254 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.725961 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5838  DeoR family transcriptional regulator  44.07 
 
 
256 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6108  DeoR family transcriptional regulator  44.96 
 
 
268 aa  184  9e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2591  DeoR family transcriptional regulator  43.8 
 
 
258 aa  178  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.759776 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1034  DeoR family transcriptional regulator  44.17 
 
 
268 aa  172  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.631262  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1101  transcriptional regulator, DeoR family  43.51 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4365  transcriptional regulator, DeoR family  43.11 
 
 
262 aa  149  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
258 aa  144  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
264 aa  143  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
266 aa  141  9e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1758  regulatory protein DeoR  35.57 
 
 
249 aa  139  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  34.25 
 
 
253 aa  139  6e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0344  transcriptional regulator, DeoR family  31.45 
 
 
252 aa  139  6e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273291  hitchhiker  0.00282371 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3265  transcriptional regulator, DeoR family  37.8 
 
 
277 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.213162  normal  0.0248717 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6709  transcriptional regulator, DeoR family  33.2 
 
 
270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.902582  normal  0.293598 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  34.48 
 
 
267 aa  133  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  34.75 
 
 
256 aa  133  3e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1023  DeoR family transcriptional regulator  43.37 
 
 
202 aa  133  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.41 
 
 
257 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.41 
 
 
257 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  32.02 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  32.02 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.02 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.02 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  30.43 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  29.88 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  33.98 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  32.02 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  32.81 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1675  DeoR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00609311  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  32.41 
 
 
255 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5808  transcriptional regulator, DeoR family  33.2 
 
 
270 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297329  normal  0.0818645 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  29.92 
 
 
257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.54 
 
 
257 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.54 
 
 
257 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.54 
 
 
257 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.54 
 
 
257 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.62 
 
 
257 aa  129  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.62 
 
 
257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2456  transcriptional regulator, DeoR family  36.86 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3571  DeoR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.02 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2593  DeoR family transcriptional regulator  34.08 
 
 
278 aa  126  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.518258  normal  0.80175 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
255 aa  126  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
255 aa  126  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
255 aa  126  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  37.22 
 
 
265 aa  125  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  37.22 
 
 
260 aa  125  6e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  34.14 
 
 
258 aa  125  7e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0268  DeoR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
263 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3309  transcriptional regulator, DeoR family  37.22 
 
 
260 aa  124  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.006875  hitchhiker  0.00121126 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  34.32 
 
 
256 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1681  DeoR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
309 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.109023  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
256 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4850  transcriptional regulator, DeoR family  35.71 
 
 
255 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.786631  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
260 aa  123  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6265  transcriptional regulator DeoR family  30.53 
 
 
270 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4407  DeoR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
261 aa  123  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
253 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2691  DeoR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
254 aa  122  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134445  hitchhiker  0.00149692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  30.49 
 
 
254 aa  122  8e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  34.26 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  30.16 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2219  regulatory protein DeoR  34.38 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.0075585  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.26 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.723341  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4102  transcriptional regulator, DeoR family  32.26 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2210  DeoR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4269  DeoR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2902  DeoR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03718  hypothetical protein  32.26 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.658927  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  30.89 
 
 
263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5331  transcriptional regulator, DeoR/GntR family  32.26 
 
 
269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.464213 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5798  transcriptional regulator, DeoR family  34.54 
 
 
252 aa  120  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.159529 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3222  DeoR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2907  DeoR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
262 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4954  transcriptional regulator, DeoR family  37.5 
 
 
283 aa  119  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461137  normal  0.587881 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0092  transcriptional regulator DeoR family  32.71 
 
 
256 aa  119  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0750  DeoR family transcriptional regulator  32.92 
 
 
259 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.6006 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  33.05 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0242  transcriptional regulator, DeoR family  38.89 
 
 
262 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290341  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  30.04 
 
 
253 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0720  DeoR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
253 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.528248  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0491  lactose transport regulator  31.91 
 
 
254 aa  116  3e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03230  transcriptional regulator, DeoR family  31.91 
 
 
257 aa  116  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.65196e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2850  transcriptional regulator, DeoR family  33.86 
 
 
262 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.115087  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2425  DeoR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
258 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2470  DeoR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
258 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.445406  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  32.8 
 
 
248 aa  115  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  34.05 
 
 
257 aa  115  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2464  DeoR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
258 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.21816  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
258 aa  115  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5327  transcriptional regulator, DeoR family  33.2 
 
 
258 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.607169 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>