More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5960 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5960  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 
268 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6957  DeoR family transcriptional regulator  93.66 
 
 
268 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6298  DeoR family transcriptional regulator  93.28 
 
 
268 aa  500  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.7128 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1531  DeoR family transcriptional regulator  92.91 
 
 
268 aa  498  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0561  transcriptional regulator, DeoR family  75.9 
 
 
254 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.725961 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6108  DeoR family transcriptional regulator  61.63 
 
 
268 aa  297  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2591  DeoR family transcriptional regulator  64.06 
 
 
258 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.759776 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5838  DeoR family transcriptional regulator  60.8 
 
 
256 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3564  DeoR family transcriptional regulator  49.8 
 
 
264 aa  226  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0635844  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4425  DeoR family transcriptional regulator  45.42 
 
 
258 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.612915  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1034  DeoR family transcriptional regulator  44.54 
 
 
268 aa  181  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.631262  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1101  transcriptional regulator, DeoR family  42.63 
 
 
257 aa  177  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1023  DeoR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
202 aa  143  3e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  42.31 
 
 
256 aa  143  3e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4365  transcriptional regulator, DeoR family  40.25 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
254 aa  135  9e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0552  transcription repressor of fructose operon fruR  34.55 
 
 
248 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0566  DeoR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
248 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  33.19 
 
 
250 aa  132  6e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1675  DeoR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00609311  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  33.08 
 
 
267 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1484  transcriptional regulator, DeoR family  30.65 
 
 
250 aa  125  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.502368  normal  0.0131376 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2396  DeoR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
249 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.71278  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3818  transcriptional regulator, DeoR family  30.24 
 
 
250 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00596962  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3565  DeoR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
250 aa  122  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3478  DeoR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
250 aa  122  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3848  DeoR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
250 aa  122  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.002362  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3728  transcriptional regulator, DeoR family  30.24 
 
 
250 aa  122  6e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0938200000000001e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3464  DeoR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
250 aa  122  6e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.060448  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3746  DeoR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.193634  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2190  transcriptional regulator, DeoR family  35.19 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1758  regulatory protein DeoR  38.43 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3484  DeoR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3769  transcriptional regulator, DeoR family  30.24 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000230388  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  33.75 
 
 
288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  31.6 
 
 
253 aa  120  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0739  transcriptional regulator, DeoR family  30.68 
 
 
250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.22 
 
 
258 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4020  transcriptional regulator, DeoR family  29.96 
 
 
255 aa  119  6e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000000472549  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  38.86 
 
 
248 aa  118  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
265 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  33.62 
 
 
257 aa  117  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  30.42 
 
 
266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3790  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  33.64 
 
 
252 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3715  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  33.64 
 
 
252 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3831  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  33.64 
 
 
252 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3724  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  33.64 
 
 
252 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3893  DNA-binding transcriptional repressor GlpR  33.64 
 
 
252 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.256044  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3388  transcriptional regulator, DeoR family  27.05 
 
 
248 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000207946  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3265  transcriptional regulator, DeoR family  36.32 
 
 
277 aa  115  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.213162  normal  0.0248717 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4698  transcriptional regulator, DeoR family  36.05 
 
 
258 aa  115  8.999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00604276  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2850  transcriptional regulator, DeoR family  36.24 
 
 
262 aa  115  8.999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.115087  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
260 aa  115  8.999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  28.89 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0722  DeoR family transcriptional regulator  30 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0738  regulatory protein DeoR  30 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.43 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.89 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.43 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  33.48 
 
 
253 aa  113  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  31.02 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  31.02 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.02 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  31.02 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.02 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  33.19 
 
 
257 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3309  transcriptional regulator, DeoR family  32.52 
 
 
260 aa  112  5e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.006875  hitchhiker  0.00121126 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D07  lactose transport regulator  29.76 
 
 
255 aa  112  5e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
256 aa  112  5e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  30.89 
 
 
257 aa  112  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0357  DeoR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
252 aa  112  6e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.912716  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
251 aa  112  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5087  transcriptional regulator, DeoR family  36.24 
 
 
254 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
258 aa  112  9e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2162  transcriptional regulator, DeoR family  36.84 
 
 
261 aa  112  9e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0344  transcriptional regulator, DeoR family  31.97 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273291  hitchhiker  0.00282371 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45150  putative transcriptional regulator  33.05 
 
 
258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.3 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.3 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5910  transcriptional regulator, DeoR family  34.44 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.874866 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.3 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2456  transcriptional regulator, DeoR family  34.65 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.3 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.3 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0299  DeoR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3530  transcriptional regulator, DeoR family  32.24 
 
 
263 aa  109  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127721  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0590  transcriptional regulator, DeoR family  29.09 
 
 
247 aa  109  5e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.54 
 
 
257 aa  108  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3644  transcriptional regulator, DeoR family  31.02 
 
 
263 aa  107  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  28.51 
 
 
254 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4850  transcriptional regulator, DeoR family  35.53 
 
 
255 aa  108  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.786631  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1510  transcriptional regulator, DeoR family  30.97 
 
 
250 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000196548  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0312  DeoR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
264 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812153  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  34.7 
 
 
257 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  30.3 
 
 
257 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
261 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>