More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1277 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1277  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 282 aa  585  1e-166  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19930  transcriptional regulator  29.75 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.169185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03270  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 305 aa  116  3e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2462  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 290 aa  102  9e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 290 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 297 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1787  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 301 aa  94.7  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000671509  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 302 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0412  transcriptional regulator  25.18 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0159161  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 296 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 293 aa  92.8  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 298 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 303 aa  92  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.5 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 314 aa  91.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  28.69 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 310 aa  90.9  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4535  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 307 aa  90.1  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0664  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 331 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  24.5 
 
 		 309 aa  89.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 311 aa  89.7  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1242  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00379242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  24.5 
 
 		 309 aa  89.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 299 aa  89.4  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 297 aa  89.4  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 311 aa  89.4  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 298 aa  89  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  23.21 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  24.39 
 
 		 301 aa  87.4  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.4 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 322 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 294 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 311 aa  86.7  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 295 aa  86.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  22.92 
 
 		 308 aa  86.3  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  22.92 
 
 		 308 aa  86.3  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3164  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 292 aa  85.9  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00370809  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2948  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 292 aa  85.9  6e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.871741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2921  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 292 aa  85.9  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.493083  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2919  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 290 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 300 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3170  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 292 aa  85.9  6e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 314 aa  85.9  6e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0036  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 306 aa  85.9  6e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3178  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  24.5 
 
 		 316 aa  85.9  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  21.88 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  85.9  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 298 aa  85.9  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2380  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 324 aa  85.5  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 302 aa  85.9  8e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 300 aa  85.5  9e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2329  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 324 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  27.8 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  25.83 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.91 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  26.87 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>