286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0230 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0230  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 360 aa  730    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000612971  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.79 
 
 		 363 aa  152  8.999999999999999e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  26.2 
 
 		 368 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  27.68 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  31.22 
 
 		 361 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  31.22 
 
 		 361 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.46 
 
 		 386 aa  142  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  27.25 
 
 		 370 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  28.91 
 
 		 370 aa  140  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  28.01 
 
 		 364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0940  DNA replication and repair protein RecF  29.45 
 
 		 355 aa  136  5e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.99 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1549  DNA replication and repair protein RecF  29.91 
 
 		 359 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.638976  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  27.04 
 
 		 359 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.35 
 
 		 360 aa  134  3e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  26.76 
 
 		 364 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  27.25 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  26.01 
 
 		 372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  28.46 
 
 		 369 aa  130  3e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  27.15 
 
 		 363 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.67 
 
 		 353 aa  130  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.37 
 
 		 364 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  28.32 
 
 		 359 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  28.19 
 
 		 374 aa  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  26.84 
 
 		 378 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.97 
 
 		 370 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.36 
 
 		 365 aa  126  7e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  26.26 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.02 
 
 		 369 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  29.31 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  26.3 
 
 		 361 aa  125  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.3 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  25.36 
 
 		 369 aa  124  3e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  24.27 
 
 		 370 aa  123  6e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  24.27 
 
 		 370 aa  123  6e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  24.62 
 
 		 360 aa  123  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  27.25 
 
 		 374 aa  123  6e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  22.99 
 
 		 371 aa  123  6e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.08 
 
 		 363 aa  122  7e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  26.61 
 
 		 366 aa  122  8e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  28.95 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.54 
 
 		 372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1620  recombination protein F  26.06 
 
 		 358 aa  120  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.251361 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  25.14 
 
 		 357 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  25.14 
 
 		 357 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  25.64 
 
 		 357 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  29.03 
 
 		 338 aa  119  7e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  25.64 
 
 		 357 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  29.25 
 
 		 358 aa  119  9e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  25.64 
 
 		 357 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  25.64 
 
 		 357 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  26.3 
 
 		 374 aa  118  9.999999999999999e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.88 
 
 		 420 aa  118  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.89 
 
 		 371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  25.91 
 
 		 361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  27.49 
 
 		 373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  25.48 
 
 		 373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  25.23 
 
 		 365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.45 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.58 
 
 		 369 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  24.86 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  25.91 
 
 		 361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  25.41 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.46 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  25.56 
 
 		 361 aa  117  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  25.14 
 
 		 375 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  24.86 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.86 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  24.86 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  24.86 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  24.86 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.27 
 
 		 376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  24.86 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  24.86 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  24.86 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.39 
 
 		 370 aa  115  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  25.14 
 
 		 375 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  25.14 
 
 		 375 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  25.14 
 
 		 375 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  25.14 
 
 		 375 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  25.14 
 
 		 375 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  25.14 
 
 		 375 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  25.14 
 
 		 375 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  25.63 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  25.14 
 
 		 375 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  25.35 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  24.93 
 
 		 390 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  26.59 
 
 		 364 aa  114  3e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  23.81 
 
 		 359 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  25.08 
 
 		 395 aa  114  3e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  24.93 
 
 		 390 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  25 
 
 		 360 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.65 
 
 		 378 aa  113  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  25.14 
 
 		 357 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  25.07 
 
 		 392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  26.69 
 
 		 364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.57 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  25.63 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  25.63 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.22 
 
 		 372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>