209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0826 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 165 aa  342  2e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  62.58 
 
 		 165 aa  215  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  55.21 
 
 		 166 aa  208  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  55.83 
 
 		 166 aa  206  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  50 
 
 		 162 aa  157  8e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  50 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  50 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  50 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  50.93 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  50 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  50 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  50 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  50 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  50 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  50.31 
 
 		 162 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  50.31 
 
 		 162 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  50.31 
 
 		 162 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  50.31 
 
 		 162 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  50.92 
 
 		 162 aa  154  8e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  49.38 
 
 		 163 aa  150  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  48.17 
 
 		 162 aa  148  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  49.69 
 
 		 162 aa  147  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  48.77 
 
 		 162 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  45.62 
 
 		 161 aa  144  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  45.62 
 
 		 162 aa  144  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  48.47 
 
 		 162 aa  143  9e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  45.62 
 
 		 162 aa  141  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  38.36 
 
 		 169 aa  117  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  36.88 
 
 		 166 aa  102  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  32.69 
 
 		 182 aa  98.2  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  32.35 
 
 		 173 aa  94.4  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  33.53 
 
 		 167 aa  92.4  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  32.67 
 
 		 178 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  31.95 
 
 		 170 aa  88.6  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  30.77 
 
 		 168 aa  87.8  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  27.17 
 
 		 175 aa  87.8  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  29.65 
 
 		 179 aa  87.4  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  30.77 
 
 		 168 aa  87.8  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  30.77 
 
 		 168 aa  87.4  7e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  30.77 
 
 		 168 aa  87.8  7e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  31.01 
 
 		 166 aa  87  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  27.5 
 
 		 175 aa  86.7  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  31.82 
 
 		 170 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  30.38 
 
 		 168 aa  85.9  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  32.05 
 
 		 153 aa  85.5  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  31.25 
 
 		 166 aa  85.1  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  31.25 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  31.25 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  31.21 
 
 		 174 aa  83.6  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  31.68 
 
 		 167 aa  83.2  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  31.68 
 
 		 167 aa  83.6  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  26.99 
 
 		 177 aa  82.4  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  30.99 
 
 		 179 aa  82  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  30.54 
 
 		 170 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  34.19 
 
 		 159 aa  73.6  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  25.64 
 
 		 172 aa  64.7  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  25 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  25 
 
 		 169 aa  64.3  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  24.1 
 
 		 189 aa  64.7  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  28.3 
 
 		 196 aa  63.9  0.0000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  24.56 
 
 		 266 aa  61.6  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4356  NusG antitermination factor  23.26 
 
 		 238 aa  61.2  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  29.94 
 
 		 174 aa  61.2  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23990  transcription antitermination protein nusG  25 
 
 		 301 aa  60.8  0.000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.160343  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  23.98 
 
 		 188 aa  60.5  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  26.28 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5109  NusG antitermination factor  24.44 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.210055  normal  0.503084 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  23.84 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  24.05 
 
 		 170 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0568  transcription antitermination protein nusG  22.94 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  26.99 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  22.94 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2659  transcription antitermination protein NusG  24.42 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.208003  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  27.04 
 
 		 180 aa  58.2  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6641  NusG antitermination factor  24.24 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  23.72 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2727  transcription antitermination protein NusG  28.77 
 
 		 173 aa  55.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000231541  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2413  transcription antitermination protein NusG  28.77 
 
 		 173 aa  55.8  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000134964  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  23.26 
 
 		 175 aa  56.2  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  22.98 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  22.54 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  28.99 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10652  transcription antitermination protein NusG  22.4 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333893 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  25.48 
 
 		 168 aa  55.5  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  23.78 
 
 		 173 aa  54.7  0.0000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  21.52 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  21.39 
 
 		 177 aa  54.3  0.0000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  20.93 
 
 		 194 aa  54.3  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0611  NusG antitermination factor  22.65 
 
 		 265 aa  54.3  0.0000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.837872  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4525  NusG antitermination factor  23.03 
 
 		 272 aa  53.9  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  23.21 
 
 		 176 aa  53.9  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2707  NusG antitermination factor  24.55 
 
 		 267 aa  53.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0283787 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0294  transcription antitermination protein nusG  24.86 
 
 		 228 aa  53.1  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.620815 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  27.94 
 
 		 174 aa  53.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21030  transcription antitermination protein nusG  22.28 
 
 		 296 aa  53.5  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0843287  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0994  transcription antitermination protein NusG  21.39 
 
 		 177 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000169889  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  27.59 
 
 		 175 aa  53.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  21.74 
 
 		 182 aa  53.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  23.93 
 
 		 212 aa  52.8  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  20.81 
 
 		 177 aa  53.1  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>