More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_7508 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_7508  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  100 
 
 
384 aa  784    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1173  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  39.78 
 
 
393 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.760963  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1076  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.52 
 
 
393 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0111434  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2537  hypothetical protein  38.6 
 
 
385 aa  265  1e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00283871  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0612  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.16 
 
 
400 aa  216  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.915059 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1838  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.37 
 
 
419 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.37 
 
 
419 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3289  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.37 
 
 
419 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0056  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.37 
 
 
419 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0057  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.37 
 
 
419 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2714  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.37 
 
 
419 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.395305  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0270  hypothetical protein  29.11 
 
 
419 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494992  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0049  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.61 
 
 
419 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4455  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.73 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0616202  normal  0.0186598 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
398 aa  72.8  0.000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  32.77 
 
 
438 aa  67.8  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  24.57 
 
 
400 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
379 aa  67  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  23.18 
 
 
401 aa  66.6  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  44.12 
 
 
407 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 
403 aa  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
406 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
384 aa  66.2  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2114  extracellular ligand-binding receptor  39.78 
 
 
474 aa  66.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0375175  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
382 aa  64.7  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
394 aa  64.7  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  21.99 
 
 
400 aa  64.7  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  36.84 
 
 
434 aa  63.5  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  33.96 
 
 
411 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
379 aa  63.2  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  39.29 
 
 
386 aa  62.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  38.66 
 
 
415 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  25 
 
 
406 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  33.96 
 
 
411 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  37.07 
 
 
390 aa  62  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  38.02 
 
 
415 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
374 aa  61.2  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
387 aa  60.5  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  23.47 
 
 
392 aa  60.1  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5560  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  36.36 
 
 
408 aa  59.7  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  36.28 
 
 
406 aa  59.7  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  41.3 
 
 
421 aa  59.7  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
421 aa  59.7  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
421 aa  59.7  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.58 
 
 
380 aa  59.3  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
406 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 
389 aa  59.3  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  35.05 
 
 
391 aa  58.9  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 
376 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  24.07 
 
 
410 aa  59.3  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 
390 aa  58.9  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
402 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  37.08 
 
 
415 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  25.26 
 
 
413 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
376 aa  58.9  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  43.24 
 
 
405 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  25.26 
 
 
374 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  38.27 
 
 
411 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  23.37 
 
 
378 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  23.37 
 
 
378 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  23.37 
 
 
378 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  37.11 
 
 
407 aa  57.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  34.91 
 
 
406 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  23.37 
 
 
378 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
403 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  37.5 
 
 
411 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  28.63 
 
 
395 aa  57.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
387 aa  57.8  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  37.86 
 
 
383 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  36.19 
 
 
399 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
402 aa  57.4  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  41.25 
 
 
409 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  35.06 
 
 
396 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  36.29 
 
 
410 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
405 aa  57  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  38.83 
 
 
405 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.81 
 
 
405 aa  57  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
409 aa  57  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
415 aa  57.4  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  38.75 
 
 
410 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
406 aa  56.6  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  37.5 
 
 
410 aa  56.6  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
410 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  32.67 
 
 
419 aa  57  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
396 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  35.06 
 
 
396 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
386 aa  56.6  0.0000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  29.67 
 
 
379 aa  56.6  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  35.96 
 
 
415 aa  56.2  0.0000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  35.96 
 
 
415 aa  56.2  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  23.5 
 
 
412 aa  56.2  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  32.59 
 
 
402 aa  56.6  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  36.36 
 
 
415 aa  56.2  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  34.95 
 
 
368 aa  56.2  0.0000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  32.52 
 
 
404 aa  56.2  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
421 aa  55.5  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  33.03 
 
 
381 aa  56.2  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.14 
 
 
395 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
396 aa  55.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  31.3 
 
 
519 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>