More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2671 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  100 
 
 		 569 aa  1109    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  67.25 
 
 		 466 aa  538  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  44.39 
 
 		 590 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  44.39 
 
 		 590 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  44.17 
 
 		 565 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  44.97 
 
 		 609 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  45.49 
 
 		 609 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  43.99 
 
 		 565 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  44.73 
 
 		 584 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  45.03 
 
 		 580 aa  385  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  40.75 
 
 		 570 aa  356  5e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  40.7 
 
 		 593 aa  336  5.999999999999999e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  47.37 
 
 		 458 aa  332  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  45.95 
 
 		 443 aa  317  4e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  43.21 
 
 		 446 aa  300  5e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  41.57 
 
 		 448 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  41.48 
 
 		 453 aa  295  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  39.91 
 
 		 450 aa  265  1e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  39.73 
 
 		 435 aa  264  3e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  41.1 
 
 		 501 aa  252  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  28.5 
 
 		 563 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 		 557 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 		 557 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  28.47 
 
 		 591 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  29.83 
 
 		 457 aa  111  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  26.42 
 
 		 565 aa  111  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 		 557 aa  109  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 		 561 aa  107  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  27.7 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  27.77 
 
 		 559 aa  104  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  27.27 
 
 		 466 aa  100  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  29.2 
 
 		 455 aa  99.8  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  30.65 
 
 		 454 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  30.65 
 
 		 454 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  30.65 
 
 		 454 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  30.65 
 
 		 454 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 		 615 aa  97.4  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 		 562 aa  96.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 568 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  29.55 
 
 		 563 aa  95.9  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  29.12 
 
 		 551 aa  95.5  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  27.21 
 
 		 524 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  26.76 
 
 		 459 aa  94.7  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  30.77 
 
 		 454 aa  94.4  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  28.09 
 
 		 454 aa  94  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  29.47 
 
 		 563 aa  93.2  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  28.16 
 
 		 454 aa  92.4  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  28.16 
 
 		 454 aa  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  28.16 
 
 		 454 aa  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  26.38 
 
 		 454 aa  90.1  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1319  dehydratase  61 
 
 		 106 aa  89  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  27.06 
 
 		 453 aa  88.6  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  26.17 
 
 		 563 aa  87  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  26.02 
 
 		 454 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  20.77 
 
 		 448 aa  84.3  0.000000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  26.3 
 
 		 393 aa  84  0.000000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  25.98 
 
 		 459 aa  82  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  27.01 
 
 		 451 aa  80.1  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  26.25 
 
 		 453 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2648  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  29.43 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  24.78 
 
 		 518 aa  75.1  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0133  AMP-dependent synthetase and ligase  23.9 
 
 		 494 aa  70.5  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3298  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase, FabA/FabZ  39.22 
 
 		 109 aa  68.2  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6034  malonyl-CoA synthase  26.16 
 
 		 507 aa  63.9  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224104  normal  0.165563 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1586  malonyl-CoA synthase  25.5 
 
 		 506 aa  63.5  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  25.23 
 
 		 427 aa  63.2  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  25.86 
 
 		 501 aa  62  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0253  putative Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  28.3 
 
 		 519 aa  61.6  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  30.1 
 
 		 394 aa  60.8  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4372  AMP-dependent synthetase and ligase  23.84 
 
 		 539 aa  60.5  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0282  AMP-dependent synthetase and ligase  29.89 
 
 		 492 aa  60.5  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.376129  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0519  AMP-dependent synthetase and ligase  25.95 
 
 		 564 aa  60.5  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1993  acyl-CoA synthetase  25.75 
 
 		 550 aa  60.5  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0518  malonyl-CoA synthase  25.07 
 
 		 509 aa  59.7  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1890  putative acid-CoA ligase  26.86 
 
 		 515 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.367051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0553  AMP-dependent synthetase and ligase  27.87 
 
 		 527 aa  58.9  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  24.5 
 
 		 506 aa  58.9  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1719  malonyl-CoA synthase  24.36 
 
 		 503 aa  58.5  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  22.84 
 
 		 518 aa  58.2  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  26.47 
 
 		 512 aa  57.4  0.0000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7251  malonyl-CoA synthase  24.72 
 
 		 507 aa  57  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5352  AMP-dependent synthetase and ligase  26.63 
 
 		 546 aa  56.6  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.89737  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2797  malonyl-CoA synthase  22.84 
 
 		 518 aa  56.6  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.676577 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1871  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.74 
 
 		 524 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394568  normal  0.852293 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  23.76 
 
 		 571 aa  56.2  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.153732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8762  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.59 
 
 		 510 aa  56.6  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.225168 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0035  AMP-dependent synthetase and ligase  27.12 
 
 		 571 aa  55.8  0.000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.284742  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4174  hypothetical protein  41.86 
 
 		 99 aa  55.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0339  AMP-dependent synthetase and ligase  27.95 
 
 		 542 aa  55.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00517119  normal  0.13941 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1925  malonyl-CoA synthase  24.43 
 
 		 500 aa  55.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3988  hypothetical protein  37.5 
 
 		 100 aa  55.8  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  23.43 
 
 		 510 aa  55.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  22.31 
 
 		 572 aa  56.2  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6735  AMP-dependent synthetase and ligase  28.68 
 
 		 503 aa  56.2  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  24.62 
 
 		 567 aa  55.1  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1291  beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabZ  38.46 
 
 		 146 aa  55.1  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000205263  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  24.62 
 
 		 584 aa  55.5  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  26 
 
 		 504 aa  55.5  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2569  amino acid adenylation domain-containing protein  23.63 
 
 		 2971 aa  55.1  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6814  arthrofactin synthetase/syringopeptin synthetase C-related non-ribosomal peptide synthetase module  27.25 
 
 		 8646 aa  54.7  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>