More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2094 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  100 
 
 
202 aa  392  1e-108  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0838  Holliday junction DNA helicase RuvA  73.79 
 
 
206 aa  263  1e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0758722  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2110  Holliday junction DNA helicase RuvA  68.47 
 
 
202 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0297912  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  59.31 
 
 
200 aa  225  3e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.74 
 
 
206 aa  211  3.9999999999999995e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17520  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  58.94 
 
 
206 aa  210  1e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.176122 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  56.8 
 
 
196 aa  207  9e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1795  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.13 
 
 
202 aa  206  2e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.115786  normal  0.0993939 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6112  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  59.71 
 
 
206 aa  205  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.073965 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3827  Holliday junction DNA helicase RuvA  56 
 
 
200 aa  204  6e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0335606  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.92 
 
 
208 aa  194  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1370  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  56.35 
 
 
247 aa  189  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.903698  normal  0.141681 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2032  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.45 
 
 
213 aa  187  9e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340991 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1667  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.2 
 
 
207 aa  184  9e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.253855  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3177  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.5 
 
 
212 aa  183  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1809  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.88 
 
 
200 aa  182  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15330  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  53.17 
 
 
209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436101  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1369  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.47 
 
 
205 aa  181  7e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0441824 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1993  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.21 
 
 
200 aa  179  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0230385 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3054  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.1 
 
 
209 aa  177  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.6375 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.23 
 
 
198 aa  177  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2302  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.46 
 
 
214 aa  176  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0640436  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1799  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.35 
 
 
200 aa  176  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.215685  hitchhiker  0.000114407 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  50 
 
 
199 aa  174  7e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12890  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.48 
 
 
214 aa  173  9.999999999999999e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.419715  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.51 
 
 
197 aa  165  4e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  48.76 
 
 
205 aa  164  9e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12613  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.52 
 
 
196 aa  157  7e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000939698  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3395  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.02 
 
 
207 aa  155  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00278946  hitchhiker  0.00000769998 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5145  DNA recombination protein RuvA  55.14 
 
 
239 aa  153  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0031109  decreased coverage  0.000116053 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.31 
 
 
196 aa  152  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.31 
 
 
196 aa  152  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.31 
 
 
196 aa  152  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  45.27 
 
 
194 aa  150  1e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0452  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  41.26 
 
 
208 aa  142  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0798924  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3825  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.78 
 
 
195 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.790434  normal  0.237667 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2574  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.28 
 
 
195 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.334415  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  43 
 
 
197 aa  139  3e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
203 aa  135  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.26 
 
 
197 aa  135  5e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40.49 
 
 
204 aa  134  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0837  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.65 
 
 
209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.44 
 
 
204 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
199 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1935  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
199 aa  128  5.0000000000000004e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2134  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.86 
 
 
195 aa  128  7.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.856024  hitchhiker  0.000118824 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
205 aa  128  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.74 
 
 
204 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1424  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.23 
 
 
210 aa  125  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000192016  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.93 
 
 
205 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.8 
 
 
197 aa  125  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
205 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
205 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.29 
 
 
206 aa  125  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
205 aa  124  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.28 
 
 
197 aa  124  8.000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
202 aa  124  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.75 
 
 
205 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0709  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.78 
 
 
207 aa  124  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0528487  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.61 
 
 
202 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.06 
 
 
199 aa  124  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  32.49 
 
 
199 aa  124  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
205 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.22 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.51 
 
 
205 aa  123  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.61 
 
 
205 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  32.83 
 
 
194 aa  123  2e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.23 
 
 
205 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0684  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.61 
 
 
207 aa  122  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.801169  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
202 aa  121  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.35 
 
 
205 aa  121  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.81 
 
 
201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.81 
 
 
201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
203 aa  119  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
203 aa  119  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.57 
 
 
201 aa  119  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
202 aa  119  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.78 
 
 
200 aa  119  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.38 
 
 
205 aa  119  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.27 
 
 
205 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.23 
 
 
205 aa  118  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1631  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
193 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.229867  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
194 aa  118  6e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
203 aa  118  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1268  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.16 
 
 
204 aa  117  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.20539  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.41 
 
 
207 aa  118  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  37.38 
 
 
206 aa  117  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.97 
 
 
209 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.44 
 
 
205 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.65 
 
 
195 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.5 
 
 
197 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3832  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.32 
 
 
194 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.96 
 
 
208 aa  116  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
193 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.75 
 
 
205 aa  115  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.78 
 
 
205 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>