More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4236 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  488  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  59.09 
 
 		 245 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  59.09 
 
 		 245 aa  276  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0266  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  57.68 
 
 		 245 aa  276  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 256 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 253 aa  217  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  48.95 
 
 		 253 aa  217  2e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  47.3 
 
 		 249 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  49.36 
 
 		 247 aa  194  9e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  48.55 
 
 		 249 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  40.59 
 
 		 240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 251 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  44.26 
 
 		 242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 242 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 271 aa  168  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 241 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 242 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  38.66 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 238 aa  159  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.84 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.84 
 
 		 251 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.84 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.84 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.84 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 251 aa  156  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.84 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 252 aa  150  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 240 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  39.91 
 
 		 243 aa  139  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 245 aa  137  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  35.39 
 
 		 260 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  35.06 
 
 		 254 aa  133  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.79 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.79 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 242 aa  105  9e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  29.17 
 
 		 240 aa  99.4  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  28.94 
 
 		 240 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  28.94 
 
 		 240 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  28.94 
 
 		 240 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  28.94 
 
 		 240 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 240 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.47 
 
 		 243 aa  96.3  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.77 
 
 		 239 aa  95.9  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  33.19 
 
 		 240 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  28.51 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2287  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  28.51 
 
 		 240 aa  92.8  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.8 
 
 		 241 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.91 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 		 244 aa  90.9  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.8 
 
 		 241 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.02 
 
 		 241 aa  90.1  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 268 aa  89.7  3e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  26.97 
 
 		 243 aa  89.7  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  31.17 
 
 		 239 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2941  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 259 aa  89.7  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.994772  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 		 247 aa  89.7  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.09 
 
 		 241 aa  89.4  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.56 
 
 		 241 aa  88.6  8e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  30.38 
 
 		 241 aa  88.2  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.38 
 
 		 241 aa  88.2  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.38 
 
 		 241 aa  88.2  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.38 
 
 		 241 aa  88.2  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  30.38 
 
 		 241 aa  88.2  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  29.91 
 
 		 238 aa  88.2  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.38 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  33.8 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.38 
 
 		 245 aa  86.3  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 245 aa  85.9  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3530  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 235 aa  85.5  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.814628  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.87 
 
 		 241 aa  84.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0554  GntR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 248 aa  83.6  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.799552  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  29.26 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  30.04 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1051  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.742044  normal  0.270689 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  28.75 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2822  transcriptional regulator, GntR family  33.19 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  26.23 
 
 		 252 aa  81.6  0.000000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.93 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.08 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  28.25 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3697  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0156  putative transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 261 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  27.35 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  27.09 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  27.35 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>