128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0612 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_0612  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 
400 aa  824    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.915059 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2537  hypothetical protein  39.4 
 
 
385 aa  271  2e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00283871  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1173  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  38.1 
 
 
393 aa  249  6e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.760963  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1076  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.83 
 
 
393 aa  247  3e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0111434  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7508  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.42 
 
 
384 aa  220  3e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4455  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.14 
 
 
417 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0616202  normal  0.0186598 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0049  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.08 
 
 
419 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.25 
 
 
419 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3289  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.25 
 
 
419 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1838  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.25 
 
 
419 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0057  putative ABC transporter, substrate-binding protein  30.25 
 
 
419 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0056  putative ABC transporter, substrate-binding protein  30.25 
 
 
419 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2714  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.25 
 
 
419 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.395305  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0270  hypothetical protein  29.97 
 
 
419 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494992  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1598  Extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
414 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1136  twin-arginine translocation pathway signal  38.26 
 
 
414 aa  59.7  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.206863 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
372 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  23.44 
 
 
447 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
378 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
378 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
378 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 
378 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  41.3 
 
 
380 aa  56.6  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  36.9 
 
 
451 aa  56.6  0.0000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 
389 aa  55.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  28.63 
 
 
397 aa  55.1  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 
372 aa  54.3  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
402 aa  53.9  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  35.29 
 
 
383 aa  53.9  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  30.91 
 
 
393 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  22.79 
 
 
387 aa  52.8  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.92 
 
 
392 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 
379 aa  51.6  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.19 
 
 
425 aa  51.2  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
436 aa  51.6  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  40.48 
 
 
380 aa  50.8  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
399 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
374 aa  50.8  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 
387 aa  50.4  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  34.83 
 
 
434 aa  49.3  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
401 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  35 
 
 
379 aa  49.7  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 
400 aa  49.3  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  22.4 
 
 
388 aa  49.3  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  27.34 
 
 
438 aa  48.5  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
391 aa  48.5  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7952  Extracellular ligand-binding receptor  23.35 
 
 
384 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351177  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  40.79 
 
 
380 aa  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  25.09 
 
 
371 aa  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  23.01 
 
 
392 aa  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  36.46 
 
 
382 aa  47.8  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  38.36 
 
 
407 aa  47.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  36.08 
 
 
379 aa  47.8  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  35.9 
 
 
401 aa  47.8  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  23.16 
 
 
382 aa  47.4  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 
401 aa  47.8  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  25.62 
 
 
386 aa  47.4  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  38.46 
 
 
395 aa  47.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 
376 aa  47  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  36.08 
 
 
402 aa  47  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
405 aa  47  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  36.49 
 
 
402 aa  46.6  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  21.24 
 
 
401 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
411 aa  46.6  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  34.52 
 
 
398 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  33.94 
 
 
376 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  24.28 
 
 
419 aa  45.8  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3169  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  21.17 
 
 
402 aa  45.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  24.17 
 
 
385 aa  46.2  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  32.08 
 
 
448 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  27.61 
 
 
402 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  32.67 
 
 
410 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
410 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
393 aa  45.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  32.39 
 
 
407 aa  45.4  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
373 aa  45.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  22.03 
 
 
386 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  40.35 
 
 
386 aa  45.1  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  38.96 
 
 
386 aa  45.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  34.91 
 
 
384 aa  45.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  44 
 
 
386 aa  45.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  22.55 
 
 
415 aa  45.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
399 aa  44.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
390 aa  44.7  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 
373 aa  44.7  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  37.62 
 
 
373 aa  44.7  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  37.18 
 
 
401 aa  44.7  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
381 aa  44.3  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  35.05 
 
 
379 aa  44.7  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 
373 aa  44.7  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  38.27 
 
 
415 aa  44.7  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
404 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
397 aa  44.7  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
406 aa  44.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  31.85 
 
 
396 aa  44.7  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  40.38 
 
 
433 aa  44.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
384 aa  44.3  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  36.36 
 
 
395 aa  44.3  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
370 aa  43.9  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
437 aa  44.3  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.615465 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>