More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2746 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  100 
 
 		 443 aa  868    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  54.7 
 
 		 565 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  54.92 
 
 		 565 aa  451  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  55.7 
 
 		 580 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  55.87 
 
 		 590 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  55.87 
 
 		 590 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  56.53 
 
 		 609 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  57.17 
 
 		 584 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  56.53 
 
 		 609 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  54.93 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  53.08 
 
 		 570 aa  414  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  52.62 
 
 		 458 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  46.04 
 
 		 593 aa  356  5e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  44.74 
 
 		 448 aa  348  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  48.31 
 
 		 466 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  45.29 
 
 		 450 aa  333  3e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  44.6 
 
 		 435 aa  327  3e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  45.76 
 
 		 569 aa  325  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  45.96 
 
 		 501 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  43.29 
 
 		 446 aa  279  7e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  31.47 
 
 		 457 aa  133  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  26.29 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 		 451 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  31.21 
 
 		 557 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  31.21 
 
 		 557 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 551 aa  109  9.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  25.12 
 
 		 448 aa  107  3e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  25.73 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  30.72 
 
 		 563 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  25.85 
 
 		 565 aa  102  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  29.26 
 
 		 591 aa  102  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 		 561 aa  101  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 		 568 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 		 562 aa  100  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 557 aa  98.6  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  27.75 
 
 		 459 aa  99  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  27.21 
 
 		 453 aa  98.2  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  28.7 
 
 		 454 aa  96.7  7e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  26.14 
 
 		 454 aa  95.5  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  28.35 
 
 		 454 aa  93.6  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  27.79 
 
 		 454 aa  93.6  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  28.64 
 
 		 454 aa  93.6  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 615 aa  93.2  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  28.64 
 
 		 454 aa  93.2  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  28.64 
 
 		 454 aa  93.2  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  27.79 
 
 		 454 aa  93.2  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  26.28 
 
 		 459 aa  90.9  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  27.57 
 
 		 454 aa  90.5  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  29.89 
 
 		 524 aa  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  29.26 
 
 		 454 aa  89.4  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  28.79 
 
 		 559 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  25.5 
 
 		 455 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  26.71 
 
 		 453 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  23.89 
 
 		 474 aa  84  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  25.28 
 
 		 393 aa  84  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  26.83 
 
 		 518 aa  84  0.000000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0553  AMP-dependent synthetase and ligase  31.78 
 
 		 527 aa  83.2  0.000000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  25.51 
 
 		 454 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  33.03 
 
 		 563 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  26.33 
 
 		 427 aa  80.5  0.00000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 		 563 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  33.04 
 
 		 563 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7294  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 498 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555041  normal  0.661427 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  31.74 
 
 		 394 aa  73.9  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2648  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  28.48 
 
 		 403 aa  73.2  0.000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3536  AMP-dependent synthetase and ligase  26.22 
 
 		 530 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0133  AMP-dependent synthetase and ligase  23.27 
 
 		 494 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4775  AMP-dependent synthetase and ligase  28.93 
 
 		 468 aa  70.9  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  23.97 
 
 		 577 aa  70.9  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1480  malonyl-CoA synthase  28.07 
 
 		 509 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189244 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  28.41 
 
 		 526 aa  70.9  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0186  AMP-dependent synthetase and ligase  29.02 
 
 		 503 aa  70.9  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.07 
 
 		 575 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  24.15 
 
 		 662 aa  69.7  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  23.86 
 
 		 518 aa  69.3  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  26.47 
 
 		 552 aa  69.7  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25 
 
 		 564 aa  69.3  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4005  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 522 aa  69.7  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0253  putative Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  27.09 
 
 		 519 aa  67.8  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  26.23 
 
 		 555 aa  67.4  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2384  long chain acyl-CoA synthetase  23.34 
 
 		 522 aa  67.8  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.838987  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1719  malonyl-CoA synthase  28.37 
 
 		 503 aa  67.4  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2940  acyl-CoA synthetase  29.31 
 
 		 469 aa  67  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000118125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 		 510 aa  67  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3146  acyl-CoA synthetase  28.45 
 
 		 469 aa  66.6  0.0000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.22204  normal  0.0747213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0702  putative acyl-CoA synthetase  28.86 
 
 		 553 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.345543  normal  0.0324755 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1291  AMP-dependent synthetase and ligase  24.5 
 
 		 551 aa  66.2  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  26.54 
 
 		 512 aa  66.2  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  28.99 
 
 		 514 aa  66.2  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.43 
 
 		 514 aa  65.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  25.98 
 
 		 553 aa  65.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  25.77 
 
 		 549 aa  65.1  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2702  malonyl-CoA synthase  29.53 
 
 		 501 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0670195 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6754  AMP-dependent synthetase and ligase  26.33 
 
 		 517 aa  64.7  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  27.2 
 
 		 516 aa  64.3  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.493371 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3491  acyl-CoA synthetase  28.01 
 
 		 467 aa  64.7  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4383  AMP-dependent synthetase and ligase  27.62 
 
 		 553 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.647475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1481  AMP-dependent synthetase and ligase  26.13 
 
 		 525 aa  63.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1041  malonyl-CoA synthase  29.19 
 
 		 501 aa  63.9  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200492  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  23.48 
 
 		 481 aa  63.5  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>