More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001291 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  61.65 
 
 		 567 aa  684    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001291  choline/carnitine/betaine transporter family protein  100 
 
 		 578 aa  1171    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.335478  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  50.19 
 
 		 530 aa  538  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  45.02 
 
 		 526 aa  489  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  46.5 
 
 		 524 aa  473  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  45.39 
 
 		 552 aa  444  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  41.28 
 
 		 538 aa  434  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  41.94 
 
 		 659 aa  429  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  41.94 
 
 		 659 aa  427  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  41.54 
 
 		 545 aa  419  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  43.45 
 
 		 541 aa  420  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  42.32 
 
 		 657 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  41.76 
 
 		 551 aa  409  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  42.04 
 
 		 550 aa  402  1e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  38.88 
 
 		 637 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  39.44 
 
 		 543 aa  404  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  39.63 
 
 		 538 aa  400  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  41.85 
 
 		 503 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  42.07 
 
 		 661 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  42.36 
 
 		 505 aa  396  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  42.36 
 
 		 505 aa  396  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  42.36 
 
 		 505 aa  396  1e-109  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  40.07 
 
 		 656 aa  396  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  42.36 
 
 		 505 aa  396  1e-109  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  42.36 
 
 		 505 aa  396  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  39.41 
 
 		 558 aa  396  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  41.6 
 
 		 661 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  42.57 
 
 		 504 aa  397  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  42.16 
 
 		 505 aa  394  1e-108  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  41.87 
 
 		 504 aa  394  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  42.45 
 
 		 505 aa  395  1e-108  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  42.16 
 
 		 505 aa  394  1e-108  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  40.74 
 
 		 667 aa  393  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  42.88 
 
 		 661 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  42.16 
 
 		 504 aa  390  1e-107  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  43.11 
 
 		 673 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  39.46 
 
 		 664 aa  390  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  43.82 
 
 		 498 aa  387  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  39.5 
 
 		 660 aa  387  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  43.19 
 
 		 661 aa  386  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  41.43 
 
 		 668 aa  383  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  41.38 
 
 		 494 aa  382  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  38.92 
 
 		 542 aa  382  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  39.82 
 
 		 523 aa  385  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3436  choline/carnitine/betaine transporter  39.38 
 
 		 526 aa  380  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.97143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  40.51 
 
 		 685 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  41.55 
 
 		 667 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  41.75 
 
 		 667 aa  376  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  38.36 
 
 		 506 aa  377  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  40.51 
 
 		 682 aa  375  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  41.62 
 
 		 658 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  41.62 
 
 		 658 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  41.62 
 
 		 658 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  41.55 
 
 		 667 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  40.66 
 
 		 660 aa  375  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  41.04 
 
 		 658 aa  373  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  40.19 
 
 		 682 aa  374  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  36.02 
 
 		 606 aa  374  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  41.55 
 
 		 667 aa  375  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  40.19 
 
 		 546 aa  375  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  37.52 
 
 		 646 aa  370  1e-101  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  39.45 
 
 		 490 aa  370  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  41.43 
 
 		 658 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  39.59 
 
 		 553 aa  370  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2119  betaine/carnitine/choline transporter family protein  38.76 
 
 		 524 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1371  choline/carnitine/betaine transporter  42.95 
 
 		 689 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.274218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  40.32 
 
 		 658 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  38.82 
 
 		 573 aa  368  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  39.42 
 
 		 583 aa  365  1e-100  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  39.31 
 
 		 584 aa  368  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  40.85 
 
 		 658 aa  364  2e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  40.66 
 
 		 658 aa  363  4e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  38.93 
 
 		 653 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  41.51 
 
 		 508 aa  363  6e-99  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  40.66 
 
 		 658 aa  360  5e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  39.38 
 
 		 556 aa  359  7e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  36.96 
 
 		 676 aa  359  9e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  40.48 
 
 		 637 aa  359  9e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  37.76 
 
 		 671 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  39.29 
 
 		 546 aa  357  1.9999999999999998e-97  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  39.54 
 
 		 497 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  38.92 
 
 		 679 aa  357  5e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  40.04 
 
 		 682 aa  356  5.999999999999999e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  36.15 
 
 		 606 aa  355  1e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  38.28 
 
 		 548 aa  354  2e-96  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  38.28 
 
 		 548 aa  354  2e-96  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  39.84 
 
 		 687 aa  355  2e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  37.43 
 
 		 698 aa  355  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  37.36 
 
 		 540 aa  353  4e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  38.03 
 
 		 520 aa  353  5.9999999999999994e-96  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  37.57 
 
 		 523 aa  351  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  35.09 
 
 		 568 aa  352  2e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  35.91 
 
 		 666 aa  350  5e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  38.15 
 
 		 531 aa  349  9e-95  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  36.93 
 
 		 567 aa  348  1e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  36.4 
 
 		 664 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  37.74 
 
 		 550 aa  348  1e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  37.15 
 
 		 549 aa  348  2e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  38.67 
 
 		 544 aa  347  5e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  36.4 
 
 		 716 aa  346  7e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>