More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_0043 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_0043  radical SAM domain-containing protein  98.66 
 
 
447 aa  902  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0628937  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0043  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
447 aa  915  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.970198  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1368  radical SAM domain-containing protein  61.69 
 
 
449 aa  551  1e-156  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1165  radical SAM domain-containing protein  56.73 
 
 
456 aa  507  1e-142  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1771  radical SAM domain-containing protein  44.97 
 
 
448 aa  395  1e-109  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2999  radical SAM domain-containing protein  35.96 
 
 
451 aa  275  1e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2471  radical SAM domain-containing protein  35.87 
 
 
479 aa  236  6e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2247  Radical SAM domain protein  30.59 
 
 
465 aa  207  3e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.53118 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  25.49 
 
 
618 aa  91.7  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.5 
 
 
520 aa  89.4  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 
524 aa  87  6e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.72503e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  22.04 
 
 
502 aa  85.9  1e-15  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.43 
 
 
472 aa  85.5  2e-15  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.63 
 
 
472 aa  84  5e-15  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  25.94 
 
 
472 aa  84  5e-15  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0861  cobalamin B12-binding domain-containing protein  21.81 
 
 
561 aa  82.4  1e-14  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  6.04152e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  22.86 
 
 
485 aa  82.8  1e-14  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
521 aa  80.1  8e-14  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  24.47 
 
 
489 aa  79  1e-13  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  24.46 
 
 
507 aa  79  2e-13  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  23.61 
 
 
631 aa  75.5  2e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0304  radical SAM domain-containing protein  30.98 
 
 
483 aa  72.8  1e-11  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  26.64 
 
 
529 aa  71.2  3e-11  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  4.12719e-07  decreased coverage  3.67319e-06 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  22.19 
 
 
487 aa  70.5  6e-11  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  24.41 
 
 
516 aa  70.5  6e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.29 
 
 
564 aa  70.1  7e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  3.36813e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  23.38 
 
 
473 aa  69.7  9e-11  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  4.24629e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.78 
 
 
564 aa  69.7  1e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1436  radical SAM domain-containing protein  27.96 
 
 
476 aa  68.6  2e-10  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.37868  decreased coverage  0.00181566 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  23.83 
 
 
424 aa  68.6  2e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  22.44 
 
 
451 aa  68.6  2e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  25.48 
 
 
475 aa  67.8  4e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  26.46 
 
 
468 aa  67  6e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  28.78 
 
 
555 aa  66.2  1e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  22.6 
 
 
547 aa  65.9  1e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  25.12 
 
 
475 aa  65.9  1e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  1.37144e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  26.94 
 
 
499 aa  65.5  2e-09  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  25.18 
 
 
449 aa  65.9  2e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  23.98 
 
 
494 aa  65.1  2e-09  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  24.8 
 
 
471 aa  65.1  3e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  23.98 
 
 
494 aa  64.7  3e-09  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.88 
 
 
567 aa  64.7  3e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  26.83 
 
 
555 aa  65.1  3e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  22.63 
 
 
529 aa  64.3  4e-09  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  24.15 
 
 
450 aa  64.3  4e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  24.75 
 
 
469 aa  64.7  4e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  22.57 
 
 
424 aa  64.3  4e-09  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.06113e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.55 
 
 
484 aa  64.3  4e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  24.77 
 
 
494 aa  63.5  6e-09  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  24.77 
 
 
494 aa  63.9  6e-09  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.62 
 
 
473 aa  63.9  6e-09  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  22.53 
 
 
566 aa  63.9  6e-09  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  24.52 
 
 
476 aa  63.5  7e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  2.86011e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.13 
 
 
522 aa  63.2  9e-09  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  27.4 
 
 
441 aa  63.2  1e-08  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.36 
 
 
600 aa  62.8  1e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.36 
 
 
612 aa  62.8  1e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.16 
 
 
441 aa  62.8  1e-08  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  25.73 
 
 
554 aa  62.4  1e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2894  radical SAM family protein  24.05 
 
 
613 aa  62.8  1e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.80419 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  27.36 
 
 
612 aa  62.8  1e-08  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  23.95 
 
 
527 aa  62.8  1e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  24.9 
 
 
509 aa  62.4  1e-08  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.23 
 
 
548 aa  62.4  2e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1897  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 
483 aa  62.4  2e-08  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.487619  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.64 
 
 
569 aa  62.4  2e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  25.16 
 
 
429 aa  62.4  2e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  27.75 
 
 
539 aa  62.4  2e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.28 
 
 
567 aa  62  2e-08  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 
556 aa  62.4  2e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.05279e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  24.88 
 
 
500 aa  61.6  2e-08  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.52 
 
 
476 aa  61.6  2e-08  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  3.8537e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.6 
 
 
535 aa  62  2e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  21.62 
 
 
459 aa  62.4  2e-08  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  24.03 
 
 
441 aa  61.6  3e-08  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  25.65 
 
 
448 aa  61.2  3e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.88 
 
 
558 aa  61.2  3e-08  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.59 
 
 
473 aa  61.6  3e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  23.36 
 
 
502 aa  60.8  4e-08  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  25.12 
 
 
497 aa  61.2  4e-08  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  23.96 
 
 
527 aa  60.8  5e-08  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  24.53 
 
 
489 aa  60.8  5e-08  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  28.04 
 
 
520 aa  60.1  7e-08  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.97506e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  22.32 
 
 
527 aa  60.1  7e-08  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  23.59 
 
 
529 aa  60.1  9e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  3.47162e-06 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  23.37 
 
 
467 aa  60.1  9e-08  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  22.62 
 
 
522 aa  59.7  9e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  24.19 
 
 
527 aa  60.1  9e-08  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.81 
 
 
565 aa  60.1  9e-08  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1195  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 
478 aa  60.1  9e-08  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  22.69 
 
 
498 aa  59.7  1e-07  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  21.81 
 
 
533 aa  59.7  1e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.37 
 
 
554 aa  59.7  1e-07  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.26 
 
 
548 aa  59.3  1e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  22.79 
 
 
459 aa  59.3  1e-07  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  21.52 
 
 
501 aa  59.3  1e-07  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  25.24 
 
 
563 aa  59.7  1e-07  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.34486e-05  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.62 
 
 
580 aa  59.3  1e-07  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  23.21 
 
 
468 aa  59.3  2e-07  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  22.22 
 
 
474 aa  58.5  2e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>