More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06583 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06583  hypothetical protein  100 
 
 
246 aa  498  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000701  putative regulatory protein  93.9 
 
 
246 aa  472  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.456965  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2643  DeoR family transcriptional regulator  55.14 
 
 
248 aa  285  5e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00470761  hitchhiker  0.000206401 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1828  DeoR family transcriptional regulator  54.73 
 
 
250 aa  273  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.582122  hitchhiker  1.2930800000000001e-23 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1445  transcriptional regulator, DeoR family  54.73 
 
 
250 aa  273  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000133435  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1890  DeoR family transcriptional regulator  54.73 
 
 
250 aa  273  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000038281 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1627  DeoR family transcriptional regulator  54.73 
 
 
250 aa  273  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  3.75705e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1833  transcriptional regulator, DeoR family  54.73 
 
 
250 aa  273  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0333154  decreased coverage  0.0000836865 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2184  DeoR family transcriptional regulator  53.94 
 
 
253 aa  267  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000388105 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01261  predicted DNA-binding transcriptional regulator  52.46 
 
 
249 aa  259  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.016563  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2342  DeoR family transcriptional regulator  52.46 
 
 
249 aa  259  4e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.148271  hitchhiker  0.00000344058 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1919  transcriptional regulator, DeoR family  52.46 
 
 
249 aa  259  4e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00149597  hitchhiker  0.0000000000000423731 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1844  DeoR family transcriptional regulator  52.46 
 
 
249 aa  259  4e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000849222  hitchhiker  4.81659e-17 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1396  DeoR family transcriptional regulator  52.46 
 
 
249 aa  259  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000115636  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2363  transcriptional regulator, DeoR family  53.59 
 
 
249 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000267978  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1515  transcriptional regulator, DeoR family  52.46 
 
 
249 aa  258  6e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1487  DeoR family transcriptional regulator  52.46 
 
 
249 aa  258  6e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000342714  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0839  sugar metabolism transcriptional regulator  42.39 
 
 
248 aa  179  2.9999999999999997e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000299847  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0326  DeoR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
251 aa  166  4e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.281127  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.94 
 
 
258 aa  145  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
260 aa  142  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1880  transcriptional regulator, DeoR family  34.8 
 
 
254 aa  142  6e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  34.94 
 
 
258 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  32.66 
 
 
257 aa  135  4e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  30.52 
 
 
257 aa  131  7.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2107  transcriptional regulator, DeoR family  32.68 
 
 
263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.408646  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
267 aa  130  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.92 
 
 
269 aa  130  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  31.02 
 
 
257 aa  128  7.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7919  transcriptional regulator, DeoR family  34.19 
 
 
267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.47 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  31.47 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.47 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  31.47 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.47 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5344  transcriptional regulator, DeoR family  30.04 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.47 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.47 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.47 
 
 
269 aa  126  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1449  DeoR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
271 aa  124  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7307  transcriptional regulator, DeoR family  32.41 
 
 
266 aa  123  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0940  putative DEOR-type transcriptional regulator  31.73 
 
 
275 aa  121  9e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000268196  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  31.43 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
264 aa  120  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0618  transcriptional regulator, DeoR family  31.6 
 
 
266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  31.35 
 
 
258 aa  119  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5129  transcriptional regulator, DeoR family  30.31 
 
 
254 aa  118  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4850  transcriptional regulator, DeoR family  33.33 
 
 
255 aa  117  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.786631  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1167  transcriptional regulator, DeoR family  33.33 
 
 
256 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.92 
 
 
269 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  32 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2162  transcriptional regulator, DeoR family  34.9 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3673  DeoR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
267 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.373167 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0729  transcriptional regulator, DeoR family  29.55 
 
 
256 aa  116  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000103564 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0705  transcriptional regulator, DeoR family  28.69 
 
 
255 aa  115  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  30.5 
 
 
257 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3520  galactitol utilization operon repressor  30.5 
 
 
257 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3451  galactitol utilization operon repressor  30.5 
 
 
257 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.717131  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3557  galactitol utilization operon repressor  30.5 
 
 
257 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3617  galactitol utilization operon repressor  30.5 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  30.61 
 
 
267 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0893  transcriptional regulator, DeoR family  29.57 
 
 
261 aa  113  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.151374  normal  0.226851 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4698  transcriptional regulator, DeoR family  32.05 
 
 
258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00604276  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  28.98 
 
 
254 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
256 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1101  transcriptional regulator, DeoR family  31.3 
 
 
257 aa  112  5e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03230  transcriptional regulator, DeoR family  26.98 
 
 
257 aa  112  7.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.65196e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1854  regulatory protein, DeoR  30.61 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000517285  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2850  transcriptional regulator, DeoR family  29.05 
 
 
262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.115087  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2043  transcriptional regulator, DeoR family  32.91 
 
 
267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000137049  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1034  DeoR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.631262  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2460  transcriptional regulator, DeoR family  28.97 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.18963  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4407  DeoR family regulatory protein  31.58 
 
 
252 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14330  transcriptional regulator, DeoR family  29.37 
 
 
282 aa  109  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4606  DeoR family regulatory protein  31.58 
 
 
252 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.337997  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5910  transcriptional regulator, DeoR family  31.2 
 
 
254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.874866 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3258  DeoR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000943791  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0895  transcriptional regulator, DeoR family  32.11 
 
 
260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0542275 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2378  galactitol utilization operon repressor  29.46 
 
 
257 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0974  galactitol utilization operon repressor  29.46 
 
 
259 aa  109  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.430087 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1148  galactitol utilization operon repressor  29.46 
 
 
257 aa  109  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1557  DeoR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
257 aa  109  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.839673 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2226  galactitol utilization operon repressor  29.46 
 
 
257 aa  109  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4532  DeoR family regulatory protein  31.58 
 
 
252 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.194057  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  27.42 
 
 
252 aa  108  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3069  galactitol utilization operon repressor  29.46 
 
 
259 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  hitchhiker  0.0000149488 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1449  DeoR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
256 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0098  DeoR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
256 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.267831  normal  0.278019 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2706  transcriptional regulator, DeoR family  31.15 
 
 
252 aa  108  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
257 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
258 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  27.42 
 
 
258 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  27.42 
 
 
258 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5399  DeoR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
242 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.054992  normal  0.41602 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0907  transcriptional regulator of DeoR family protein  31.02 
 
 
253 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.238467 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32750  transcriptional regulator, DeoR family  30.13 
 
 
261 aa  107  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.19583  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7075  DeoR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
253 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>